高市皇子，約生於654年(白雉5年)，卒於696年8月13日(持統天皇10年7月10日)是日本飛鳥時代的皇族，天武天皇的長子，被尊稱爲"后皇子尊"。
壬申之亂時期
壬申之亂爆發時，大海人皇子別居於吉野宮，高市皇子在近江大津京。6月24日，大海人皇子發起行動時，派大分惠尺爲使者，通知高市皇子和大津皇子，命令他們到伊勢會合。
高市皇子和大津皇子分別行動。高市皇子通過鹿深於6月25日到達積殖山口追上大海人皇子。鹿深是近江國甲賀郡，積殖是伊賀國的阿拜郡的柘植。此時的隨從有民大火、赤染德足、大藏廣隅、阪上國麻呂、古市黑麻呂、竹田大德、膽香瓦安倍等人。高市皇子就這樣加入了大海人皇子一行。大津皇子遲一些到達鈴鹿關，平安匯合。
6月26日，在伊勢的朝明郡的郡衙之前，一行人遇見村國男依。村國男依報告美濃軍3000人已經把守在不破道。大海人皇子抵達郡衙後，委任高市皇子監督不破郡的軍事，向東海道和東山道派遣使者進行戰爭動員。
6月27日，高市皇子從不破向位於桑名郡衙的大海人皇子派遣使者諫言:"御所離軍太遠，指揮不便，請移至近處"。因此，大海人皇子移至野上。這一日，高市設伏，捕獲大友皇子派來的使者書藥和忍阪大麻呂，使大友皇子一方無法進行軍事動員。高市皇子從和暫到野上出迎大海人皇子，報告了敵人使者的事。
《釋日本紀》引用調淡海和安鬥智德的日記中的記載，此時大海人皇子向來自大唐的移民們詢問:"你們的國家戰爭很多，一定知道好的戰術吧?"有一人進言:"在大唐會先派斥候觀察地形和探聽消息，有時出軍夜襲，有時出軍晝擊，但不知道深入的戰術。"
大海人皇子對高市皇子說:"在近江朝，有左右大臣和有智謀的羣臣一起商議決策。現在我卻沒有可以一起謀劃的人，只有年少的兒子們，怎麼辦啊?!"高市皇子捲起袖子，露出手臂，緊握住劍回答:"近江的羣臣雖然多，但怎麼可以違背您呢?您即使只有這裏的臣高市一個，依靠神靈，受您之命，率領諸將征討之。這又怎麼能防備得了呢?"大海人皇子握住高市皇子的手，撫其背，勉勵道:"要謹慎，不要懈怠"，賜予鞍馬，委任軍事全權。
高市皇子回到和暫，大海人皇子在野上建造行宮。和暫是和暫原，後世稱爲關原盆地。不破關是其西方的入口，野上在其東端。據說來自各地的大海人皇子方的軍隊在和暫集結，由高市皇子掌握。
日期不明，大概在6月底或7月初，敵方的小部隊衝至玉倉部邑，被出雲狛擊退。
7月2日，大友皇子還在進行軍兵動員的期間，搶得機先的大海人皇子集結了東國的大部分兵力下達了總攻擊令。大海人皇子將數萬軍隊兵分兩路，一路從伊勢向倭(大和)增援大伴吹負軍，另一方從不破出兵直逼近江。此後的戰鬥裏，不見高市皇子的名字。高市皇子可能隨向近江進攻軍一起進軍，但實際指揮委任給了諸將;或者可能在和暫繼續接收從遠方來的軍隊。
大和方面軍與大伴吹負等軍會師後，在南大和的箸陵之戰中擊破大友方。在擊破大友軍之後，7月22日進軍至大友軍的最後一道防線瀨田川。當天大友皇子(弘文天皇)親自出陣，兩軍隔着瀨田川進行了最後的決戰。終於，瀨田川被奪取的大友軍總崩，大友皇子僅以身免。
7月23日，大友皇子在山崎自殺，壬申之亂以大海人皇子取得壓倒性的勝利而告終。8月25日，大海人皇子命令高市皇子處罰近江的羣臣。
天武天皇時期
壬申之亂結束後，除了高市皇子外，其他皇子們仍然年幼(最年長的忍壁皇子也才10歲左右)，在天武天皇的皇親政治之下，高市皇子佔有重要的地位。
679年(天武天皇8年)5月6日，天武天皇、皇后(後來的持統天皇)、草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川島皇子、忍壁皇子、志貴皇子等在吉野宮起誓互相幫助(吉野盟約)。5月10日，六皇子在大殿前朝拜天皇。這是因爲天武天皇怕自己去世後又發生像壬申之亂那樣的皇位繼承戰爭。
這時起，高市皇子在天武天皇的皇子之中處於第3的地位(次於母親是皇女的草壁皇子、大津皇子。高市皇子如果按母親的身分在10人序列中排第8)。另外在這時，天武天皇的皇子們經常被派往探病或是弔問。680年(天武天皇9年)5月20日，飛鳥寺僧弘聰去世時，高市皇子和大津皇子一起前往弔問。同年7月25日，舍人王病重時，高市皇子被派往慰問。第二日舍人王去世後，高市皇子和川島皇子被派往弔問。681年(天武天皇10年)11月17日，僧惠妙去世，3皇子被派往弔問，高市皇子也可能是其中之一。684年(天武天皇11年)7月9日，草壁皇子和高市皇子派往慰問生病的膳摩漏。
685年(天武天皇14年)1月21日，冠位48階制定之時，高市皇子被授予淨廣貳之位。在天武天皇的皇子之中，僅於草壁皇子、大津皇子，居於第3。
686年(朱鳥元年)8月13日，高市皇子和草壁皇子、大津皇子一起被加封400戶。
太政大臣時期
天武天皇去世後，僅次於皇太子、擁有皇位繼承資格的大津皇子以謀反之罪被處於死刑。之後，皇太子草壁皇子也在689年(持統天皇3年)4月13日去世。因此已經執政的鸕野贊良皇女(天武天皇的皇后)於690年(持統天皇4年)1月1日即天皇位，成爲持統天皇。這一年7月5日，進行了全面的人事變動，高市皇子被任命爲太政大臣。從此直到高市皇子去世爲止，高市皇子都是作爲皇族和臣下的首席，支撐着持統朝廷。
690年(持統天皇4年)10月29日，高市皇子帶領衆多官員到藤原宮的預定地址視察。
691年(持統天皇5年)1月13日，高市皇子被加封2000戶，加上之前的已達3000戶。除了686年(朱鳥元年)加封400戶之外還有600戶，不明確是什麼時候加封的。692年(持統天皇6年)1月4日，高市皇子被加封2000戶，加上之前的達到5000戶。
693年(持統天皇7年)1月2日，高市皇子的官位升至淨廣壹。
696年(持統天皇10年)7月10日，高市皇子去世。
