清廷在平叛戰爭結束後，沒收藩產入官充當軍餉，撤藩回京師。除吳三桂部調往邊區站、臺服役外，其餘各部重新編入八旗。福州、廣州、荊州派八旗兵駐防，廣西、雲南派綠營兵鎮守，徹底消除了藩鎮制。此外，這次平叛戰爭的勝利，意味着受“三藩”割據之害的人民的解放，給這些地區的社會經濟的恢復和發展提供了必要的條件，從而有利於邊疆和內地經濟、文化的交流。
之後，又於公元1683年滅亡了臺灣的明鄭政權。至此徹底消滅了南明的抗清實力。從此有組織的反清復明運動不復存在。此後，清廷纔開始從事行政和財政經濟的調整改革，然後致力於解決邊疆問題。
這次平叛戰爭的勝利，清除了地方割據勢力，避免了一次國家大分裂，有利於多民族統一國家的鞏固和發展。同時中央集權制力量得到加強，提高了抗禦外敵的能力。
吳三桂等人發動的起事，雖然打出了“興明討虜”的旗號，贏得了不少漢人和對滿清朝廷心懷不滿的人支持，得以在短短的時間內席捲長江以南地區，但由於他曾經親手引清軍入關，親手殺害永曆帝，實乃無以自圓，所以並未得到大多數人的支持。再加上其根本目的在於搞分裂割據，起事諸將皆爲其朋黨，吳三桂一死，登時土崩瓦解。所以其失敗是必然的。
康熙能夠以史爲鑑，認真吸納歷史的經驗教訓，首先制定一個比較完整詳細的撤藩計劃和被撤藩的藩王的待遇安排等等，歷時八年的“三藩之亂”本來是可以避免的。
