穆罕默德曾答應他的軍隊可以按照古代軍事習俗，在破城後搶掠三日。他也曾恐嚇君士坦丁十一世，如果抵抗，城中平民將不能倖免。
土耳其人在初次炸開城牆及攻佔陸地城牆的塔樓時，確實屠殺了很多平民，不過很快便恢復秩序。
在初步攻勢後，奧斯曼軍沿城中主要街道以扇形散開，經過一些大廣場，到達聖使徒教堂，穆罕默德特意保存此地，讓他的新任大主教可以在那裏管理基督徒。穆罕默德派了一支先遣部隊保護當地的重要建築物，例如聖使徒教堂，因爲他不想接收一個完全被毀的城市。
奧斯曼軍在奧古斯頓廣場會合，前面就是聖索菲亞大教堂，當時教堂內聚集大批平民，他們把青銅大門閂上，希望在這最後時刻能有神的保護。
破門後，士兵按照在奴隸市場可以賣得的價格把人羣分隔，少數老人及一些嬰孩被當場殺害。士兵們爲了爭奪富有的元老院議員、美貌少年或少女而打鬥起來。
傳說當時有兩位神父在彌撒中向人羣講話，土耳其人進入時，神父便走進教堂的牆中消失。
按照傳說，那兩位神父會在基督徒奪回君士坦丁堡之日再次出現。雖然穆罕默德二世跟隨當時各方軍隊的習慣，准許部下在城中強姦和搶掠，但他看到城中重要建築遭到破壞後改變主意，在24小時後便制止那些作爲。不幸地，城中已有大批居民遭受強姦、洗劫或淪爲奴隸。
城破之時估計約有5萬人在城內居住，當穆罕默德下令停止搶掠時，大約有一半居民仍然自由。能有那麼多的居民避過奴役厄運，有賴於當時君士坦丁堡的地形。
與很久以前的全盛時期相比，君士坦丁堡在經歷過鼠疫，特別是兩個世紀前的第四次十字軍之役所致的災難後，多年來人口已經大減。
1453年的君士坦丁堡是由四世紀時建成的狄奧多西城牆包圍著的一系列建有圍牆的村莊，村莊之間被大片田野所分隔。當奧斯曼軍攻破城防後，這些小鎮有很多顯要居民向穆罕默德的將領表示歸順。
按照伊斯蘭傳統，這屬於自願歸順，所以這些村莊，特別是靠著陸地城牆的那些，其居民及教堂獲准免受奧斯曼軍侵擾，更有穆罕默德的精銳「新軍」保護他們。
在穆罕默德停止掠城後，這些居民曾經出錢贖回一些淪爲奴隸的居民，他們也在多種族的奧斯曼伊斯坦堡組成一個被奧斯曼人稱爲米利特的自治社區。
在局勢平靜後，穆罕默德以列隊儀式進城，期間當地居民向他獻花以示恭賀。
君士坦丁堡在第四次十字軍之役被攻陷後便開始殘破失修，穆罕默德對該城的最初印象亦是如此。
在穆罕默德眼中，他是羅馬皇帝的繼承者，自封Kayzer-i Rum，意思是羅馬凱撒，不過他也被暱稱征服者。
