哈馬斯成立後，多次製造針對以色列目標的自殺式爆炸事件。1989年，以色列宣佈哈馬斯爲非法組織，並將其精神領袖亞辛逮捕入獄。
1993年，巴以雙方在華盛頓簽署了巴勒斯坦自治《原則宣言》，允許巴勒斯坦人在加沙-傑里科地區先行自治。哈馬斯對此持反對態度，依然堅持對以色列的武裝鬥爭。
隨着巴以和平進程的發展，哈馬斯曾一度改變鬥爭策略。1996年3月，哈馬斯宣佈將放棄暴力活動，在自治區內進行政治鬥爭。同年5月，內塔尼亞胡出任以色列總理後，在巴以和談問題上採取強硬政策，致使巴以最後階段談判停滯。哈馬斯宣佈恢復武裝鬥爭。
2000年9月底巴以大規模流血衝突爆發後，哈馬斯製造了一系列針對以色列的自殺式爆炸事件。作爲報復，以色列對哈馬斯實施了“定點清除”和大規模的軍事行動，使哈馬斯遭受重創。亞辛以及他的接班人蘭提西等哈馬斯領導人先後被以色列“定點清除”。
2008年12月27日，以色列戰機和武裝直升機對哈馬斯控制的加沙地帶發動了大規模空襲，哈馬斯發言人巴爾胡姆當日要求其下屬武裝派別對以色列發射遠程火箭彈，以報復以軍空襲加沙。
這次空襲是自1967年中東戰爭以來，以軍襲擊所造成的巴勒斯坦人單日死亡人數最多的一次。加沙地區應急機構負責人29日表示，以色列對哈馬斯發動的空襲已造成310人死亡，另有1400餘人受傷。巴勒斯坦27日宣佈未來三天爲哀悼日。
空襲原因
以色列外長利夫尼表示，選在這個時候痛擊哈馬斯的原因很簡單，因爲哈馬斯違反半年前的停火協議，幾乎每天以火箭、迫擊炮攻擊以色列平民。更變本加厲，上次曾有一天發射80枚火箭的紀錄。因此以色列無法再忍受。
2014年7月9日，以色列國防軍宣佈擊斃4名試圖闖入以色列猶太社區的襲擊者。巴勒斯坦激進組織哈馬斯稱試圖滲透至以色列基布茲Zikim的武裝分子來自其所屬的海軍突擊隊(蛙人)。這4人從上岸就被以軍觀察哨發現，隨後以軍召喚武裝直升機迅速結束了戰鬥。
