早年經歷
朱聿鍵爲明太祖第二十三子唐定王朱桱的後裔，是太祖九世孫。1606年(萬曆三十四年)四月丙申生於唐王府，母妃毛氏。
朱聿鍵的爺爺老唐王朱碩熿惑於嬖妾，心裏一直愛惜小妾生的兒子，憎嫌朱聿鍵之父(當時的唐王世子朱器墭)。於是，他暗中把朱聿鍵父子囚禁在承奉司內，想活活餓死他們，當時朱聿鍵才12歲。幸虧暗中有個小官張書堂幫忙送些糙米飯，在囚房中，朱聿鍵父子苟活了十六年。身處牢籠，朱聿鍵埋頭苦讀，鑽研儒學典籍，沒有浪費光陰。朱聿鍵的父親氣息奄奄，在快要熬出頭時，卻被急切想襲唐王王位的弟弟於1629年(崇禎二年)毒死。老唐王準備封愛妾的兒子爲世子，還想取消了朱聿鍵的世子地位。結果，地方官員陳奇瑜弔唁唐世子時，警告老唐王說，世子死因不明，貿然改變世襲人選，說不定朝廷日後會怪罪。老唐王害怕日法追究，趕忙立朱聿鍵爲“世孫”。同年老唐王也去世。
1632年(崇禎五年)朱聿鍵繼爲唐王，封地南陽。崇禎帝賜其皇明祖訓、大明會典、五經四書、二十一史、通鑑綱目、忠孝經等書。朱聿鍵在王府內起高明樓，延請四方名士。
起兵勤王
此時的朱聿鍵鋒芒畢露，在宗室換授等問題上與崇禎朝臣多有衝突，得罪了不少大臣。爲其父當年被毒死一事報仇，竟在1636年(崇禎九年)七月初一，杖殺其兩位叔父福山王朱器塽(死)、安陽王朱器埈(未死)。當年八月，清朝王爺阿濟格率兵攻打北直隸等地，清兵入塞連克寶坻，直逼北京，京師戒嚴。朱聿鍵心切，上疏請勤王，崇禎帝不許，竟不顧“藩王不掌兵”的國規，招兵買馬，自率護軍千人從南陽北上勤王。行至裕州，巡撫楊繩武上奏，崇禎帝勒令其返回，後朱聿鍵沒有遇到清軍，卻中途和農民軍交手，亂打幾陣，互有勝負，乃班師回南陽。明朝對藩王防備極嚴。依照明朝規制，藩王儘可在王府內享樂，惟獨不能興兵擁將離開藩屬。即使朱聿鍵動機純粹，仍使當時在位的崇禎帝大怒，冬十一月下部議，廢爲庶人，派錦衣衛把這位唐王關進鳳陽皇室監獄。崇禎帝改封其弟朱聿鏼爲唐王。
朱聿鍵高牆圈禁期間，鳳陽守陵太監索賄不得，用墩鎖之法折磨之，朱聿鍵病苦幾殆。熬了七年，終於能保住性命。1643年(崇禎十六年)明朝的鳳陽巡撫路振飛到當地巡視，前往監獄拜見朱聿鍵。朱聿鍵當時已經被磨掉許多銳氣，待路振飛彬彬有禮，使後者對他好感非常，並派人對這位唐王加以特別護理。後路振飛向崇禎帝上疏陳高牆監吏凌虐宗室之狀，請加恩於宗室。乃下旨殺欺凌唐王之陵監石應詔。
南下福建
1644年(崇禎十七年)，崇禎帝在北京自縊，南京擁從洛陽逃出的福王子朱由崧爲帝，在南京即位，改年號弘光，實行大赦。在廣昌伯劉良佐奏請下，囚於鳳陽的朱聿鍵也被釋，並封爲南陽王。南京禮部請恢復唐王故爵，朱由崧不允，並令朱聿鍵遷至廣西平樂府(今桂林南)，但朱聿鍵貧病不能多行。
1645年(清順治二年、南明弘光元年)五月，朱聿鍵赴平樂途中，在蘇州聞清軍已破南京，弘光朝覆滅，遂至嘉興避難。六月，朱聿鍵至杭州，遇潞王朱常淓，奏請其監國，不聽;請朝陳方略，不允。當時鎮江總兵官鄭鴻逵、戶部郎中蘇觀生至杭州，與朱聿鍵談及國難，泣下沾襟。後朱聿鍵被鄭鴻逵護送，前往福建。而朱常淓最後在衆人推戴下於杭州稱“監國”(代理皇帝)。清軍殺到時，一直被寄予厚望的朱常淓與屬下沒做任何抵抗，向清軍獻城投降。途中在浙江衢州聞得潞王常淓已在杭州降清，於是南安伯鄭芝龍、巡撫都御史張肯堂與禮部尚書黃道周等商議奉朱聿鍵爲監國。
1645年(清順治二年、南明弘光元年)六月十五日，黃道周第三次請朱聿鍵監國疏，十七日，朱聿鍵行至浙江衢州，就在檢閱軍隊時發佈誓詞，表示將親提六師恢復中原。表明他已公開接受監國重任。
君臨天下
1645年(清順治二年、南明弘光元年)六月二十八日，朱聿鍵在福建建寧稱監國。閏六月丁亥(初七)至福州，以南安伯府爲行宮。二十天後，朱聿鍵於福州正式稱帝，改元隆武，宣佈從七月初一起改弘光年號爲隆武元年。改福建布政司稱福京，改福州行在爲天興府，改布政司爲行殿，建行在太廟、社稷及唐國宗廟。升鄭芝龍爲平虜侯、鄭鴻逵爲定虜侯，封鄭芝豹爲澄濟伯、鄭彩爲永勝伯。以黃道周爲吏部尚書、武英殿大學士，蔣德璟爲戶部尚書、文淵閣大學士，朱繼祚爲禮部尚書、東閣大學士，曾櫻爲工部尚書、東閣大學士，黃鳴俊、李光春、蘇觀生等人爲禮、兵各部左右侍郎兼東閣大學士。
隆武帝即位後上高曾祖父四代帝號，高祖唐敬王朱宇溫爲惠皇帝，曾祖唐順王朱宙栐爲順皇帝，祖父唐端王朱碩熿爲端皇帝，父唐裕王(追封)朱器墭爲宣皇帝。四代祖妣皆追封皇后。封弟朱聿鍔爲唐王，封國南寧;升叔德安王朱器䵺爲鄧王;追封弟朱聿觨爲陳王，子朱琳渼爲陳王世子。遙上弘光帝尊號“聖安皇帝”。隆武元年七月下令將嘉靖年間皇極殿、中極殿、建極殿三殿之名恢復爲奉天殿、華蓋殿、謹身殿，各衙門前加“行在”二字。
依據倫序，最有資格繼承皇位的帝廣西的桂王，但桂王當時距離江南太遠。而衆明臣齊推唐王朱聿鍵的另外一個原因是他的封地在南陽。這是東漢光武帝劉秀的起家之地。衆臣推唐王朱聿鍵爲帝，想把他當作重振大明的標誌，很想讓他暗和天意，爭取做一個明朝的“光武帝”，復興明朝。
隆武帝舉行大典儀式當天，大風霧起，拔木揚沙，尚璽官的坐騎受驚，玉璽摔落，碰壞一角。衆人心驚，皆認爲兆徵不祥。雖然如此，隆武君臣還是很有平復天下的決心，銳意恢復。
如同傀儡
隆武帝雖爲英明之主，卻一直爲鄭氏家族集團所架空。以鄭芝龍、鄭鴻逵、鄭芝豹、鄭影爲首的鄭氏家族，都是大海盜頭子出身，數十年橫行福建、廣東、浙江一帶沿海，兼商兼盜。他們崇禎初年受招安後，趁天下大亂之際一直忙於擴大地盤，充實自己的私人力量。
鄭家惟一的忠臣，其實只有一個鄭成功。鄭成功原名鄭森，是鄭芝龍和日本老婆生的兒子。鄭芝龍有一次帶鄭成功入宮，隆武帝見之大悅，以手撫其背，說：“恨無一女配卿，卿爲盡忠吾家，毋相忘也。”賜鄭森名成功，命爲御林軍都督、儀同駙馬都尉，時人稱之爲“國姓爺”。隆武帝此舉，也有籠絡鄭氏家族的意思在裏面。
鄭氏家族傲慢無上，賣官鬻爵，大肆搜刮百姓，橫毒兇暴，甚至超過弘光朝的馬士英。他們在敗走江南時候，依然大肆搶掠，以至於當時造成這種現象：“受害者延頸待清兵，謠曰‘清兵如蟹，曷遲其來!”
一帝一王
由於滿清剃髮令下引發了血腥殺戮，浙江大地抗清鬥爭如火如荼。明朝諸王殺的殺，降的降，走的走，原本降清的明朝浙江防倭總兵王之仁重新舉起義旗，與張國維等人在紹興推舉魯王朱以海爲“監國”。魯王政權仍舊沿用“弘光”年號。此時，他們並不知道隆武政權在福建成立的消息。兩個朱明同姓政權產生齷齪，最後竟鬧出互殺來使的事情。
正因隆武帝和魯王兩個人都爲疏宗，所以，魯王一方得知隆武帝稱帝消息後，並未立即退位歸藩。雙方各自手下的大臣爲爭擁立之功，自然都緊上疏要求不要退位，硬頂各自的“招牌”。
隆武帝起先很有誠意，他派人來信攜賞銀要魯王承認自己天下一統，並籠絡浙東的明臣明將，答應個個要加官晉爵。一般人可以接受隆武帝，魯王手下的張國維、王之仁等人不答應，因爲如果這樣，他們就沒有“擁立”大功。魯王本人在給隆武帝的回信中，也稱隆武帝爲“皇叔父”而不稱“陛下”，表明他不承認隆武政權。朱聿鍵怒，令殺魯王信使。
當時的魯王君臣，很想快速攻下南京這個象徵性極強的城市。如果南京在手，“監國”成爲“皇帝”，自然名正言順，這樣魯王比起遠在福建的隆武政權，要“合理”“合法”得多。魯王軍力不行，進攻杭州大敗而歸，1646年夏天，清朝的徵南大將軍博洛率數萬大軍從杭州對魯王軍隊發起進攻。不巧的是，一向水深浪急的錢塘江突遇數十年不遇的大旱，江流乾涸，頓失屏障，清朝馬隊從江中旱地以及水淺處盡數渡過，明軍不敵，紹興失陷。魯王逃往海上避難。
出師北伐
隆武政權一直處於三面受困的境地，一受制於鄭氏家族，二要防魯王軍隊，三則有李成棟率領的清軍節節逼近。清軍中的漢將進展迅速。順治三年春天，金聲桓部隊已經佔領了吉安，很快推進到贛南。到了九月間，清軍漢將高進庫(高傑原部下)等人攻克重鎮贛州。如此一來，這個聯結湖南、福建、廣東等地的咽喉要地，落入清朝手中。
贛州失陷，全因湖廣總督何騰蛟等人私心所致。正是因爲他安置處理先前的農民軍不當，造成衆心離散，協調不一，最終江西、湖南等地被清軍各個擊破。
無奈之下，隆武帝聲言要親自北伐，以挽頹勢。總領大軍的鄭芝龍只想割據福建，獨享一方，理也不理。而明朝老臣黃道周眼見鄭氏家族按兵不動，軍隊諸部怯懦觀望，已過花甲之年的黃道周對隆武帝表示：“與其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我爲大臣，當先於皇帝而行，以爲人臣表率。”要先於皇帝北上抗清。
1646年(隆武二年)，清朝貝勒博洛率軍攻福建，黃道周憑一腔忠義，自己出錢，加上朋友資助，僅帶萬餘兩白銀，攜數名弟子慷慨出征。福建各地義民聞之而附，近萬人加入他的指揮之下。隆武帝非常感動，流涕送行。由於人、財、物皆在鄭芝龍家族掌握之中，隆武帝只能給這位老忠臣一百道空白委任狀，沒能拔給他一兩軍餉和一個士兵。
黃道周組織“扁擔軍”迎戰清軍，這支拼湊起來的軍隊，全無作戰經驗。黃道周救國心切，他出閩入贛，進至江西廣信(今上饒)。清軍已經搶先一步，佔領了黃道周原擬爲收得基地大本營的徽州。情急之下，黃道周緊急上疏隆武帝，請求增兵益餉。鄭芝龍等人絲毫不爲所動，隆武帝只能着急，沒有任何辦法，只能坐視黃道周身陷窘境。黃道周如此臨危不懼冒死出征，鄭氏家族仍舊在朝中散播閒話，說黃道周交通外臣，欲謀不軌。
憂急之間，身在清軍佔領縣城的婺源的明朝縣令，是黃道周學生，他給老師發來“密信”，表示說可以充當內應，要老師一定率軍前來攻取婺源。其實，這個人已經爲清廷賣命。黃道周不知是計，貿然發三路兵前往。結果，半路皆被預先設伏的清軍各個擊破。黃道周手下僅剩三百人，戰馬十匹，仍舊義無反顧，直前衝殺。一戰全部覆沒，黃道周被擒，押入婺源縣城大牢看管。
關押二個多月後，清廷下令殺害黃道周。將其押行至南京東華門時，黃道周坐地不起，高聲說：“這裏與太祖皇帝陵寢甚近，可於此處殺我!”扭頭之際，看見市坊中有福建門牌，黃道周更堅定了要受刑當地的決心：“福建，皇帝正在那裏，臨行拜君，臣子之禮。”言畢，他南向再拜，慷慨就義。與其同死者，還有職方主事趙士超等數位弟子門人。
隆武帝再也不顧鄭氏阻攔，攜數千明兵“御駕親征”從福州抵達延平，準備冒險去湖南。鄭影等人忽然棄新城(今江西黎川)而逃，門戶大開。鄭芝龍早已暗中與清兵約降，福建各關隘均無人把守。不久鄭芝龍降清，鄭成功與其父決裂，率部南下。李成棟的清軍在浙江等地一路大勝，先後攻下紹興、東陽、金華、平州，很快攻陷鄭鴻逵所守的仙霞關，直入福建，攻陷建寧，直撲延平。楊鳳苞稱“福京之亡，亡於鄭芝龍之通款”。
絕食身亡
1646年(隆武二年)8月21日，隆武帝逃出延平，又想取道汀州去江西。如此危難緊急關頭，酷嗜讀書的隆武帝仍然“載書十車以行”，邊逃邊讀，邊讀邊逃。小路狹隘，書又沉，更拖慢了諸人的逃跑速度。
到汀州城外時被清軍追上，他帶着曾皇后和隨駕的周之藩等躲入關帝廟。清兵在門前厲聲呼喝：“誰是隆武?”周之藩捨身想掩護隆武帝脫險挺身呼曰：“吾乃大明皇帝也”，清軍羣射之。周之藩拔箭，手殺數十人，最後腦後中箭，墜馬被殺。將軍熊緯督二十餘人格鬥，最後喉嚨中箭而死。清兵也懷疑他不是隆武帝，進廟搜查，只見後門洞開，廟內空無一人，知隆武帝和曾皇后已從後門逃入汀州城內。
到汀州時，隆武帝的隨從僅僅五百人而已。隆武帝在汀州剛歇過一口氣，轉天凌晨，清軍前鋒統領努山命令幾百個兵士穿上明軍服裝，打着明軍旗號，直奔城門。汀州守軍以爲是敗退下來的明軍，讓清軍進程，清軍一擁而入，俘獲了隆武帝和曾皇后，並將他倆分別押入轎子送往福州。到閩江支流九溪邊停下休息時，曾皇后猛然竄出轎子，哭喊一聲，陛下宜殉國，妾先去了。縱身跳崖身死。朱聿鍵也幾次想自盡，都因清兵的嚴密監守而未成，於是絕食而死在福州囚處。
不過另有一說是隆武帝是被清軍亂箭射死在汀州城衙的大堂上，同時遇難的，還有其皇后曾氏、沈嬪、陳嬪和不滿月的皇子。隆武帝終年四十五，百姓斂葬於羅漢嶺。壬戌，天興府陷落，陽曲王朱敏渡、鬆滋王朱演漢、翼城王朱弘橺、奉新王朱常漣遇害。十月辛卯漳州陷落。其弟唐王朱聿鐭於十一月在廣州繼位，改元紹武，是爲明文宗。永曆帝即位後，不知隆武帝下落，初上尊號思文皇帝。當時有說法稱隆武帝潛至安溪妙峯山爲僧，或稱在汀州單騎逃跑，藏於鄉民蔣氏家中，清兵去後前往大帽山。1651年(永曆五年)曾遣侍郎王命璇巡訪隆武帝下落，1657年(永曆十一年)，確信隆武帝已死，上廟號紹宗，改諡號爲配天至道弘毅肅穆思文烈武敏仁廣孝襄皇帝。
