清初總體的學術思想呈現實用主義的風氣，那麼清朝文化的學術思想是什麼樣的?分爲哪些派別?主要的四大學術有：目錄、訓詁、考據、金石，都得到了迅速的發展。
考據學
考據學又稱爲“樸學”，強調客觀實踐，有疑問時求證，具有科學精神。考據學專研訓詁、音韻和校勘等。而其治學遠宗兩漢的經師，有異於宋明理學，故又稱爲“漢學”。以顧炎武、黃宗羲、王夫之併爲明末清初三大儒，與方以智、朱舜水等人並稱清初五大師，顏元也是這一時期的大師。顧炎武提倡“經學即理學”，提出以“實學”代替宋明理學，要學者直接研習六經。提倡天下興亡，匹夫有責。著有《日知錄》、《音學五書》等，其學說發展成乾嘉學派。黃宗羲有“中國思想啓蒙之父”之譽稱，著有《明儒學案》、《宋元學案》，是中國學術史之祖。他保護陽明學，排斥宋明理學，力主誠意慎獨之說，蔚爲浙東學派。王夫之強調實際行動是知識的基礎，認爲歷史發展具有規律性，是“理勢相成”。其思想發展成船山學，後人編爲《船山遺書》。
民主思想
以民爲主的思想於清初也開始萌芽，黃宗羲和顧炎武、王夫之提倡民權，所著的《明夷待訪錄》攻擊君主專制體制，提倡天下爲主，君爲客的觀點，倍受清末革命黨的推崇。部分學者認爲黃宗羲的思想是近代民主主義的思想，有西方學者稱黃宗羲爲“中國自由主義的先驅”。清初思想家唐甄所著《潛書》描述：“清興五十年來，四海之內，日益困窮，農空、工空、市空、仕空。”，並指出皇帝是一切罪惡的根源，認爲“自秦以來，凡帝王者皆賊也。”
六經皆史
清代中期的考據學崇尚研究歷史典籍，對中國歷史從天文地理到金石銘文無一不反覆考證。當時分成吳、皖兩派。吳派以惠棟父子、段玉裁、王引之與王念孫爲主，以“博學好古”爲宗旨，恪守儒家法則;皖派以戴震爲首，以“實事求是”、“無徵不信”爲宗旨。他們“畢注於名物訓詁之考訂，所成就亦超出前儒之上”。桐城派健將姚鼐提倡“義理、考據、詞章，三者不可偏廢。”道光與咸豐年間，曾國藩又把經濟與義理、考據、詞章並列。然而考據學到後來過分重視瑣碎事物的探究，爲學問而學問，知古不知今。當時章學誠提出“六經皆史”，注重六經蘊含的義理，並使用於當代政治上，意圖矯正此歪風。鴉片戰爭後西學大量流入中國，考據學逐漸式微。
西方思想
明末清初，隨着歐洲耶穌會傳教士來華，西學輸入中國，對於當時的學風由浮虛轉爲務實，也是有相當的激勵作用。他們將西方科技介紹給中國人，擴大其知識領域，使中國的學術思想添增不少新成分。鴉片戰爭之後，大量西方科技與思想帶動中國近代化革新。此時學者如龔自珍、魏源等人繼承章學誠的說法，並進一步要求改革祖宗的法制，來應付內憂外患的局勢。龔自珍講求經世之務，志存改革，追求“更法”。
