南北榜案在一定程度上體現了全國統一形勢發展中南北政治平衡的要求，也體現了朱元璋打擊和限制江南地主的一貫政策，此事件開明朝分南北取士之先例，至洪熙以後遂成定製。
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在一定程度上普及文化教育，提高落後地區考生的學習積極性，平衡政治關係，乃至維護國家統一，在少數民族地區推廣科舉制度。
但是，朝廷政事多被精於理學的南儒把持，而理事者了了無已，明朝政事逐漸趨向腐敗和混亂。自“南北榜”劃分之後，明朝官場上的官員關係，除了師生關係外(座師與門生)，老鄉關係也呈越演越烈之勢，同期中榜的考生，地域之間的親疏尤其明顯。
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甚至同榜而出的考生間拉幫結派，也漸成常態。明朝萬曆時期大臣邱瞬就曾總結道：“而今朋黨有三途，同榜而出爲其一，座主門生爲其二，同年而出爲其三。”“鄉黨”關係，反而凌駕於師生關係之上。
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萬曆末期至天啓初期令後人詬病的“黨爭”，朝中分爲“齊黨”、“楚黨”、“浙黨”相互攻擊，“分榜”制度，確是爲其溫牀之一。
