慘遭鎮壓
1894年9月底，清軍撤出朝鮮後，日本與朝鮮官軍勾結在一起，把矛頭轉向東學軍，對全羅道、忠清道一帶東學軍主力進行圍剿。另一方面，全琫準憤於日本襲擊景福宮，挾持朝鮮國王，也決心再次起兵，趕走日軍，盡滅權貴，按照他被捕後對日本領事內田定槌的說法是：“其後聞則貴國稱以開化，自初無一言半辭傳佈民間，且無檄書，率兵入都城，夜半擊破王宮，驚動主上雲。故草野士民等忠君愛國之心，不勝慷慨，糾合義旅，與日人接戰”。全琫準的再起還與當時朝鮮的執政者興宣大院君密切相關。大院君雖然被日本扶上臺，但不甘心做日本人的傀儡，他表面上發文曉諭東學軍解散，暗中命三南招募使李建永通過全琫準的姻親宋喜玉向東學軍下密旨稱：“爾等自先王朝化中遺民，不忘先王之恩德，而至今尚存。在朝者盡附彼裏，內無一人相議，煢煢獨坐，仰天號哭而已。方今倭寇犯闕，禍及宗社，命在朝夕，事機到此，爾若不來，迫頭禍患，是若奈何?”要求其立即起兵入京，驅逐日本人及親日派。全琫準得知後，曾將該密旨輪示部下，並附上“自大內有密教，送召募使李建永到此邊同義。而此說泄於倭，則禍及玉體，慎之，祕密”的一行字。可見全琫準的再起和大院君不無關係。
1894年10月初，全琫准將10萬東學軍集結在全羅道參禮驛，再次起義，史稱“參禮起包”，其後攻克忠清道論山，用諺文傳檄四方。全琫準在給忠清道監司樸齊純的信中寫道：“目今朝廷大臣，妄生苟全之心，上脅君父，下罔黎民，連腸於東夷(指日本)，致怨於南民，妄動親兵，欲害先王之赤子，誠何意哉?竟欲何爲?今生之所爲，固知其極難，然一片丹心，至死不易，掃除天下之爲人臣而懷二心者，以謝先王朝五百年遺育之恩。”表達了他驅逐日本侵略者與親日賣國賊的堅定決心。崔時亨等“北接”勢力迫於形勢，不得不同意聯合抗戰。各路東學軍陸續開往論山，與全琫準會合，人數達20萬之衆。全琫準在大多數東學道徒和東學軍的支持下，於11月中旬率麾下的20萬大軍北上，在公州與日軍和官兵展開激戰。由於日軍武器精良，東學軍慘遭失敗。1894年底，三南一帶幾乎全被官兵和日軍所控制。各地兩班、土豪也捲土重來，組織“民包軍”、“守城軍”，協助官兵與日軍夾擊東學軍。那夥一度參加東學軍的兩班、鄉吏，這時也都紛紛叛變、告密，捕殺東學軍。
全琫準失敗後，毫不動搖。1894年12月，他輾轉至全羅道淳昌郡一帶堅持鬥爭，積蓄力量，準備聯絡金開南等人東山再起。12月28日(陰曆十二月二日)，全琫準等人轉移至淳昌橫興山避老裏，找到了曾經參加過東學軍的金敬天。
不料金敬天被政府通緝全琫準的1000兩白銀所吸引，竟然叛變了。他故作熱情地接待全琫準，又和另一名叛徒韓信善商議，決定在當晚襲擊全琫準，並告知日本軍。全琫準在那天夜晚發現被包圍後，奮力突出重圍，但不幸受傷，並被趕來的南小五郎的日軍活捉。
朝鮮政府害怕人民劫獄，便將全琫準被關押在日本公使館，由朝鮮法部官吏和日本領事內田定槌會審全琫準。敵人軟硬兼施，時而嚴刑拷打，時而誘以高官厚祿。全琫準堅貞不屈，怒斥道：“你們是我的敵人。我是你們的敵人。我一心要除盡你們，整治國家。如今落入你們手中，要殺就殺，何須多言!我可死於敵人之手，但決不伏敵人之法!”他還在法庭上公然斥責日本的暴行，宣稱“愛國的農民已經團結在一起，唯一的目的就是同你們的國家進行鬥爭。”1895年4月23日(陰曆三月二十九日)，法部大臣徐光範宣判全琫準死刑。全琫準壯烈犧牲在敵人的絞刑架下，年僅41歲。就義前，他作詩並吟誦道：
時來天地皆同力，運去英雄不自謀。
愛民正義我無失，爲國丹心誰有知?
這首絕命詩充分表達了全琫準爲國爲民奮鬥終身、死而後已的精神。同時，也流露出一位農民革命領袖無力扭轉乾坤的慨嘆。
歷史評價
當時的評價
全琫準在當時受到了朝鮮統治階級的污衊，在朝鮮政府看來，全琫準就是一個“假稱平等而毀壞名分”、破壞封建秩序的大逆不道的亂賊。除了政府外，當時的著名文人學士如崔益鉉、黃玹、金澤榮、樸殷植等都曾對全琫準進行激烈的非難，在他們的著作中稱他爲“匪首”、“賊魁”，比如黃玹稱：“琫準等倡亂半載，三南塗炭，敢抗王師，力屈見擒，當用極律(指凌遲)，少泄輿憤，而乃以絞刑論死，失刑甚矣!”樸殷植的《韓國痛史》曾這樣描述全琫準：“全琫準尤桀黠有謀，屢誤官軍以敗之，專以迷信服其徒衆，赴湯蹈火無所迴避。嘗謂其衆曰：‘我有神符護身，雖處炮煙彈雨之中而無傷也，汝等觀之。’乃時置彈丸數十顆於袖中，密教親信者十餘人，使之圍立而叢射，實發空炮也。琫準自圍中出，拂其袖，彈丸紛紛落地。衆望見之曰：‘將軍神人也!’於是其徒爭佩其符而不畏槍彈矣。”可見當時朝鮮地主階級是非常痛恨全琫準的。但是當時的百姓卻對他十分崇敬和懷念，全羅道曾流傳這樣一首歌頌綠豆將軍全琫準的歌謠：
藍色的鳥兒，不要在綠豆叢中停息，
綠豆花落下時，將軍會爲此而悲傷。
後世的評價
後世朝鮮民主主義人民共和國一直對全琫準給予很高的評價，將他視爲偉大的農民革命領袖;韓國在1970年以後也開始對全琫準高度評價，讚揚他爲了建立平等社會和反抗日本侵略所進行的鬥爭，因此全琫準可以說是朝鮮半島南北共同推崇的人物之一，朝鮮和韓國都曾發行全琫準紀念郵票。全琫準爲朝鮮農民階級的革命事業英勇戰鬥了一生。他所領導的甲午農民戰爭堅持了一年之久，是朝鮮人民從十九世紀末展開的反帝反封建民族解放鬥爭的序幕。它對封建統治者和外國侵略者的衝擊，可以說是後來反日義兵運動和朝鮮愛國文化啓蒙運動的先聲。
由於歷史與階級的限制，甲午農民戰爭失敗了。全琫準反封建並不徹底，雖然他提出“驅兵入京，盡滅權貴”，卻並不想推翻朝鮮王朝封建統治，從而提出了“昇平日月”、“澄清聖道”、“忠孝雙全”、“大振紀綱，定立名分，以從聖訓”等口號，甚至寄希望於國王生父大院君，因此“勤王主義”是其最大的侷限性。此外他在軍事上策略不足，沒有建立鞏固的根據地進行持久的鬥爭;在鬥爭中缺乏嚴密組織，也沒有提出足以代替封建專制制度的政治綱領。但這些缺點都無法掩蓋全琫準作爲農民起義領袖的英雄業績以及他在朝鮮民族解放鬥爭史上書寫的光輝篇章。全琫準爲祖國獨立和人民自由而獻身也將受到朝鮮半島人民的永遠尊敬與紀念。
