繼河間、丹溪之學廣爲傳播之後，明代時醫用藥每多偏執於苦寒，常損傷脾胃，克伐真陽，又形成了新的寒涼時弊。鑑於此，以薛己爲先導的一些醫家在繼承東垣脾胃學說的基礎上，進而探討腎和命門病機，從陰陽水火不足的角度探討臟腑虛損的病機與辨證治療，建立了以溫養補虛爲臨牀特色的辨治虛損病證的系列方法，強調脾胃和腎命陽氣對生命的主宰作用，在辨證論治方面，立足於先後天，或側重脾胃，或側重腎命，而善用甘溫之味，後世稱之爲溫補學派。代表醫家有薛己、孫一奎、趙獻可、張介賓、李中梓等。
薛己，明醫家。其學術思想悉以東垣脾胃內傷論爲中心，強調“人以脾胃爲本”，“胃爲五臟本源，人身之根蒂”，“若脾胃一虛，則其他四髒俱無生氣”，(《明醫雜著。補中益氣湯》注)“人之胃氣受傷，則虛證蜂起”，(《明醫雜著。風症》注)發揮了東垣“脾胃內傷，百病由生”的理論，更強調了脾胃內傷與虛證的關係。在治療上統治以東垣補中益氣湯，或出入於四君、六君之間。醫|學教育網蒐集整理又主張若補脾不應，即求之於腎和命門之水火陰陽不足，若腎陰不足，用六味丸，壯水之主以制陽光;若命門相火不足，用八味丸，益火之源以消陰翳。此等理論實遙承於唐代王冰，而六味、八味之用又效法於宋代錢乙。其對腎命的認識雖未脫離《難經》左腎右命門之說，但其已明確指出“兩尺各有陰陽，水火互相生化”，故以六味、八味補之，使“陽旺則陰生”，“陰旺則陽化”。臨牀上崇尚溫補，力戒苦寒，實爲溫補學派之先驅。
孫一奎，明醫家，著《赤水玄珠》《醫旨緒餘》等。其論命門學說的特點是綜合《難經》關於命門和腎間動氣理論，並融入《易經》中太極生陰陽的思想，闡發爲動氣命門說，即以命門爲兩腎間動氣，爲人身生生不息之根，並以命門動氣說指導臨牀，突出表現在注重保護三焦元氣，對虛損諸證，多從下元不足論治，自制壯元湯，配合東垣補中益氣湯作爲三焦元氣不足之主方。此外，注意保護脾胃，也是孫氏的臨牀特點之一。
趙獻可，明醫家，著《醫貫》，闡發命門學說，自成一家言。其論命門，認爲位居兩腎之中，有位無形，爲人身之君主之官，居於十二官之上，實爲生命之主宰。曾雲：“命門爲十二經之主，腎無此則無以作強，而伎巧不出矣;膀胱無此則三焦之氣不化，而水道不行矣;脾胃無此則不能蒸腐水谷，而五味不出矣;肝膽無此則將軍無決斷，而謀慮不出矣;大小腸無此則變化不行，而二便閉矣;心無此則神明昏，而萬事不能應矣。”醫|學教育網蒐集整理(《醫貫。玄元膚論。十二官論》)以命門爲君火，並居先天之水火。其臨牀治療亦特別重視先天之水火，雲：“先天水火，原屬同宮，火以水爲主，水以火爲原。故取之陰者，火中求水，其精不竭;取之陽者，水中尋火，其明不息。斯大寒大熱之病得以平矣。”(《醫貫。陰陽論》)其
所謂“火中求水”，即用六味丸補水以配火，用治因真水不足所致之火有餘證，壯水之主以制陽光：“水中尋火”，乃用八味丸於水中補火，用治因真火不足而致的水有餘證，益火之源以消陰翳。大大推廣了六味、八味的臨牀應用。
張介賓，明著名醫家，著《景嶽全書》《質疑錄》《類經》等。張氏所論命門與趙獻可略同。認爲命門藏先天之水火，爲元陰元陽所居之所，故“命門之水火爲十二髒之化源，五臟之陰氣非此不能滋，五臟之陽氣非此不能發”。(《類經附翼。求正錄。真陰論》)五臟之功能必賴命門始能發揮正常。若命門之元陰、元陽虧損，則必變生臟腑陰陽虛損之病，所謂“火衰其本則陽虛之證迭出，水虧其源則陰虛之病迭出”。(《類經附翼。求正錄。真陰論》)創制左歸、右歸作爲治療命門先天水火不足的主方。大力倡導“陰陽相濟”，完善了陰陽虛損治法。其陰陽理論的另一個重要觀點是陽重於陰，反對朱丹溪的“陽常有餘，陰常不足”論，針對性地提出“陽非有餘”論，認爲“天之大寶，只此一丸紅日;人之大寶，只此一息真陽”，(《類經附翼。求正錄。大寶論》)爲其溫補學說奠定了理論基礎。
李中梓，明醫家，著《醫宗必讀》《內經知要》等。其學術思想宗東垣、立齋。明確提出先天之本在腎，後天之本在脾，脾有陰陽，腎分水火，宜平不宜偏，宜交不宜分，並表現出明顯的重陽抑陰的傾向，嘗謂：“氣血俱要，而補氣在補血之先;醫|學教育網蒐集整理陰陽並需，而養陽在滋陰之上。”(《醫宗必讀。水火陰陽論》)其在臨牀上善於博採衆家之長，持論公允，又多有創見，如擅長辨治寒熱真假、實虛疑似之證，倡言“大實若贏狀，至虛有盛候”，(《醫宗必讀。疑似之證須辨論》)頗具臨牀指導意義，爲後世醫家所稱道。
溫補學派諸家發展了易水學派的臟腑病機學說，既重視調理脾胃以治療內傷雜病的積極作用，又深入探討了腎命學說，從真陰元陽兩個方面闡明瞭人體陰陽平衡的調節機制及其重要意義。對於命門的部位及其生理作用，提出了不少學術見解，有力地推動了中醫學理論的發展。
溫補學派的學術思想對後世臨牀各科及衆多醫家都產生了積極而深遠的影響，追隨之學者甚衆，如士材之學一傳沈朗仲、馬元儀，再傳尤在涇，他們繼承了李中梓的學術觀點並有所創新和發揚，均成爲一代名醫。又如清初之張璐，辨治雜病多取法於薛立齋、趙養葵、張景嶽諸家方論，受溫補學派的思想影響較深。再如高鼓峯、呂留良、董廢翁等醫家都不同程度地繼承和發展了溫補學派的學術思想。
