(1491)八月，義尚的後繼者足利義材欲雪前恥，以高賴違抗幕府的命令爲由，任命細川政元爲近江守護，發動了第二次六角征討戰。明應元年(1492年)三月二十九日，六角氏牢人四千人與細川政元軍在愛知川築瀨河原交戰，因兵力差距太大，六角軍慘敗，重臣山內政綱被殺,戰況急轉直下，高賴遁走甲賀郡山中，十一月五日，甲賀山中的六角高賴軍瓦解，高賴逃往伊勢。足利義材成功的制壓了近江後將其委任親信支配作爲御料領地，義材回覆了一度失去的將軍權力，感到十分得意，在任命佐佐木一族的高島賴高之子六角就綱(虎千代)充當六角政尭的繼子擔任近江守護代後就班師凱旋了。明應二年(1493年)，意氣滿滿的義材受田山政長之請，出陣河內正覺寺討伐畠山氏。不願看到將軍權力擴大的管領細川政元留守京都，陰謀策劃擁立了足利義澄爲將軍，義材被追放,其後逃至越中。十月十九日，蓄勢已久的六角高賴重又佔據了近江部分地區，並攻取了金剛寺城。政元以山內就綱接替六角虎千代的近江守護之職，負責近江制壓。明應三年(1494年)十月，山內就綱在延歷寺的支持下侵入近江，擊破了高賴防禦的金剛寺城。次月，高賴在美濃守護齋藤利國(持是院妙純)的支援下開始了反攻，將就綱和延歷寺的勢力徹底驅除，完全恢復了原來的領地，幕府的六角征伐徹底的失敗。明應四年(1495年)，高賴再度就任近江守護，自少時以來近三十年與幕府的爭戰終告結束。
有力抗擊了兩次六角征伐使得六角高賴踏上了對領國強力支配的戰國大名之路,地位逐漸穩固。然而有一個巨大的威脅仍未消除，自應仁之亂以來，以六角高賴爲家督的六角氏內部勉強維持着山內與伊庭兩大家臣團的均力局面，但第二次六角征伐時山內政綱陣亡後，權力就集中到了伊庭氏的手上。伊庭貞隆成了威脅高賴勢力的危險之所在。文龜二年(1502年)十月，第一次伊庭之亂髮生，在伊庭氏的內通勢力協助下高賴排除了貞隆的勢力，貞隆戰敗逃向琵琶湖西方，得到幕府管領細川政元的強力支援後伊庭貞隆發動反擊，形式逆轉，青地城、馬淵城和永原城相繼陷落，高賴捨棄觀音寺城，逃往蒲生貞秀的音羽城暫守。文龜三年(1503年)，經細川政元的被官赤沢朝賴斡旋，陷入不利境地的高賴與政元講和戰爭結束。
永正四年
(1507年)，管領細川政元被暗殺，中央政局大亂。永正五年(1508年)，以前被政元追放的前將軍足利義材在大內氏的支持下上洛，並奪回了將軍之職。失勢的足利義澄逃到近江受到了伊庭貞隆的保護。這次爭鬥中隸屬義材派的高賴與貞隆的對立再次激化。永正八年(1511年)，義澄死於岡山城。翌月，貞隆的家臣岡山城主九里備前守爲高賴所殺。
永正十一年
(1514年)二月，第二次伊庭之亂開始，六角高賴追放重臣伊庭貞隆、貞說父子，伊庭氏逃奔琵琶湖北近江，得到了當時京極氏內強力的同族勢力淺井氏的支持。永正十三年(1516)八月，伊庭貞說發動對南近江的反攻，當時的六角高賴已經將合戰指揮權委託給嫡長子六角氏綱。然而大敵來隙，氏綱卻發足疾無法上陣，高賴無奈想到了已入僧籍的次子六角承龜。承龜被臨時任命爲總大將，指揮戰役，時年二十二歲。伊庭軍勢倚仗其水上力量，控制了琵琶湖的交通水陸並進，直攻六角氏的本城觀音寺城。承龜率軍於城下西北約5到6公里的島鄉口迎敵，奮勇將正面之敵擊退。同時聯絡長命寺的僧兵，偷襲了伊庭的岡山城，切斷伊庭方的運補線。永正十五年(1518)，氏綱不治先逝，承龜遂還俗改名定賴。站穩腳跟的定賴逐漸發動反攻，永正十七年(1520年)八月終於壓倒敵勢攻陷岡山城，自貞隆第一次爲細川氏所援護開始的長達六年的內戰結束，六角氏戰國大名化的障礙最終被除去。
兩個月之後六角高賴亡故，六角定賴繼承家督之位，這個臨時上陣的小和尚，此後爲六角氏迎來了新的時代。
