“西域”這一詞最早出現在司馬遷的《史記》中，當時指的是漢朝統轄領域以外的西北諸國，包括玉門關、陽關以西、蔥嶺以東、阿爾泰山以南和崑崙以北的地區。而“西域三十六國”這一詞則出現在班固的《漢書·西域傳》。
漢朝時期，在塔里木盆地周圍以及天山山谷的地帶，分佈着許多國家。這些國家有大有小，大的相當於一個市，有八萬餘人口，小的甚至只有一個村落，只有一兩千的人口。當時的西域諸國紛爭不斷，漢代時諸國的數量是不斷變化的，最初記載的數目爲三十六個國家，這些政權被概括爲“西域三十六國”。它們中的大多數都以城郭爲中心，所以也被稱爲“城郭諸國”。
根據史料記載，漢初時期的西域三十六國分別是：
鄯善國(樓蘭)、且末國、疏勒國、龜茲國、精絕國、尉犁國、婼羌國、戎盧國、扜彌國、渠勒國、于闐王國、皮山國、烏稈國、西夜子合國(本名西夜國)、子合國、蒲梨國、依耐國、無雷國、難兜國、大宛國、小宛國、桃槐國、休循國、捐毒國、姑墨國、姑師國(車師國)、墨山國、劫國、溫宿國、莎車國、尉頭國、危須國、焉耆國、狐胡國、渠梨國、烏壘國。
到了清朝乾隆時期，對西域的範圍作出瞭解釋，但是已經將“西域”稱爲“新疆，到了嘉慶年間，“新疆”就完全代替了“西域”一詞。
根據史料考證記載，現在新疆境內的西域三十六國有：車師前國、車師後國、車師尉都國、車師後城長國、山國、劫國、彌國、蒲類後國、卑陸後國、龜茲、蒲梨、精絕、樓蘭、且末、小宛、狐胡、西且彌、皮山、姑墨、鄯善、蒲類、西夜、渠勒、戎盧、莎車、皮山、尉頭、卑陸、疏勒、依耐、單桓、烏貪訾、焉耆、若羌、溫宿、尉犁。
現存的遺址有：樓蘭古城遺址、精絕國(又名尼雅遺址)、于闐國(進新疆和田，有衆多佛教遺址建築)、龜茲故城、高昌故城等。
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