公元1856年，中國爆發了第二次鴉片戰爭，八國聯軍向清廷的首都北京逼近。咸豐皇帝帶着慈安和慈禧逃亡熱河，此行，肅順也在其中。而他們沒有想到的是，此次熱河之行，竟成了咸豐和肅順的死因。1861年，咸豐皇帝在熱河得了重病，眼看不治，他就把肅順、載垣、端華等人召到跟前，任命他們爲顧命大臣，輔佐小皇帝的執政。不久，咸豐病逝。這個時候，野心勃勃的慈禧被封爲了太后，她迫切地想要奪取最高權力，所以在這個過程中，她和咸豐任命的“顧命八大臣”產生了尖銳的矛盾，雙方勢力水火不容。但是慈禧只不過是一個後宮的太后，想要扳倒先帝任命的大臣，實屬不易。所以在這個時候，她想到了恭親王奕訢。奕訢在咸豐皇帝離開北京前，被任命爲留守，在北京處理和八國聯軍之間的關係。但是他的權力也被顧命大臣們威脅，急着想要除掉他們。就這樣，兩個人一拍即合。同時，慈禧還聯絡了僧格林沁和文祥，進一步加強了她的勢力。八國聯軍退出北京，慈禧就提出要護送咸豐皇帝的靈柩返回北京，讓小皇帝同治在北京登基。肅順沒有拒絕的理由，就只好同意。大隊人馬走到一般的時候，慈禧又提出皇帝年幼，不堪旅途疲憊，走小路趕往北京。
慈禧比肅順等人提前四天到達北京，她趁肅順護送先帝靈柩的隊伍還沒有到達時候，立即發動政變，率先逮捕了顧命大臣的載垣和端華。然後又派兵去捉拿肅順。當時，肅順的隊伍正好行進到密雲，就被慈禧太后派來的軍隊逮捕。不久，肅順就被冠以謀反罪，在菜市口被斬首。肅順死的時候，年僅四十五歲。肅順之死，沉重地打擊了咸豐顧命大臣們的勢力，從而使得慈禧開始登上了權力的巔峯。
由於咸豐皇帝的突然駕崩，讓年僅六歲的同治皇帝繼承大統。新皇帝年幼，自然不可能親理政務，所以大權就落在咸豐委託的“顧命八大臣”的手裏。但是另一方面，被封爲太后的慈禧也想着垂簾聽政，所以和顧命八大臣之間的矛盾不可避免。公元1861年，慈禧太后聯合恭親王奕訢發動“辛酉政變”，在短短的六天時間裏，剷除了顧命八大臣。八大臣之首肅順被逮捕，不久就被扣上了謀反的罪名，押赴菜市口斬首。同時八大臣之中的載垣、端華也被迫自殺在宗人府裏。
那麼肅順死後，他的後人何在呢?在史料中，我們並無法找到他的後人的去處，甚至連名字都沒有記載。但是我們可以來進行一番推論。首先，肅順是和碩鄭親王濟爾哈朗的後代。清初，努爾哈赤設立鐵帽子王的爵位，世襲罔替。也就是說，其實肅順和當時的咸豐皇帝、同治皇帝在一定程度上是親戚，也就是宗室。雖然，肅順並沒有繼承鐵帽子王的爵位，但好歹也是姓愛新覺羅的。所以縱使在肅順被殺後，他的後代應該也不至於一起被殺。衆所周知，慈禧太后是心狠手辣聞名的，對於像肅順這樣的政治對手，她又怎麼可能讓他的後代繼續在朝廷中當官呢?那明顯是不太可能的。而且試想一下，古時候謀反是多大的罪?就算家族、後人沒有被株連，肯定也沒有什麼好果子吃。所以，肅順的後代，可能在這次政變中有幸存活下來，但有很大可能也是被慈禧發配充軍或者流放了。在史料中找不到任何關於肅順後代的資料，想必濟爾哈朗這一脈的後代，已經消失在滾滾的歷史煙塵中了。
