秦始皇陵墓之謎一：秦始皇遺體面目全非
雖然客觀上具備保護遺體條件，但秦始皇遺體是否完好地保存下來呢?如果單從遺體保護技術而言，相距秦代不足百年的西漢女屍能很好地保護下來，秦代也應具備保護遺體的防腐技術。問題是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑時節，經過50余天的長途顛簸由死到下葬間隔近兩個月。。秦始皇遺體途中就開始腐敗，屍體運回咸陽等不到處理恐怕早已面目全非了。據此推測秦始皇陵墓之謎遺體保存完好的可能性很小。
秦始皇陵墓之謎二：兵馬俑伉被焚
考古人員在清理兵馬俑坑時發現，一、二號坑中有很多火燒的痕跡，陵區有大面積的火燒土分佈，同樣考古人員在對秦陵陪葬坑的挖掘中也發現了大量火燒土和殘餘焦木，坑中的棚木基本上都被化爲灰燼。究竟是誰對兵馬俑坑進行了如此巨大的破壞成了秦始皇陵墓之謎。
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從文獻資料推測，破壞兵馬俑的人應當是項羽。項羽火燒咸陽城和阿房宮，仍不足以泄憤，於是再破壞秦始皇陵，燒燬了秦始皇陵園中的宮殿建築。至今陵園的建築遺址上還有大火焚燒過的紅色土塊和灰燼。但如果是項羽火燒了秦陵，陪葬坑裏完好保存着精美的銅鶴、銅鵝、銅鴨子等珍寶一件都沒有被運走卻讓人覺得不可思議。
秦始皇陵墓之謎三：地宮埋入水銀
始皇陵以水銀爲江河大海的記載見於《史記》，《漢書》中也有類似的文字。然而，陵墓中究竟有沒有水銀始終是秦始皇陵墓之謎。科學家得出初步結論：《史記》中關於始皇陵中埋藏大量汞的記載是可靠的。現代科技終於解開了地宮埋“水銀”的千古謎案。至於地宮爲何要埋入大量水銀?北魏學者酈道元的解釋是“以水銀爲江河大海在於以水銀爲四瀆、百川、五嶽九州，具地理之勢。”另一方面也可能是秦始皇不希望被盜墓所以放入水銀。
秦始皇陵墓之謎四：地宮不止三道門
秦陵地宮門道數量問題，其實《史記》中早有答案：“大事畢，已藏，閉中羨，下外羨門，盡閉工匠藏，無復出者。”棺槨及隨葬品全部安置放在中門以內。地宮三道門似乎無可辨駁。值得注意的是司馬遷中羨門用了個“閉”字，外 羨門則有了個“下”字，說明中羨門是可以開合的活動門，外羨門則是由上向下放置的。中羨門可能是橫向鑲嵌在兩壁的夾槽中，是一道無法開啓的大石門。內羨門可能與中羨門相似。三道羨門很可能在一條直線上。
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秦始皇陵墓之謎五：地宮珍寶丰富
“奇器珍怪徙藏滿之”一語出自司馬遷筆下。早於司馬遷的大學者劉向也曾發出過這樣的深切感嘆：“自古至今，葬未有如始皇者也。”那麼，這座神奇的地宮珍藏了哪些迷人的珍寶呢?《史記》明文記載的有“金雁”、“珠玉”、“翡翠”等。80年代末考古工作者在地宮西側發掘出土了一組大型彩繪銅車馬。車馬造型之準確，裝飾之精美舉世罕見。之前，考古工作者還發掘出土了一組木車馬，除車馬、御官 俑爲木質外，其餘車馬飾件均爲金、銀、銅鑄造而成。地宮外側居然珍藏瞭如此之精美的隨葬品，那麼，地宮內隨葬品之豐富、藏品之精緻是可想而知的。
秦始皇陵墓之謎六：秦始皇使用木槨
秦始皇使用什麼樣的棺槨?《史記》、《漢書》均未明確記載。司馬遷只留下一句“下銅而致槨”的含糊記錄。於是有學者據此得出秦始皇使用的是銅棺。但從文獻記載而言，秦始皇未必使用的是銅棺。《史記》、《漢書》明文記載：“冶銅錮其內，漆塗其外。”“披 以珠玉，飾以翡翠”，“棺槨之麗，不可勝原。”這裏“漆塗其外”、“飾以翡翠”的棺槨恐怕只能是木質的了。如果是銅棺或石棺肯定用不着土漆塗其外，而只有木棺纔可能使用土漆。從先秦及西漢的棺槨制度考察，使用“黃腸題湊”的大型木槨是當時天子的特權。自命功勞大過三皇五帝的秦始皇不可能放棄“黃腸題湊”的木槨而改用其它棺槨。
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秦始皇陵墓之謎七：地宮內部空間不明
目前考古勘探表明，秦陵地宮爲豎穴式。陵墓主持者之一李斯則說：“鑿之不入，燒之不燃，叩之空空，如下無狀。”李斯這段話如果記載無誤，那地宮明顯有個外殼。按理這段話不會有假。因爲李斯曾以左丞相身份親自主持過陵墓工程，對地宮的構造瞭如指掌。加之這段話是當面向聖上彙報的，應該說不會有摻假嫌疑。如果按李斯所言可以推斷秦陵當是一座密封的、真空的大地堡式地宮。按文獻記載推理地宮是空的，且有較大的空間，但由於考古勘探尚未深入到地宮的主要部位，所以地宮內部究竟是虛是實目前還是個謎。
