溫病學派是吳門最具地方特色和科技優勢的一大流派，從某種意義上講是吳門醫派主流。明清時期達鼎盛階段，並在相當長的時期內，居世界科技領先的地位。
溫病學派是中國明代末年以後，在南方逐漸興起的，以研究外感溫熱病爲中心的一個學術派別。明清之際，溫疫流行猖獗，尤以江浙一帶爲著，且該地區氣候溽暑，熱病盛行，客觀上促使江浙諸醫家對溫熱病進行研究，並由此逐漸形成一個學派。
繼明末清初吳有性著《瘟疫論》(1642)闡發疫病流行之特點、治療之法當與《傷寒論》有所不同後，江浙地區又相繼出現了一些相關的新理論與治療方法。其共同特點是認爲“溫熱病及瘟疫非傷寒”，故後人稱其爲“溫病學派”，葉天士(1667—1746)乃其中的代表人物之一。
其後又有在學術上毫無門派之見的吳鞠通(1758—1836)，在全面研究上迄《素問》、張仲景，下至吳有性、葉天士的相關學說後，把溫病傳變與臟腑病機聯繫起來，提出將溫病分爲上焦(肺與心)、中焦(胃與脾)、下焦(肝與腎)三個階段，即所謂“三焦辨證”的理論體系。
溫病學派產生成熟於明清兩代的我國南方地區有着其特殊的社會歷史原因。
首先，明清兩代由於城市的發展和人口的集中，流行性疾病成爲了當時醫學界面臨的新問題。據有關文獻統計，明代276年中大疫流行64次，清代266年中大疫流行74次，如明永樂六年，江西建昌，浙江杭州，福建建寧、紹武等地死者七萬八千四百餘人，由於傳統的傷寒法治這些瘟疫效果並不理想，這使當時的醫家不得不尋找新的出路來治療這些瘟疫，這便爲溫病學說的產生創造的積極的條件。
另外，溫病學派產生於我國南方地區也和中國南方特殊的地理環境有關，中國南方特別是江南地區湖河渚泊，地處卑溼，水資源豐富，一年四季氣候分明，較之北方多溫，這也造成了江南多溫病的自然條件。這也使江南醫家有了更多的治療溫病的實踐機會，這也是溫病學派產生於中國南方特別是江南地區的一個重要原因。
除此以外，前代醫家的不斷探索也爲溫病學派的產生奠定了堅實的理論和實踐基礎。在這些原因的共同作用下溫病學派也就應運而生了。
吳有性所處的時代，是明朝末年，當時政治腐敗，清兵入侵，瘟疫大流行，人民生活極度困苦。據《吳江縣誌》載：“一巷百餘家，無一家僅免;一門數十口，無一口僅存。”吳有性目睹當時的慘狀，深有感慨地說：“守古法不合今病……醫者徬徨無錯，病者日進危篤，病癒急，投藥愈亂。不死於病，乃死於醫……”他痛心憂慮，感到一個醫生的責任重大，爲了治病救人，他全力投入到傳染病的治療中，不顧個人安危，深入疫區，進行細緻觀察和比較。他在六十歲時將自己平生治療溫病的心得體會和經驗編著了一部論述傳染病學的重要著作《瘟疫論》，取得了創造性的成就，充實了中醫理論中關於傳染病的內容，在中國醫學史上寫下了光輝的一頁。
