成爲三浦按針
人在江戶的亞當斯申請回國，但是直到1613年都沒得到批准。家康對於亞當斯的西方知識很感興趣，並要求他擔任外交及貿易顧問。這個時期，亞當斯也教授家康的幕僚幾何學、數學及航海等知識。1602年亞當斯與家康御用商人馬込勘解由的女兒-阿雪(お雪)結婚，育有一子Joseph及一女Susanna。
1604年徳川家康要求亞當斯建造一艘西洋式帆船。亞當斯一開始猶豫不決，因爲他只有在造船廠打過工，沒有當過工程師，但最後還是接下這個任務。亞當斯在伊豆國伊東設置了日本第一個西式的造船船塢，在原De Liefde號二副耶揚子(Jan Joosten) 及其他船員的幫助下，建造了80噸的帆船。高興的家康指示建造另一艘大型可進行遠航的船舶，於是亞當斯在1607年完成了120噸的船舶San Buena Ventura號。後來這艘船在1609年西班牙蓋倫帆船San Francisco號遇到颱風漂流到房總半島的御宿海岸的時候，出借給西班牙人讓他們能返回新西班牙。
1608年亞當斯以徳川家康的名義向菲律賓總督Rodrigo de Vivero y Velasco接觸，家康希望能與新西班牙建立直接貿易關係。雙方交換了友好文書，建立了日本與新西班牙的正式外交關係。
對這些功績感到滿意的家康，封亞當斯爲武士，賜於佩刀，給與相模國三浦郡逸見村(今橫須賀市東北部)250石的領地，以及一間位於江戶日本橋的宅邸，並賜名“三浦按針”，成爲日本第一位白人武士。名字的"按針"代表職業引航的意思，姓氏的"三浦"則來自封邑的三浦半島。
擔任外交顧問
亞當斯得到徳川家康的信任，日語也逐漸進步，沒有幾年，亞當斯便取代了原先擔任徳川家康外交顧問的耶穌會傳教士Jo?o Rodrigues。亞當斯的得寵使得耶穌會與方濟會的教士們感到恐慌。一開始他們嘗試把亞當斯改變信仰成爲天主教徒，但是沒有成功。
徳川家康一方面希望從與外國人的貿易中得到利益，但另一方面也對基督教勢力的擴張感到疑慮。徳川家康在亞當斯的影響以及大批基督徒發起的社會騷動下，在1614年將耶穌會驅逐出日本。
商館的建立
1611年亞當斯得到了不列顛東印度公司在印度尼西亞的萬丹建立據點的消息，於是寄了一封信給英國人，希望得知他在英格蘭的家庭與朋友的消息，並邀請他們來日本貿易。
1613年，英國船長John Saris率Clove號抵達平戶，帶來英國國王詹姆斯一世的親筆信和禮物，並且希望建立不列顛東印度公司的貿易據點。亞當斯帶着Saris在駿府城拜訪了已退休的將軍家康，再到江戶謁見現任將軍德川秀忠。秀忠給了Saris一套日式盔甲，要求轉送給英國國王詹姆斯一世，這套盔甲目前被保存在倫敦塔。回程時，他們又再度拜訪了家康，這次家康給予英國人貿易許可的朱印狀。一行人在1613年10月9日抵達平戶。趁這個場合，亞當斯曾經詢問並得到德川家康的同意得以返回他的祖國。不過，最後他婉拒了Saris帶他回英格蘭的邀請。雖然想念在英格蘭的妻小，但是在日本有封地、有地位，要是回國便一無所有了。
亞當斯接受了在新成立的平戶商館的工作，成爲不列顛東印度公司的僱員。亞當斯其實反對將貿易站設於平戶，平戶是一個小地方，而且離大阪、江戶等主要市場遙遠。他向Saris建議在他領地附近的浦賀(今橫須賀市東部)，扼江戶灣的出口，是比較好的選擇，但是沒有被接受，重視與中國貿易的英國人還是選擇在平戶開設商館。200多年後的黑船來航美國海軍從浦賀登陸，日後橫須賀逐漸發展成爲日本最大軍港，證明亞當斯的確有他獨到的眼光。
在英國商館運作的十年間(1613-1623年)，除了1613年來航的Clove號外，只有其他三艘船直接從倫敦抵達日本，而且帶來的商品對日本市場沒什麼價值 (寬幅絨、菜刀、鏡子、印度棉花等)。唯一能維持商館運作的是日本與東南亞之間的朱印船貿易。亞當斯持有將軍授予的朱印狀，並在公司參與朱印船貿易的過程中扮演關鍵的角色。亞當斯在1616至1618年組織了幾次到暹羅及交趾的貿易，成果好壞參半。東南亞的蘇木賣回日本的價錢可達到200%的利潤。這些到東南亞的貿易幫助英國商館多苟延殘喘了一陣子，平戶英國商館在1623年由於財務問題關閉。
1615年，亞當斯訪問琉球那霸的時候，帶回番薯回到平戶，並由平戶英國商館長理查·考克斯(Richard Cocks)最早在日本本土成功栽培了番薯。
正如丁香號初到平戶時按針所說的，英國人帶來的貨物真的在平戶不好賣。商館的貨物有衣物、印度棉花和象牙，這些東西在當地或者是不受歡迎，或者是有替代品，或者是數量不少。於是商館人員們被分別派往大阪、京都和江戶等其他大城市調查行情。而精通航海的按針則前往東南亞。1614年11月，按針開一艘日式帆船前往暹羅(今泰國)，不巧半路遇到風暴，被迫停留在琉球。因爲水手們在當地酗酒鬧事，一行人被趕回了日本。
1614年末，德川家康終於對始終不肯臣服的豐臣家不耐煩了，挑起了目的在於消滅豐臣家的戰爭。德川家爲此還向荷蘭人和英國人購買了許多鐵炮和大筒。很多皈依了天主教的武士，如後藤又兵衛、明石全登等人站在豐臣方對抗幕府。大阪城上赫然飄揚着一面面十字架圖案的軍旗，這些教徒們把這場戰爭當成了光榮殉教的機會。正是這樣一羣不要命的人，使得大阪之戰力量差距甚大卻非常慘烈。最終歷經“冬之役”和次年的“夏之役”，豐臣氏滅亡，德川氏正式統一了日本。
英國商館的生意仍然不好。1615年初又有英國船從爪哇來，可他們帶來的也是蠟燭之類不好賣的貨。商館裏有人甚至幹着中飽私囊的事情。這使得商館員工們之間的關係越來越壞。這一年按針再次前往暹羅。1616年，德川家康去世。此時的按針正在從暹羅歸來的路上，他在家康死去還不到一週時回到日本。家康的去世令英國人感到不安，因爲家康曾經是他們在日本的靠山，卻不知秀忠是否亦如此。而受家康恩惠最大的按針更是感慨良多。
家康死後
1616年4月家康病歿，繼任的德川秀忠和德川家光對於外國人與基督徒更加不信任、對外政策逐漸轉趨保守。1620年5月26日亞當斯在平戶死去，享年55，埋葬於平戶商館附近的公共墓園，現在是平戶市的崎方公園。另外根據亞當斯的遺言，在可以望見江戶城的逸見山頂修築了按針冢。
之後亞當斯的領地被兒子Joseph繼承，Joseph也繼承三浦按針的頭銜。Joseph後來和父親一樣從事朱印船貿易，但在1635年日本進入鎖國時代後，便消失在歷史記錄中。
逝世
1620年5月16日，56歲的威廉·亞當斯病逝於平戶。在他病重期間，和按針有過來往的歐洲人都紛紛來看望他。他也將自己用過的地球儀、航海圖和佩劍等物品送給了他的朋友們。在他的遺書中，他仍然沒有忘記分給在英國的女兒一筆遺產。最終沒能回英國看看女兒，這成了他終生的遺憾。雖然是一名日本的武士，他卻始終對自己的祖國英國保持着忠誠。 在他平戶的家裏，懸掛着一面他親手製作的英國國旗。可是，從一個英國的平民變成日本的貴族，他對於有救命之恩和知遇之恩的德川家康也懷着感激之情。他曾經說過，死後要將他葬在靠近江戶的地方，這樣他的靈魂可以永遠保衛德川家。所以今天日本有兩個“按針冢”，一個在平戶，一個在伊東，都是同時立着按針和他日本妻子阿雪的墓碑。約瑟夫繼承了按針的領地。按針去世後的第一個聖誕節，考克斯和其他幾個英國人來到逸見村看望阿雪和約瑟夫。當考克斯等人把按針留下的佩刀交給約瑟夫時，他抱着刀哭了起來。但是很遺憾，我找不到亞當斯後人的事蹟。
按針死後，幕府加快了鎖國的進程。第三代將軍德川家光做得比前面兩個將軍還要徹底。1623年，英國商館被驅逐了。按針當年建造西式帆船，現在的幕府卻不準製造大型船隻了。至於傳教士們，更被威脅不得踏足日本，否則將被處死。只有荷蘭人沒被全部趕走，但他們也只能停留在長崎外海的出島上。從此日本閉關鎖國長達兩個多世紀。當年和按針一起乘博愛號漂泊到日本的耶揚子，就在英國商館撤走的這一年，他在從東南亞回日本的途中船觸礁遇難。理查德·考克斯病死在回國途中。當年丁香號留在日本建立英國商館的七個人只有一人回到了英國。
但是，三浦按針並沒有被人們遺忘。當幕府還統治着日本的時候，在江戶，當年三浦公館門前的那條街道被命名爲按針街。而每年在伊東，人們都會舉行“按針祭”，以紀念這個傳奇人物。在英國，他更是被譽爲日英兩國的橋樑，向英國打開日本窗戶的人。
三浦按針的墓位於神奈川縣橫須賀市西逸見町的“冢山公園”裏。1923年3月7日被指定爲日本的歷史遺蹟。
