清朝在蒙古地區建立的盟旗制度是仿照滿洲八旗的形式，在蒙古原有的“鄂托克 ”、“愛馬克”等組織基礎上形成的。早在後金政權時期，就建立了盟旗制度的初步形態。努爾哈赤建立了蒙古八旗，最初的蒙古八旗不分部族，所有戶口都要編進去。到了崇德元年(1636年)皇太極正式編定了蒙古八旗，並設置了蒙古衙門，崇德三年(1638年)改爲理藩院。盟旗制度的主要內容包括封爵、編佐、置旗、設盟、置官等幾個方面，它相當於清政府在蒙古地區設立的縣級行政單位，蒙古各部都要被編入旗中，各旗互不統屬，並設有旗界，旗民不能隨意逾越牧地，
盟旗制度中的“盟”、“旗”不是簡單的從屬關係，旗本來是“鄂拓克”中一種軍事組織形式，在盟旗制度中，“旗”的性質是清朝在蒙古地區的治事機構，屬一級政權組織，兼行政、軍事、經濟、司法等於一身。每旗設札薩克(旗長)一人管理旗務，札薩克產生於本旗王公貴族中經理藩院上報，可以世襲。“盟”負有對各旗的監督職責，但不能直接干預旗務。
盟旗制度的推行，對清朝在蒙古地區的統治起了至關重要的作用。其意義主要表現爲幾個方面：
一、鞏固了清朝中央政府對蒙古的統治。盟旗制度與原有的“鄂托克”不一樣，每旗的成員不是按血緣關係劃分在一起的，而是重新進行了分配，因此它打破了蒙古原有地緣血緣組織，削弱了原來各氏族部落的凝聚力，且各旗人員間不能隨意往來，因而對清朝的威脅大大減少。
二、加強了蒙古各部落對清王朝的向心力，盟旗制度下由蒙古的王公貴族擔任各旗旗長，他們享有特權和較高的身份地位，並擁有徵收屬地賦稅的權力。
三、盟旗不僅具有行政權力，還有軍事權力，對內可以團結各旗人民、保證各盟旗的安定團結;對外作爲統一的軍事組織，可以抵禦外來入侵，起到維護邊疆地區和平穩定的作用。
