蒙古八旗與漢軍八旗也有禁旅與駐防之別，編制基本上與滿洲八旗相同。但漢軍八旗每佐領下置領催四人，馬兵三十人，步軍領催一人，步軍十二人，共計四十七人，與滿洲八旗略異。編入漢軍八旗的兵丁，不再是分屬滿洲八旗的奴隸，而是國家直屬的軍隊。其地位當然低於滿洲八旗，但因降清較早作戰有功，軍事、政治地位又都優於入關後的漢人降軍綠旗。
吳三桂、尚可喜、孔有德、耿仲明等藩王，所率領的舊部雖按八旗制度編制，設統領，但各自成系統，並不隸屬滿洲八旗或漢軍八旗。在歷年作戰中，收降的綠旗兵，也由藩王直接管轄。“三藩”戰後，康熙帝將吳三桂藩下人丁編入內務府三旗，分遣到遼東各地。尚之信藩下十五佐領兵丁，改屬駐防廣州的漢軍旗。耿精忠藩下十五佐領兵丁，改屬福州的漢軍旗。原屬孔有德藩下的兵丁，也編入漢軍旗。
