第二次世界大戰爆發後，佛朗哥面臨着是否參戰的選擇，這也是對他的統治的嚴峻考驗。在整個大戰期間，佛朗哥一直周旋於兩大集團之間，見風使舵，利用英、美與德、意之間的矛盾，從中撈取好處。英法爲了阻止佛朗哥靠近軸心國，不斷地在經濟上援助西班牙，以拉攏西班牙在大戰中保持中立。佛朗哥考慮到西班牙的國力不強，同時也害怕德、意控制自己，在大戰初期，有意地疏遠軸心國。例如，在一次馬德里盛大閱兵典禮上，由於佛朗哥故意把準備要出席的德國元帥戈林的名字排在法國駐西班牙大使貝當的後面，使這位早已將自己的指揮棒、元帥服送到馬德里以施威擺闊的戈林受屈受辱，最後，放棄到馬德里參加觀禮。大戰期間，佛朗哥宣佈西班牙爲中立國，遊離於交戰雙方之外，時而靠近德、意，時而爲英、法叫好。當德、意力促西班牙加入軸心國參戰時，佛朗哥謹慎地予以回絕，他委婉地給德國外長裏賓特洛甫寫了一封長信，意思是說如果德國能拿出一個德、意必勝的證據來，西班牙馬上加入德、意集團。
然而，到1940年上半年，由於德國橫掃西歐，連連獲勝，熱衷投機的佛朗哥保持中立的立場開始傾斜，他希望趁機收回被英國人控制兩個多世紀的直布羅陀。6月，佛朗哥突然出兵佔領丹吉爾。當時丹吉爾是由德、意、英、法四國共管的地區。佛朗哥在採取這一軍事行動以前，只通知了德、意，而沒有通知英、法。隨後佛朗哥又提出收回直布羅陀的口號。
1941年6月，希特勒進攻蘇聯，佛朗哥被希特勒的勝利衝昏了頭腦，表示完全支持希特勒的行動，並請求德國允許西班牙長槍黨志願軍參加對蘇戰爭，以報答1936～1939年間德國給西班牙兄弟般的援助。此時，佛朗哥仍留有後退的餘地。對外，他只是宣佈西班牙由中立國轉變爲非交戰國，對德國，他強調“西班牙派志願軍並不等於站在德國一方參戰。實際上，佛朗哥組織了一個由長槍黨員組成的“藍色師團”，穿上德國軍隊的服裝，開赴蘇聯作戰。到1943年，佛朗哥眼看軸心國取勝渺茫，馬上又調整西班牙的外交政策，宣佈西班牙由“非交戰國”恢復中立，並下令召回在蘇聯作戰的“藍色師團”。
第二次世界大戰結束後，佛朗哥在國內仍推行其恐怖統治。對長槍黨以外的黨派，尤其是共產黨、社會黨黨員，大肆搜捕、關押，甚至處死，而且還使用閹割刑和絞刑(直到1963年才取消)。佛朗哥的這種恐怖暴虐統治，引起世界範圍的強烈不滿。1946年12月，聯合國通過決議，建議所有聯合國成員國從西班牙召回大使，決定只要西班牙保持現行制度，今後就不接納西班牙爲聯合國會員國。面對這種國際孤立的局面，佛朗哥宣佈實行閉關自守的孤立的經濟政策，在國內開展仇視猶太人和一切外國人運動，禁止在公共場合懸掛寫有外國字的招牌，鼓勵使用本國產品。1947年，佛朗哥又簽署《國家元首關於國家元首職位繼承法》，宣佈西班牙爲立憲王國，規定佛朗哥有指定國王繼承人，罷免國王繼承人的權利。
在對外政策方面，由於美蘇開始走向冷戰，佛朗哥又開始利用美蘇矛盾，實行親美政策，表示願意向美國提供軍事基地。1953年，佛朗哥與美國簽訂了《美西協定》，根據這個協定，西班牙向美國提供海、陸、空四個軍事基地。從而獲得美國經濟、技術上的援助，打破聯合國對西班牙的制裁。依仗美國的勢力和影響，佛朗哥在外交上有了更寬的活動空間。對英、法兩國，佛朗哥也一直在尋找改善關係的機會，以此來增強同美國交往中討價還價的實力。1963年，美西協定十年有效期已滿，按規定重新討論延期的條款。正值此時，美法關係十分緊張，佛朗哥又利用這一機會，發展與法國的關係，雙方外事活動頻繁，委員互訪，發表聯合公報，簽訂海空軍聯合演習協議等等。這樣做，目的是爲美西協定延期談判作準備。在1963年簽署的美西延期協議中幾乎反映了西班牙的所有要求，通過這個協定，西班牙共接受40多億美元的援助。佛朗哥又利用這些美元，購買美國的先進武器，武裝西班牙軍隊。在70年代，西班牙是世界上六個進口武器最多的國家之一。
佛朗哥把世界上最後一個法西斯獨裁政權維持近40年，除了實行暴政以外，還採取一些較靈活的安撫措施。他往往在血腥鎮壓了民衆反獨裁運動之後，也作一些讓步。譬如，禁止解僱固定工人，建立較發達的社會保險制度，禁止把小佃農從土地上趕走，對政治犯減刑或特赦等等。佛朗哥實行的這種軟硬兼施的法西斯獨裁統治一直持續到1975年，是年11月20日，83歲的佛朗哥因冠心病復發而壽終正寢。佛朗哥在彌留之際是痛苦的，他的私人醫生不得不用手指塞進他的喉嚨摳出窒息着他的血塊，他對醫生說：“死也這麼費勁”。佛朗哥死後，國內有些人用香檳酒慶祝，大街上空空蕩蕩，悄然無聲，人們長期的積怨傾瀉在這種空蕩和安謐之中。西班牙當代最著名的詩人之一阿爾維蒂說：“西班牙史上最大的劊子手死了，地獄的烈火燒他，也不足解恨”。然而，當時的美國總統福特爲他的死感到悲痛，認爲佛朗哥經歷了西班牙史上一個有意義的紀元.
