清軍入關又稱清兵入關、 滿清入關、 清朝入關、入關戰爭， 是指公元1644年(明崇禎十七年，清順治元年)中國東北少數民族政權的軍隊在明朝將領吳三桂的帶引下大舉進入山海關內、攻佔京師(今中國北京)開始成爲統治中國的中央政府的歷史事件。
廣義上是指1644年清軍入關後鎮壓農民軍、消滅南明諸政權等漢族反抗武裝的一系列由北至南的統一中國的戰爭。它標誌着清朝在全中國統治的開始。
清軍入關的性質，以及後金兼併女真各部以及清對明朝及南明的戰爭，認爲“清進行的戰爭就是爲中國統一的戰爭” 的觀點，實際上是“大一統”觀念來看待明清之際歷史，拿現代標準裁量古代歷史，用後來結果倒套此前過程的結果，民族平等原則不是這樣貫徹的。
1644年(明崇禎十七年)三月，李自成率領農民軍攻入京師，崇禎帝在紫禁城後的煤山(今景山)自縊而死，明朝滅亡。張獻忠也率軍進入四川。就在明末農民起義進入高潮時，而滿洲軍事集團蠢蠢欲動。
滿洲的前身是女真，明朝時隸屬奴兒干都司管轄。1616年(萬曆四十四年、後金天命元年)建州女真的首領努爾哈赤統一女真各部
後，在赫圖阿拉(今遼寧新賓西)建立了後金。1619年(萬曆四十七年、天命四年)後金八旗軍在薩爾滸之戰中擊潰明軍，並趁勢奪取遼東(今遼寧)七十餘城。1625年(天啓五年，天命十年)後金將都城從赫圖阿拉遷到瀋陽，改稱“盛京”。1636年(崇禎九年，清崇德元年)四月，皇太極自稱皇帝，改國號爲大清，並仿效明朝陸續建立政權機構，又東征朝鮮，西聯蒙古，勢力日益強大。 [13]
滿洲人看到明政府內部的危機日益激化，早就有滅亡明朝、吞併中原的野心。他們一方面招降納叛，對明朝官僚盡力收買，諸如李永芳、范文程、寧完我、洪承疇、祖大壽、尚可喜、孔有德、耿仲明等人都先後投靠了清廷，得其重用，並從孔有德等那裏學來火炮製造技術，給明朝造成重大威脅。另一方面又經常派兵打進長城，在河北、山東等地燒殺搶掠，甚至三度包圍京師，造成“己巳之變”等事變，清軍最深曾攻入濟南。滿洲軍先後擄走漢人97萬(其中包括明朝德王朱由樞)，掠奪財帛牲口無數。農民軍佔領西安後，清攝政王多爾袞曾經致書李自成，招誘農民軍，要和農民軍“協謀同力，並取中原” ，遭到農民軍斷然拒絕。李自成攻佔京師，推翻明王朝，滿洲貴族大爲震動。這時，他們便決定趁亂大舉入關。
山海關敗後，京師不能守，四月三十日，農民軍放棄北京向陝西撤退。五月一日，清軍進佔京師。多爾袞奏請六歲的清順治帝臨遷都京師。同年九月，順治帝從盛京遷都京師，“定鼎燕京”。
清軍入關及農民軍的抗清鬥爭
參見：山海關、南明、大順政權、大西政權、八旗兵
駐守山海關的明朝總兵吳三桂，在李自成佔領京師時，在是否歸順大順政權的問題上搖擺不定，然而最終向清朝投降 。他向清攝政王多爾袞“乞師”，而多爾袞在假意再三推辭下，終於同意了吳三桂的請求，進兵中原。
事實上，清朝對此早有準備。范文程在清朝問鼎中原的過程中起關鍵的作用。明朝滅亡前夕，清朝便決定派多爾袞、阿濟格、多鐸統兵伐明，企圖再次大掠中原。而幾乎在李自成進京的同時，清廷重臣范文程便察覺到明朝將亡，便奏請清廷佔領中原。李自成進京十五天後(四月初四)，清廷急召在蓋州湯泉養病的范文程入盛京討論明亡之後的對策。范文程指出了李自成的某些失策和弱點(如肆意刑訊拷問明朝大臣、強行向在京官僚商人追贓、貪圖子女玉帛等)，斷言“可一戰破也”，極力鼓吹說：“我國上下同心，兵甲選練，聲罪以臨之，釁其士夫，拯其黎庶，兵以義動，何功不成?” 他還要求清軍改變一味屠殺掠奪的策略，稱：“古未有嗜殺而得天下者……若將統一區夏(即華夏)，非乂安百姓不可” [20-21] 而多爾袞本來就有入主中原打算，在范文程的鼓動下，清朝當局立即下令連日急驟兵馬，十多萬八旗精銳迅速涌向中原。清軍本來打算從西協和中協(即今北京市北面及其附近的長城)入關，然而行軍至翁後(今遼寧阜新)，得吳三桂“乞師”之信，多爾袞爲順利入關並且讓吳三桂徹底投入清朝陣營，拒絕了吳三桂的請求。最終吳三桂剃髮稱臣，歸降清朝，多爾袞遂出兵從山海關長驅入關。因此，清軍入關可以說是必然的。
得到滿清的幫助後，吳三桂又發佈檄文，號召漢族地主階級和富商大賈支持滿洲貴族對農民軍發起反攻。清統治者與吳三桂的結合，給農民軍造成了不利的形勢。李自成曾派人招降吳三桂，在吳三桂拒絕後，他立即率兵東征。
1644 年四月二十三日(大順永昌元年，清順治元年，陽曆5月28日)，李自成與吳三桂軍激戰于山海關前，一時難分伯仲。早在四月二十一日，答應援吳的清軍便在一片石擊潰了李自成派去切斷吳三桂後路的唐通部農民軍，多爾袞先命吳三桂迎戰李自成大順軍。雙方鏖戰至中午，吳軍逐漸實力耗盡，爲農民軍包圍。接着清軍猝然襲擊，農民軍失利，李自成敗退京師(詳見山海關大戰)。清軍正式入關。山海關之戰是農民軍從反明鬥爭轉向抗清鬥爭的起點，從此以後，民族矛盾上升爲主要矛盾。
山海關敗後，京師不能守，四月三十日，農民軍放棄京師向陝西撤退。五月二日(陽曆6月6日)，清軍進佔京師。多爾袞奏請六歲的清順治帝(清世祖)愛新覺羅福臨遷都京師。同年九月，順治帝從盛京遷都京師，十月一日，順治帝在天壇祭天，並於紫禁城皇極門(今太和門)舉行登基大典，再次即皇帝位，宣佈“茲定鼎燕京，以綏中國”。 此舉標誌着清王朝由地方政權開始轉化爲統治全中國的中央王朝。
清朝統治者知道漢族地主階級是可以收買的，也知道他們真正的敵人是農民軍。於是採用各種手段拉攏漢族官僚地主，他們宣稱“倡先投順者”給以高官厚爵，併爲崇禎帝發喪，替漢人“報君父之仇”，又宣佈廢除三餉(遼餉、練餉、剿餉)加派，這對漢族地主都很有利。 當時北方的官僚地主紛紛迎降，與清統治者合作鎮壓農民軍。農民軍撤退過程中，清軍先於保定、定州(今河北定縣)兩挫農民軍，接着向山西進攻。大同守將姜瓖投降，平陽(今山西臨汾)守將陳永福被俘。到五月初多爾袞入據京師時，清朝已經擁有了北直隸、山西、山東等省份。
隨着清軍入關，大量滿洲人(包括少量蒙古人、鄂倫春人、赫哲人、錫伯人、鄂溫克人、達斡爾人)涌入中原。因爲清朝政府一直實行民族隔離政策。遷入中國的滿洲人中，約有一半駐紮京畿，號稱“禁軍”，即“禁旅八旗”。清朝趕走了原來居住在京師“京城”(即內城)的居民以安置“禁軍”，非旗籍漢人只准在京城中進行商業活動而不準常住。其餘的滿洲人則作爲“駐防八旗”而駐防在全國各要地，如江寧(今南京)、鎮江、荊州、成都、杭州、福州、廣州、西安、寧夏(今銀川)、徐州、平陽、濟南、德州等地。清政府在這些城市中往往爲他們專門修築一座子城，即“滿城”。有清一代，任何漢人不得進入滿城，地方官吏(包括本省督撫)都無權過問滿城事務，滿城都歸將軍、副都統或城守尉管理，完全就是國中之國。這些畸形城市都在民國以後被拆除，但不少城市仍然保留着與滿城有關的遺址或景點，著名的有成都的“少城”等。清政府只允許滿人做職業軍人或官吏，所需全部由朝廷供養。這導致後來滿人大都成爲遊手好閒、不學無術的紈絝子弟，也就是著名的“八旗子弟”。可是在清軍入關戰爭中，八旗兵驍勇善戰，是清軍的主幹力量。
同年五月，明朝一部分大臣在陪都南京擁立福王朱由崧爲帝，改元弘光，延續明朝的宗廟社稷，史稱“南明”。朱由崧就是明安宗，也稱弘光帝。弘光帝幻想同滿清議和，一起剿滅農民軍。這時農民軍領導的內部發生了分裂，李巖請分兵河南，爲牛金星譖殺。儘管如此，李自成還是擁有幾十萬軍隊，仍然在河北真定，井陘、河南懷慶、陝西潼關等地繼續抗擊清兵和明朝殘餘的軍隊。
清朝統治者在籠絡地主階級鎮壓農民軍的同時，對漢人施行了圈地、剃髮和屠城等等民族高壓的措施。各地人民都起來反抗清朝統治者。京畿的昌平、三河，以及冀中、蘇北、山東、山西、河南等地人民的反清鬥爭， 風起雲涌，如山東西部的榆園軍，山東東部的青州起義軍，山西西部呂梁山區的起義軍，河南懷慶、衛輝等地的起義軍，在河北各地也有很多小規模的農民武裝。在這些起義軍中都有被清軍打散的李自成舊部參加，他們或是獨立作戰，或是策應李自成的軍隊抗擊清兵。
1645 年(清順治二年、南明弘光元年)初，清廷集中軍力分兩路攻入陝西，一路由英親王阿濟格率領，吳三桂爲前鋒;一路由豫親王多鐸率領，孔有德爲前鋒。李自成迎擊清軍於潼關，經過激烈的戰鬥，農民軍放棄西安，東下湖廣。清軍窮追不捨，農民軍節節敗退，軍心愈發渙散。這年四月，農民軍來到湖廣通山縣，李自成遭到當地地主武裝的襲擊，死在通山九宮山。李自成死後，除去由郝搖旗、劉體純等繼續統率農民軍餘部之外，另一支由李過、高一功等統率的農民軍十餘萬人也由陝西趕到。他們決定與南明的抗戰將領何騰蛟、堵胤錫的軍隊聯合，在湖廣抵抗清兵。
同時，清廷誘降在四川的張獻忠領導的大西軍，也遭到拒絕。李自成敗退陝西時，張獻忠便和李自成相約共抗清兵。1646 年(順治三年)冬，清統治者派肅親王豪格進攻四川大西政權，張獻忠撤離成都，迎擊清軍於川北西充的鳳凰山，遇伏而死。張獻忠死後，他的部將李定國、劉文秀、孫可望、艾能奇等人，也在川南雲貴一帶與南明永曆(桂王)政權合作，繼續抗清。
江南人民和南明諸政權的抗清鬥爭
參見：剃髮易服、滿清大屠殺、揚州十日、嘉定三屠、江陰八十一日
1645 年(順治二年、弘光元年)春，由西安回師江南的清軍多鐸部從虎牢關(今河南滎陽汜水鎮)分兵三路，大舉攻打南明弘光政權。清軍先攻佔弘光政權在河南地區的統治中心歸德(今河南商丘)，所過州縣，望風而降。四月初九，清軍由歸德分成兩路，一路由多鐸率領，進攻亳州，指向淮南，一路由都統準塔率領，進攻碭山、徐州，指向淮北。弘光政權岌岌可危。
然而這時弘光政權內部正在進行激烈的黨爭，甚至出現了南明版“三大案”(大悲案、太子案、童妃案)。弘光帝朱由崧昏庸無能，朝政把持在馬士英、阮大鋮等手中，這些人排斥異己，賣官鬻爵。鎮守江北四鎮的四個總兵劉澤清、高傑、劉良佐、黃得功在大敵當前之時，互相爭權奪利， 彼此仇怨極深，都不以國事爲重。所以當時江南有句民謠說：“職方賤如狗，都督滿街走;相公只愛錢，皇帝但吃酒” 。只有兵部尚書史可法督師江北，堅決抗戰。但史可法內受朝廷的牽制，江北四鎮又不聽指揮，處處遭到困難，再加上當時駐防湖北的左良玉以“清君側”爲名發動內戰，進攻南京，局勢更是危如累卵。順治二年(1645 年，弘光元年)四月十八日，清軍包圍揚州，史可法困守孤城，誓死不降。二十一日，總兵李棲鳳、監軍副使高歧鳳出城投降，守城力量更爲薄弱，多鐸曾先後給史可法五封書信，史可法都不啓封。二十五日，清軍以大炮轟塌城牆西北角，攻破揚州。多鐸縱兵大肆屠殺居民十天，死難者超過80萬 ，史稱“揚州十日”。史可法戰敗被俘，不屈犧牲。
五月二十四日，清軍逼近南京，趙之龍、錢謙益跪地獻城，南京淪陷。弘光帝(福王)不久後被執於蕪湖，次年被凌遲處死。不久，清內院大學士洪承疇代替多鐸，赴南京總督軍務，加強政治招撫。博洛、李成棟、劉良佐等率清軍進攻杭州，一路上，南明地方官員紛紛不戰而降。六月十三日，明潞王朱常淓在杭州投降。與此同時，阿濟格在湖北鎮壓大順軍主力後，沿江東進。沿途明軍左夢庚、金聲桓部三十六營共十幾萬軍隊倒戈降清，清兵既而南下，佔領南昌等城。
同年六月，清廷下令江南人民剃髮易服。蓄髮是漢族人民傳統的風俗，《孝經》開篇就說：“身體髮膚，受之父母。豈敢毀傷，孝之始也。”要強迫剃髮，是漢人不能接受的。清軍入關時，曾在北方下令剃髮，三河縣等地的人民就舉行過反剃髮的鬥爭。此時，江南各地的人民也紛紛起來反抗。有一首詩準確地反映了當時的形勢：“剃髮令朝下，相顧爲發悲。三吳同時沸，紛紛起義師。” 其中以江陰、嘉定兩地人民的鬥爭爲最激烈。江陰人民推閻應元、陳明遇爲領袖，立下“頭可斷，發不可剃”的誓言，在二十四萬清軍的攻擊下，苦戰了八十一天。 嘉定人民也組織鄉兵，據城不降。在江陰、嘉定相繼失陷後， 兩地的人民都遭清軍的屠殺，史稱“江陰八十一日”、“嘉定三屠”。
這兩次人民的抗清鬥爭，對後來東南各地人民的堅持抗清起了很大的鼓舞作用，並且牽制了一部分清軍的主力，使得在浙江的魯王政權和在福建的唐王政權得以建立起來。1645 年(順治二年、隆武元年)六月，明朝士紳張國維等迎魯王朱以海於紹興，號稱監國。不久，禮部尚書黃道周和鄭芝龍等復立唐王朱聿鍵於福州，改元“隆武”。於是南明先後出現了魯王和唐王兩個政權。
張國維、黃道周等人都主張堅決抗清，他們得到廣大人民的支持。但是這兩個統治集團之間，爲了爭“正統”，彼此勢成水火，各自的內部也糾紛很多，以致不能配合作戰。清朝乘機採取分化離間的策略，先後誘降了魯王政權擁重兵的方國安和唐王政權的鄭芝龍。1646 年(順治三年、隆武二年)六月， 兩浙失守，張國維自殺，魯王朱以海逃亡海上，後死在臺灣。魯王兵敗後，清軍又打敗黃道周的義兵，並先後佔領福建的很多城市，攻滅了隆武政權。
這時，除去張名振、張煌言等奉魯王在浙江沿海一帶繼續抗清外，守兩廣的瞿式耜、丁魁楚又在肇慶擁立桂王朱由榔，改元永曆，成立了永曆政權，朱由榔就是明昭宗，一般稱永曆帝。永曆政權成立的時候，清軍已控制了黃河流域和長江下游地區。永曆政權既要抵抗八旗兵的南下，又堅持鎮壓農民軍，因此他們不得不轉向西方求援。永曆帝登基以後，派波蘭籍傳教士卜彌格攜帶馬太后和司禮監秉筆太監龐天壽兩人的親筆信前往梵蒂岡教廷求助，皇室中亦多有受洗入天主教者。南明朝廷又命當時已信仰天主教的大臣瞿式耜前往澳門借得葡萄牙兵300人和重炮數門，一度起效，但爲時不久，因此不得不同意和農民軍合作。
1646 年(順治三年、隆武二年)九月，清軍分三路向西南進攻，企圖一舉消滅明朝的殘餘勢力。清平南大將軍孔有德、尚可喜、金礪等率師自荊州南向，攻佔嶽州(今湖南嶽陽)後溯湘江而下。佟養甲、李成棟部清軍自閩南入粵攻佔惠州、潮州。在這個緊急時期，李自成的部將李過、高必正、郝搖旗等人率領農民軍出現在湘鄂戰場的最前線。他們和駐守湖南的明軍將領何騰蛟等合作，聯兵抗擊清軍，挫敗了清軍的攻勢。
但此時永曆、紹武兩朝廷爭戰方酣，1647 年(順治四年、永曆元年)，自福建來的李成棟趁機襲佔廣州，殺死剛剛登基43天的紹武帝(嗣唐王)朱聿鐭，又攻打肇慶，永曆帝輾轉奔逃兩廣間。郝搖旗部護永曆皇帝居柳州，並出擊桂林的清軍。
1648 年(順治五年，永曆二年)，永曆政權重佔湖南、兩廣、江西、四川、雲貴七省。於是南北呼應， 勢相連結，在南明時期出現了第一次抗清的高潮。
永曆政權的當權派並沒有利用這種有利的形勢舉行反攻，而是爭權奪利。以降將李成棟爲首的楚黨，和由永曆帝親近組成的吳黨，彼此攻訐無虛日，都想援引外鎮的武力來控制永曆政權。永曆政權內部的不團結，就給清軍以喘息的機會。1649年(順治六年、永曆三年)秋，耿仲明、尚可喜部清軍越過大庾嶺，再度南下，攻克南雄、韶關，招降潮州、惠州，十月，佔領廣州。廣東大部已爲清軍所佔。孔有德軍則從湖南永州南進，連下全州、桂林。
1649—1650 年(順治六到順治七年間)，何騰蛟、瞿式耜先後在湘潭、桂林的戰役中被俘而死。以後李過病亡，他的兒子李來亨和郝搖旗、高必正、劉體純等被迫率領農民軍回到巴東荊襄等地，組成了夔東十三家軍，擁立明韓王朱本鉉爲帝，年號定武(一說無此人)，獨立抗擊清軍。反清的鬥爭又轉入低潮。
李定國、李來亨的抗清鬥爭
參見：李定國兩蹶名王、李定國克桂林之戰、夔東十三家、十八先生之獄、孫可望投清
在抗清形勢再度惡化，永曆政權放棄肇慶、梧州，在無地容身的時候，李定國等領導的農民軍又出現在反清鬥爭的最前線。李定國是陝西榆林縣的農民，從十歲起就參加了起義軍，在年青時代即以“賽尉遲”的綽號聞名於張獻忠的農民軍中。張獻忠死後，他一直堅持抗清的戰爭。
1652 年(順治九年、永曆六年)以前，李定國、孫可望等已向永曆帝表示，願意同永曆政權聯合抗清，遭到永曆政府的拒絕。後來永曆政權直到走投無路，才接受孫、李的建議，在貴州安隆所投靠了農民軍。1652 年(順治九年、永曆六年)，李定國發動了大規模的反攻，他統領西南苗、瑤、壯、彝各族人民所組成的軍隊東出廣西，下桂林，反攻湖南，南入廣東，“兩蹶名王，天下震動” [44] ，前後敗敵數十萬人，得到永曆政權建立以來空前未有的大捷。同時，劉文秀出兵四川，大敗吳三桂，克復了川南各州縣，並與夔東十三家軍取得了聯繫。而活動在東南沿海一帶的張煌言、張名振和鄭成功等人率領的抗清隊伍在此時也開始反攻，並接受永曆皇帝賜給的封號，甚至兵臨南京城下，形成了第二次抗清的高潮，使“清君臣聞警，上下震動，聞定國名，股慄戰懼，有棄湘、粵、桂、贛、川、滇、黔七省與帝媾和之議”。
就在此時，永曆政權中的宦官馬吉祥等挑撥李定國和孫可望的關係，黨爭又起，孫可望在1654年(順治十一年、永曆八年)製造了駭人聽聞的“十八先生之獄”。1656 年(順治十三年、永曆十年)，孫可望發動了進攻李定國的內戰，兵敗後投降清朝。這一切都使抗清力量大損。
清朝政府屢次誘降李定國，均被拒絕。 李定國在極端艱苦的條件下，堅持抗清，沒有動搖。1659 年(順治十六年、永曆十三年)正月，吳三桂攻下雲南府(今雲南昆明)， 永曆帝流奔緬甸，李定國傾其全軍設伏於磨盤山，企圖一舉殲滅敵人的追兵， 伏兵的全盤計劃被內奸泄露，結果失敗。1661 年(順治十八年、永曆十五年)，吳三桂率兵入緬，永曆帝被俘，被絞殺於雲南府城。1662年，李定國在勐臘(今西雙版納東南地區)憂憤而死。
夔東十三家農民軍的處境在當時也非常艱苦。他們在荊襄、川東的羣山中，“屯種山田，歲收麥種草綿，供糧食衣履” ，但仍在李來亨、郝搖旗等的領導下，繼續堅持抗清的鬥爭。1659 年(順治十六年、永曆十三年)，李來亨等曾由水道進攻重慶支援李定國。在李定國敗死後，清朝即調動四川、湖廣、陝西三省的兵力，圍攻這支抗清的隊伍。1664 年(康熙三年、永曆十八年)，李來亨在清軍的重圍下糧盡援絕，全家自殺，這支農民軍全部壯烈犧牲(詳見茅麓山戰役)。
鄭成功的抗清鬥爭
參見：鄭成功北伐、鄭成功收復臺灣、明鄭時期、施琅攻臺
當農民軍在西南進行艱苦抗清鬥爭的時候，東南沿海一帶的人民也在鄭成功的領導下進行抗清活動。鄭成功是鄭芝龍的兒子，他們父子都在唐王政府爲官。鄭芝龍早年是著名的海盜，曾壟斷東亞海域貿易，雄長於西太平洋，造成“海舶不得鄭氏令旗者，不能來往”的現象，連葡萄牙、西班牙都要讓讓鄭芝龍三分(事實上明末西、葡國力已一落千丈，其海上霸主地位逐漸被英國、法國、荷蘭所取代)，形成一股龐大的海上家族政治勢力。後來鄭芝龍接受明朝招撫，接着成爲南明唐王(隆武)政府的太師，兼兵、工、戶部尚書，封建安伯(後改平國公)。隆武帝還賜鄭成功“朱”姓，封忠孝伯，這就是鄭成功被稱爲“國姓爺”的來歷。後來鄭芝龍降清，鄭成功則繼續抗清。
鄭成功以廈門、金門爲據點， 曾先後圍攻福州，攻克台州。清廷曾以靖海將軍加授澄海公招降，遭到他的嚴詞拒絕。1653年(順治十年、永曆七年)被南明永曆皇帝冊封爲“延平王”。1659 年(順治十六年、永曆十三年)，鄭成功聯合浙江張煌言等發動了一次大反攻，從海道溯長江， 直達南京近郊，佔領了鎮江、蕪湖等四州三府二十四縣。他們的行動與李定國的起義軍遙相呼應，使清廷大爲震動。但由於戰略上的錯誤，鄭成功在南京被清兵所擊敗。
爲了建立根據地，鄭成功於1661 年(順治十八年、永曆十五年)率大軍在臺灣登陸，次年，趕走了竊踞臺灣的荷蘭殖民者，收復臺灣。鄭成功在臺灣設置承天府，建立行政機構，奉南明永曆正朔，招徠大陸難民，屯田墾荒，又派遣漢族“農師”向高山族人民傳播先進的生產技術，加速了臺灣地區社會經濟的發展。不久鄭成功逝世，其子鄭經襲延平郡王位，並繼續奉永曆帝爲正朔，保持對監軍明宗室寧靖王朱術桂以王禮相待。鄭氏在臺灣建立的政權又被稱爲“明鄭”。
鄭成功的抗清勢力一直是清朝的心腹大患，甚至有人提出清順治帝就是被鄭成功軍的大炮擊中而死的。 [49] 臺灣明鄭勢力也確實給大陸明朝遺民一絲希望。當時著名遺民詩人屈大均曾有詩云：“中華餘一島，正朔在重溟。望斷黃龍艦，風帆似水萍。” [50] 就反映了這一點。因此清朝爲了消滅明鄭勢力，一方面下達“遷界禁海”命令，逼迫沿海百姓後撤30裏，焚燒所有船隻，停止一切海上貿易，“片板不許下海”;又多次派人同明鄭集團議和，但因爲某些條款(如剃髮易服)未達成一致而招致談判破裂。清政府還企圖勾結荷蘭瓜分臺灣，曾和荷蘭殖民者一道屠洗了思明州(今廈門)的軍民，然而因爲種種原因都沒有實現，因而明鄭也維持了相當長的一段時間。
1673年(康熙十二年、永曆二十七年)，原已降清的明朝將領吳三桂、耿精忠和尚之信等又先後起兵反清，這就是所謂的“三藩之亂”。吳三桂起兵雲南，尚之信起兵廣東，耿精忠起兵福建，鄭經也乘勢攻佔了泉州、漳州、溫州等地。三藩的叛亂歷時八年，爲清軍所平息，而鄭經也退回臺灣。
