繼八旗蒙古的建立，皇太極把旗的編制推廣到整個蒙古地區，把蒙古分爲內蒙古和外蒙古。內蒙古二十四部，陸續編爲四十九旗，這種旗主要職能是管理本旗民事與行政。以後，由若干個旗組成一個“盟”(朝廷指定的會盟處)，作爲中央對旗的監督機構，“不能干預各旗事務，也無權發佈政令”，“盟長主要是(各旗)會盟的召集人”。內蒙古四十九旗，設哲裏木、卓索圖、昭烏達、錫林郭勒、烏蘭察布、伊克昭六盟。通過盟旗制度實行分而治之，把廣大蒙古人民固定在各自的區域中。
內蒙古各旗也有兵丁，但就其性質而論，近乎於民兵。儘管內蒙古許多部旗在清統一或維護統一的戰爭中出力甚多，但戰後，他們又在一個固定的地域中生產、生活了，而不同於入關後職業性的八旗軍。內蒙古各旗設扎薩克(旗長)，多爲世襲，向上對口是處理少數民族(以蒙古族爲主)事務的理藩院和駐防節制將軍。而八旗中，每旗一都統，直對中央兵部(軍機處)。內蒙古六盟四十九旗，外蒙古八十六旗(設於康熙三十年——1691年)的顏色沒什麼規定，因爲他們無論如何善戰，也是雜牌軍。
蒙古旗與蒙古八旗易混者爲現在還有的內蒙古錫林郭勒盟內的鑲黃旗、正鑲白旗、正蘭旗的名稱與現行體制同。上述三旗在清時也的確是蒙古八旗的建制和駐防地域。此八旗爲康熙十四年(1675年)置，稱口外遊牧察哈爾八旗，初爲總管級，屬在京蒙古都統兼轄。乾隆二十六年，改置都統(八旗都統爲從一品大員)，駐張家口。現在，此八旗中只保留四旗三名(正鑲白旗二旗合名)，右翼的四旗己經不存在了，地域當在烏蘭察布盟的涼城、卓資、察右前、察右中、察右後、集寧、化德各旗縣之地。
蒙古八旗的編立，表明了八旗制度的基本完善和全面確立，不但極大的擴充了清政府的兵源，有利於和明朝的作戰，而且也從根本上加強了對東北各民族行政統治和管理。促進了全國各地政治、經濟和文化的發展，進一步壯大了後金—清王朝的實力。
