在南京，最具傳奇的反盜墓故事，並不是東晉帝王陵的集體失蹤，而是詭計多端的大明王朝開國皇帝朱元璋下葬傳奇。傳說，朱元璋在下葬那天，應天府十三座城門，罕見地同時打開，每個城門裏面都擡出了大棺材。這個傳說的背後，其實就是過去皇家常使用的傳統反盜墓手段——祕葬。而從民間看來，朱元璋實際運用的反盜墓手段，應當不止一種。
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碎石封頂反盜墓
明孝陵的地宮位於紫金山南麓的獨龍阜上的寶城下面，地面上是一個巨大的封土堆。
不少爬上此封土堆的遊人可能會覺得失望，就這麼一個大墳頭啊。確實，從表面看什麼也沒有，但遊人腳下巨大封土中卻藏有玄機。1998年12月，南京文物研究所在江蘇省地震工程研究院的配合下，曾對明孝陵的地宮作了有史以來最深入的一次調查勘測。
在這次勘測中，便發現了不少祕密。
當時，使用的是精密磁探測技術，由中國最早將此技術運用於文物考古領域的專家之一、江蘇地震局高級工程師張治天主持。此次探測共進行了30多天。探測中，除受到地面雜物(遊人隨手丟棄的鐵質易拉罐、原養鹿場碎鐵絲網、明代以前的碎磚)干擾外，還受到廣泛分佈於山坡的壕溝、深坑等後期人類擾動體的影響，給探測和後期解釋帶來了極大困難。
但仍可以看出，寶城域內存在一個較明顯的地下構築物，大概在90米×50米，南界起於明樓北100左右，終於寶頂南沿，這就是明孝陵神祕的地宮。
這次探測，還發現了明孝陵地宮的入口，即神祕墓道，它位於明樓東側的寶城城牆下，而不是在中軸線上。地宮所在的獨龍阜地層中，有60%的地方都是人工修補、堆填過的。寶頂上遍佈巨大的卵石。起初認爲可能是防雨水沖刷用的。進一步分析發現，這是朱元璋的反盜墓詭計。
這種封土中加混雜卵石，是反盜墓方式中的一種外部的初級的手段，目的是增加盜墓賊挖掘難度。除了在封土中使用碎石，少石的地方，便用碗來反盜墓。在封土的內層，整齊覆在一層碗，再在上面夯土，碗碎後就出現堅硬的碎瓷片層，與混雜卵石有相同效果，有的則用碗把棺材包圍起來，用粘性很強的糯米漿摻上石灰固定，形成所謂的“碗墓”。這在南京周邊一些較高規格的六朝墓中，也發現過。其反盜墓理念，可能是到了反盜墓效果特別顯著的流沙積石墓的影響。
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就是1998年這次勘測，專家認爲，明孝陵地宮保存完好，初步排除了民間流傳的孝陵地宮被盜之說。
陵工大臣遭朱元璋“滅口”
帝王陵反盜墓的真正玄機，在墓道和地宮內，在封土中混雜卵石僅是雕蟲小技。民間傳說，孝陵的地宮有反盜墓機關，營建時祕密設置了傷人暗器。
古代早期的帝王陵一般會設置機關，孝陵到底有無，因爲沒有發掘，僅憑民間傳說無法弄清。但據北京十三陵之一、明神宗朱翊鈞的定陵發掘情況，可推知一二。定陵在反盜墓上也動了腦筋，通往地宮的入口處用金剛牆封堵，內設道道厚重的石質墓門，門後以“自來石”頂擋。
過去，出於反盜墓的考慮，參與營建帝王陵的工匠都會被滅口，如著名的秦始皇陵，在封閉地宮時，嗣位的秦二世坑殺了所有知情工匠。朱元璋是否這樣做了?史上不見文字記載。但根據孝陵一點工程資料沒有留下，甚至連明人筆記都不敢記載的情況來分析，朱元璋也做足了反盜墓文章。
孝陵的底細，即皇家一號天機只有一個人最清楚，那就是主持孝陵工程的李新。
據《明史·李新傳》(卷一百三十二)，李新是濠洲人，朱元璋的老鄉，在朱元璋的建國大業中，跟着朱元璋南征北戰，屢立戰功。洪武十四年(公元1381年)，時任中軍都督府僉事的李新，被朱元璋調到南京，做陵工大臣。因建陵有功，頗得朱元璋滿意，次年被封爲“崇山侯”，歲祿一千五百石，後負責改建帝王廟。溧水境內的“胭脂河”，也是李新監工開鑿的。
史書上稱“新有心計”，但再有心計，也算計不過皇帝。
給皇家主持陵墓工程是一項危險的任務，做不好，惹怒龍顏要掉腦袋;做好了，皇帝又會擔心泄露地宮祕密，會惹殺身之禍。果然，在死前三年，朱元璋藉口“藍玉黨案”，將李新殺掉了。
明眼都心知肚明，這是朱元璋在“滅口”。李新知道孝陵的祕密太多了，生性多疑的朱元璋不可能讓他在自己死後還活着。
“十三城門同時出棺”真相
朱元璋給南京留下了豐富的文化遺產，除了孝陵，世界現存最長的城牆——南京明城牆，也是朱元璋的傑作。明代內城有門十三座，外郭有門18座，此即所謂“內十三，外十八”。
在南京，有關朱元璋下葬的傳說不少，相當詭異。傳在下葬時搞了一個“迷魂陣”，當天，十三城門同時出棺。這個說法已傳講了六百年，是南京民間最經典的段子之一。南京過去有個民謠：“南京有三怪，龍潭的姑娘像老太，蘿蔔當作小菜賣，十三個城門擡棺材。”竟然把朱元葬當年下葬的傳說，當成了南京代表性的一件事。
可能有人覺得是無稽之談，其實並非空穴來風，史料上有記載，如明人朱國楨的《皇明大政記》上便有這樣的文字，朱元璋下葬那天，“而發引，各門下葬”。
各門下葬，是一種障眼法，實行祕葬的步驟之一，屬反盜墓的典型特徵。在中國盜墓史上，如此這般生前留下遺囑，要求將自己“偷偷處理”的古代君王，非朱元璋一人。最早實施祕葬的是在本書“孫權盜墓”中提到的南越王趙佗，趙佗死後有“祕異神密之墓”，下葬時多城門出棺。其墓在哪，至今沒有被發現，孫權當年枉費了心機最著名的祕葬傳說，發生在曹操死後。傳說在下葬那天，鄴城的各個城門都有棺材擡出。曹操到底葬於何處，目前也沒有弄清楚，最後落下了“七十二疑冢”之謎。十六國時期的君王也喜歡“祕葬”，如後趙始主石勒，半夜從各個城門出殯，就着黑夜將棺材擡向深山中。
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看到這裏，或許有讀者會問，朱元璋不是與皇后馬秀英合葬於孝陵內麼?實行祕葬還有什麼意思?問對了。
有傳說，朱元璋就是要造成自己死後未入葬在孝陵內的效果，絕盜墓賊的念想。在十三城門同時出棺前，朱允炆已將朱元璋的大棺材，從皇宮的祕密通道，直接擡進了孝陵內。
但是，更有人相信，朱元璋下葬時，真身棺材根本就未擡進孝陵內，特別是明成祖朱棣遷都北京後，此說一度傳得很神。
真身葬在朝天宮的傳說
朱元璋下葬後不久即傳出，其真身未與馬皇后合葬，而是獨葬城西的朝天宮。此即過去所謂，“高皇帝龍蛻，在宮不在陵”一說。
朝天宮在城西水西門內，前有三清殿，後有大通明殿，如今是南京博物館所在地。此處原爲吳王夫差所築的冶城，五代時吳王楊溥在此建紫極宮。宋元時先後易名祥符宮、天慶觀、玄妙觀、永壽宮等。明洪武十七年(公元1384年)，朱元璋重建此宮，並易今名。建成後，便讓百官“朝賀習儀於此”。
傳說，前面的三清殿下，“爲明祖真葬處”。
此後不少人相信此說。清代浙東學派代表人物全祖望在《從朝天宮謁孝陵》一詩稱，“鍾阜衣冠是與非，朝天弓劍更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見神功聖德碑。開國諒無慚漢祖，嗣孫底是學曹丕。當年可笑山陵使，亂命何人爲弼違。”
從全祖望的詩中可知，明清時期對朱元璋的葬於孝陵的正統說法，人們是持懷疑心態的。關於朱元璋真身葬處的傳說還有一些。但是，在孝陵沒有正式考古發掘前，所有朱元璋祕葬傳聞既不能一概說是假的，也不能說是真的。需要明白的是，不論朱元璋到底葬在哪，他特別注意反盜墓，應該是事實。
