被稱爲明治維新之尾聲的箱館戰爭(1868~1869，明治元年~二年)，以蝦夷(現北海道)爲主要戰場，常被稱爲日本近代史上首次以海上力量決定勝負的戰爭。
奪取作戰
明治二年春，日軍在青森集結準備越過津輕海峽登陸蝦夷。3月9日，由軍艦"甲鐵"、"春日"、"陽春"、"丁卯"和運輸艦"戊辰"(Boshinn)、"豐安"(Houann)、"晨風"(Shinnbuu)、"飛龍"(Hiryou)組成的日本艦隊在海軍參謀增田虎之助(Toranosuke Masuda)的率領下自品川海峽一路北上，在沿途遭遇幾場暴風雨之後，日本軍艦三三兩兩地進入了宮古灣，其中"甲鐵"於3月18日入港。對這一局勢，蝦夷艦隊"迴天"艦長甲賀源吾(Genngo Kouga，當時任軍艦頭，兼任"迴天"艦長)提出派遣奇襲艦隊突入宮古灣，出其不意地奪取"甲鐵"。蝦夷方面就這個大膽的提案向法國顧問布呂涅徵求意見，此人原爲幕府軍事顧問，在榎本前往箱館時無視法國政府發出的回國指令，與榎本和其他6名顧問(其中5人爲仙台登船)一同前往蝦夷。布呂涅認爲"對敵艦隊實施攻擊就是最好的防禦"，認爲甲賀的奇襲計劃可行。就此，決定啓用目前蝦夷艦隊中最強的"迴天"和兩艘小型軍艦"蟠龍"和"高雄"實施奇襲，計劃三艘軍艦懸掛外國旗幟進入宮古灣，然後由"蟠龍"和"高雄"對"甲鐵"進行左右接舷，由兩艦運送的突擊隊登上"甲鐵"將船員壓制在艙內，然後將"甲鐵"拖走;"迴天"負責攻擊港內其餘日本軍艦、爲突擊隊提供掩護。然而，蝦夷軍對惡劣的天氣考慮不周，同時疏忽了"甲鐵"上安裝的加特林排槍帶來的威脅。事實證明，"甲鐵"不是池田屋。
宮古灣海戰
明治二年3月21日(公曆5月2日)0時，奇襲艦隊駛出箱館港。旗艦"迴天"爲普魯士建造的木製明輪機帆艦，排水量1678噸、最大速度12節，裝備12門56磅火炮和7門副炮，該艦於1863年作爲廢船拋售給英國，由英國修復改裝後命名爲"鷹"，慶應二年被德川幕府購買並命名爲"迴天"，在買進"開陽"之前是幕府最強的軍艦，也是"開陽"損失之後蝦夷最強的軍艦。此次宮古灣作戰，"迴天"上載有蝦夷海軍奉行荒井鬱之助(Ikunosuke Arai)、陸軍奉行土方歲三，還有酒井良裕(Yoshihiro Sakai)率領的神木隊。
"蟠龍"也是從英國買進的舊貨，排水量370噸、裝備6門火炮;此次作戰，"蟠龍"載有彰義隊隊士和游擊隊。
"高雄"原屬於秋田藩，裝備5門火炮，在箱館被榎本的部隊俘獲。此次作戰它載有部分神木隊隊士。
此外，每艘軍艦上都載有外國軍事顧問。
奇襲艦隊計劃首先駛向宮古灣南方的山田灣集結。3月22日，艦隊抵達八戶郊外的鮫港暫時停靠以觀察宮古灣的情況。之後由於大霧和暴風雨，三艘軍艦逐漸離散。惡劣的天氣持續到24日才告一段落，同一天，懸掛着俄國國旗的"迴天"駛入山田灣;隨後"高雄"懸掛着美國國旗姍姍來遲，但是"蟠龍"一直沒有出現。就此，奇襲艦隊只得計劃使用"高雄"單獨和"甲鐵"進行接舷。3月25日凌晨0300時，兩艘軍艦趁夜色駛向宮古灣。然而就在馬上要進入戰鬥位置之時，"高雄"的機艙發生故障，無法參加作戰。於是情況變得非常尷尬:兩艘小型艦都無法使用，而"迴天"由於是明輪船，無法和"甲鐵"平行接舷。然而，頭腦發熱的甲賀源吾在軍事顧問的鼓動下，決定以"迴天"單艦孤注一擲，突入宮古灣實施奪船計劃。
3月25日清晨0500時，懸掛着美國國旗的"迴天"成功地進入宮古灣，它立即降下美國旗、揚起日章旗，使用56磅火炮對"甲鐵"實施壓制轟擊，同時以艦艏抵上"甲鐵"右舷。但是由於事先估計不足，蝦夷軍發現"迴天"艦艏和"甲鐵"的甲板之間落差竟然高達三米!如此的高度，給突擊隊帶來了相當的困難。正當蝦夷軍猶豫不決之時，艦長甲賀源吾大吼命令攻擊。"迴天"上的一等測量員大冢波次郎(Namijirou Ootsuka)首先縱身躍向"甲鐵"，緊接着船員矢作衝麿(Okimaro Yahagi)、彰義隊隊士笹間金八郎(Kinnpachirou Sasama)、加藤作太郎(Sakutarou Katou)和伊藤彌七(Yashichi Itou)、新撰組隊士野村利三郎(Risaburou Nomura，時任蝦夷陸軍奉行補佐)紛紛跳向"甲鐵"實施突擊。但是跳上"甲鐵"的突擊隊全部被加特林排槍兇猛的掃射打倒(也有說法稱是步槍齊射)，當場被打死四人。同時"迴天"也和軍港內的日本軍艦進行了混戰，艦長甲賀源吾太陽穴被流彈擊穿，當場死去，除此之外"迴天"還有十三人死亡。激戰持續了30分鐘左右，荒井鬱之助意識到奇襲已經失敗，遂命令"迴天"倒車退出戰場，憑藉較快的速度而脫身。
當"迴天"脫離宮古灣之後，卻碰上了已經修復的"高雄"。結果速度較慢的"高雄"被隨後趕來的日軍"甲鐵"和"春日"兩艦追擊，被迫在羅賀擱淺，船員將軍艦燒燬之後步行逃跑，最後於3月29日向盛岡藩投降。而"蟠龍"在天氣轉惡之時一直停留在鮫港，於25日和逃離宮古灣的"迴天"會合，兩艦於3月26日回到箱館。
至此，宮古灣海戰以蝦夷軍的完全失敗而告終。日軍方面，"甲鐵"戰死1人、負傷11人，"飛龍"負傷6人，"戊辰"戰死3人、負傷11人、另有5人失蹤。
蝦夷軍幾次三番忽視戰機的選擇、氣候變化的情況，草率行事、配合不周，並且對敵我雙方艦船的情況忽視，是造成奇襲計劃失敗的主要原因。然而反過來說，甲賀決定單艦突擊亦有其一定的合理性，他無法判斷同等的戰機是否還會有下一次，放棄攻擊是否值得，"甲鐵"本身就是一個相當大的誘惑，值得他冒這個險;此外，使用"迴天"接舷突擊的方案出自突發情況，情急之下難免忽視雙方軍艦落差這類細節問題;而且，作爲一名曾任幕臣的高級武士，取消作戰對他來說在觀念上顯然是很難辦到的，更何況還有軍事顧問的煽風點火。
甲賀源吾自安政六年(1859)起任幕臣，致力於幕府的海軍創設。戰死於宮古灣海戰，終年31歲。
蝦夷崩潰
由於宮古灣海戰的失敗，蝦夷艦隊又損失了"高雄"，手中可作戰的軍艦隻剩下"迴天"、"蟠龍"和"千代田形"。
明治二年4月9日，日軍在江差北部的乙部登陸，兵分三路向箱館進擊。蝦夷艦隊集結所有軍艦據守箱館灣，以防止"甲鐵"在入海口直接向五棱郭要塞實施轟擊。5月1日，"千代田形"在箱館灣內觸礁，該艦被放棄之後落入日軍之手;而"迴天"則於5月7日在箱館灣和日本艦隊交戰，動力室被擊中、喪失動力，它被當作浮動炮臺直到彈藥告罄，最後被日本軍艦擊沉(應該說是重創擱淺);而"蟠龍"在5月11日的海戰中擊沉了日軍的軍艦"朝陽"，幾乎與此同時，土方歲三在位於箱館和五棱郭界線的一本木關門陣亡。"蟠龍"在用完彈藥之後開到淺灘擱淺，被日軍燒燬，後來它被俄國商人拖到上海修復，以"雷電"的艦名再次加入日本海軍。
而箱館被日軍佔領之後，"甲鐵"開始對五棱郭的要塞進行炮擊。在力戰無望的情況下，榎本武揚於5月18日向日本政府投降。"蝦夷共和國"的短暫歷史，亦化作晚春的繽紛落櫻……
