1945年9月10日，法庭進入個人辯護階段，按英文字母的順序，第一個是荒木貞夫，其次是土肥原賢二，接下來是橋本欣五郎、畑俊六……10月14日，終於輪到木戶幸一出庭，他的美籍辯護律師省略了開頭陳述，直接讓木戶幸一登上證人席陳述供詞。 木戶作爲戰犯被關進監獄後，想到自己作爲天皇的親信，曾努力說服天皇避免戰爭，並且自己也有親英美傾向，日本發動侵略戰爭，完全是軍部的軍國主義分子及部分國家主義的政治家推動的，自己應該是屬於無罪的那一類吧。他曾將這些內容寫成一份自供書，提交給了審判長韋勃。所以當審判長韋勃在宣讀完起訴書，詢問木戶是否認爲自己有罪時，他顯得很憤怒的樣子，高聲回答：“無罪。”“對於起訴書中對我的54項指控，我不能說自己完全無罪，但需要有確鑿的證據來證明我有罪，請法庭出示證據。”木戶的供詞長達373頁，詳述了他從“三月事件”、“十月事件”到“滿洲事變”、“日中戰爭”以及結束戰爭期間，如何反對軍部專橫，如何爲和平作出了努力，其結論就是他沒有戰爭責任。木戶列舉的證據就是他的日記。隨後，他的美籍辯護律師也爲木戶做了長篇辯護。
木戶的證言引起多數軍人被告的恐慌，他們羣起對木戶進行反擊。但重光葵、南次郎、畑俊六、小磯國昭、白鳥敏夫等七名被告的律師則對木戶的證詞表示好感，甚至直接詢問木戶，想找出對他們更有力的證據;大島浩、東條英機、板桓徵四郎等被告則堅決反對。一時間被告之間產生了深刻而又微妙的相互排斥的關係。木戶站在證人席上，他的兒子則在辯護席落座，父子同臺在法庭上與法官對峙，實屬少見。
到了快要宣判的最後時刻，基南檢察官宣佈25名被告全部有罪，而且要嚴加懲處。木戶的罪行由起訴書上的54條減至50條。即便如此，木戶仍成爲與東條並列，成爲戰犯中罪名相等的兩人。爲了防止戰犯服毒自殺，從法庭回到巢鴨監獄後，又進行了一系列嚴格的身體檢查。戰犯們在樓道里脫光衣服，在醫生的帶領下進行X光透視、牙齒檢查及身體各部位的檢查。房間也重新作了調整，木戶搬到了一棟二樓。緊靠入口的一號室是重光，其次是平沼騏一郎、南次郎、佐藤賢了，中間是東條英機，靠裏邊的是畑俊六、小磯國昭、土肥原賢二、廣田弘毅。木戶的11號室緊挨着東條，住在12號室的是板垣，然後是田、東鄉、鬆井，周圍都是些“大人物”。東條的門前有三名憲兵晝夜監視，他是25人中罪孽最深重的一個，且必死無疑。木戶的房間緊鄰東條，他預感到自己的前途極不樂觀。
在等待判決的日子裏，每個戰犯心裏都忐忑不安。一天，木戶幸一與重光葵聊天：“我估計有1/3的人要被判處極刑。”重光對此不以爲然：“我看不然，日本的情況與德國納粹不同，即便有極刑也不過1/6以下。”木戶推測：剩下的25名甲級戰犯中可能會有8人被處以極刑。他預感到，即便7人中有2個人，那麼他也難以逃脫。11月12日，終於到了最後判決的日子。開庭前，木戶幸一見到了他的兒子木戶孝彥。木戶孝彥在前晚詢問了中國中央通訊社的李嘉及內外十幾名記者，他們幾乎都認爲木戶幸一必定是死刑無疑。“哦，知道了。”木戶幸一聽罷，靜靜地點了點頭。 9時30分，遠東國際軍事法庭開庭。韋勃審判長開始宣讀判決書。就在馬上要開庭的時候，木戶孝彥在二樓的休息室裏看到中國中央通訊社的李記者，李飛奔過來對木戶孝彥說：“我問了梅汝璈法官，據說你的父親被免於死刑。” “真的?”由於過於意外，木戶孝彥一時竟說不出話來。李記者還告訴他，下午將宣告判刑的內容，死刑的有東條、板垣……無期的有木戶……對木村和重光的處罰尚未決定，要中午開會研究。不一會兒，傳來《紐約時報》和中央通訊社取消原定去木戶家拍攝鶴子夫人收聽審判結果的行動，由此看來木戶被免除死刑應該是真的。中午11點休庭，孝彥以律師的身份要求與木戶見面，他把這一喜訊悄悄地告訴了父親。“是嗎……”木戶幸一看着孝彥，輕輕地點了點頭，與平時一樣，看不出任何變化。 下午1時30分，法庭再次開庭，審判長按着英文字母順序，宣讀對每一個戰犯的判決。木戶幸一被判處無期徒刑。11個法官的表決結果，決定了他的命運。六票對五票，木戶幸一僅以一票之差“倖免一死”，被判無期徒刑。
木戶認爲無期等於無罪。他說：“內務大臣無罪，陛下也就無罪;內務大臣有罪，陛下也就有罪。”內務大臣有罪必然追究天皇的責任，爲了避免這一點，木戶拼死爲自己辯護。他覺得他的努力沒有白費，常侍輔弼的內務大臣不是死罪，那麼他背後的天皇自然也不會被殃及。好一個“天皇忠貞不貳的臣子”!宣判後，木戶幸一等人又搬到了原來的女囚監區，通稱“藍棟”。這裏實行自治的生活，白天鐵門開放，吃飯時，犯人可同桌就餐。木戶每天圍着運動場散步，有時一天能轉上95圈，上下午各四公里。一週後，木戶孝彥與木戶幸一會面，他向父親轉達了天皇和高鬆宮的問候。判決後的第九天也就是21日，報紙刊登了基南法官的講話：“沒有審判天皇，是聯合國出於政治目的決定的，這一決定就連蘇聯的斯大林首相也是同意(但並非本意)的。作爲首席檢察官，我認爲起訴天皇爲戰犯，證據不足。而事實證明，天皇始終都是希望和平正在接受宣判的木戶幸一的……”基南在講話中，對於近年來人們談論的焦點——天皇的退位問題沒有觸及。
