《清史稿》記載林則徐：“行此潮州，病卒”。《閩雜記》記載：“公患痔漏久，體已羸，至是力疾起行，十一日抵潮州，復患痢，潮守間晉請暫留養疾，不可。次日遂薨於普寧行館。”
被流放後，林則徐過着極爲普通的生活。後來咸豐帝繼位，四處徵召有才之人，經在朝官員的推薦，準備起用林則徐。林則徐就是在這一次被咸豐帝徵召之時，死在前往京城的途中。被咸豐帝起用之時，林則徐已經患病，而且未能痊癒。前往京城時，是躺在特製的臥轎，由福建、廣東山區，一路直達廣東，到潮州時，開始嚴重下痢，到了普寧，已病入膏肓，不得不暫住普寧行館。最後林則徐在兒子林聰彝及幕僚劉存仁陪同下，於道光三十年去世。去世前指天三呼“星斗南”，享年六十六歲。
另一種說法是，林則徐患病後，曾請醫生診斷開藥。醫生開的藥是對的，可是因爲急於趕路，林則徐並沒有按時服藥吧，最終病情加重，與世長辭。這種說法是林則徐的《訃文》和林則徐的兒子林汝舟的《至陳子茂書》得來的，林則徐腹瀉且日夜趕路，病情日益嚴重，後又由於仍舊在日夜趕路，所以導致“胸次結脹”，引發心肺舊疾“兩脈俱空，上喘下墜”。林則徐時年66歲，又身患有病，如何經得住這般折騰。
最後一種說法，是洋商害死說。說的是外國商人聽聞中國統治者下令起復林則徐，他們本來就對林則徐極爲痛恨。一時又想到，林則徐對於鴉片的堅決抵制，深知絕不能讓林則徐再次爲官。
所以買通了一個廚師，潛伏到林則徐身邊。在一次林則徐睡醒，而兒子恰巧離開時，給林則徐送進了一碗雞絲湯。林則徐吃的時候，只覺廚師熟悉，吃到一半，突然意識到那個廚師是當初禁菸時曾在洋人處做過廚師的，可是這個時候已經來不及了。
到了晚上，林則徐已經是大拉大瀉，最終三呼“新豆欄”(是廣州十三行附近一條街名，當地聚居洋商。)，他已經意識到了是洋人害他。
《果庵隨筆》記載：“禁菸事起，廣州十三行食夷利者，恨林公則徐刺骨……後公再起都師粵西，彼輩懼其重來，將大不利，則又預以重金賄其廚人謀，謀施毒。公次潮州(應爲普寧)，廚人進糜，而又以巴豆湯投之，巴豆能泄瀉，因病泄不已，委頓而卒。或勸其公子窮究其事，清例，凡毒死者需開棺檢視，家人忍而不情。其是疆吏雖微有所聞名，亦不欲多事。”
但這種說法有許多遺漏，一是林則徐受命上京，一路由驛站提供食宿，沒必要帶私廚。二是周圍如此多幕僚和親子守護，如何讓一個廚師混進來。所以林則徐的死亡，最終成了一個未接之謎。
林則徐的元配夫人鄭淑卿出身官宦之家，其父鄭大模爲乾隆年間進士並任過河南永城等縣縣令。鄭夫人自幼養尊處優，來到林家，脫下錦袍，換上布裙，操持家務，相夫教子，十分賢惠。林則徐共有三個兒子，大兒子林汝舟，二兒子林聰彝，三兒子林拱樞。
