他不僅對《千金方》、《肘後備急方》之類的著作仔細研究，還對兩晉南北朝隋唐時期影響較大的著作加以收集整理，如陳延之的《小品方》、張文仲的《張文仲方》等醫著。除此之外，對民間單、驗方也並不排斥。書中共收載了6900多首方劑，每一門都是以《諸病源候論》的條目爲引，再廣引方劑。每一首方，都註明了出處和來源，給後人的研究帶來了很大的方便。許多散佚已久的醫書，也都是在這部著作中看到大致內容的。
王燾對於方劑的收載，不僅廣引博採，而且精挑細選。現在看來，當時收載的許多治療方法和方劑，都十分切實可用。而書中記載的治療白內障的金針拔障術，是我國曆史上對這種方法的最早記載，且這種方法，現今仍被沿用。
《外臺祕要》，全書共四十卷。其中1—20卷記的內科病，21—22卷記的五官病，23—24卷記的癭瘤、瘰癧、癰疽，25—27卷記的二陰病， 28—30卷記的中惡、金瘡、惡疾、大風等，31—32卷記的丸散等成方，33—34卷記的婦人病，35—36卷記的小兒病，37—38卷記的乳石，39卷記的明堂灸法，40卷記的蟲獸傷及畜疾。各門記述先論後方，秩序井然。成書於公元752年，書中收載了唐以前的許多醫藥學著作，其醫論部分基本上是在巢元方《諸病源候論》的基礎上闡述發展起來的。醫方部分選《千金要方》最多，其餘所選各書，均註明書名卷第。全書編1104門(據現存本，覈實得1048 門，似有佚失)，載方6000有餘，是我國重要的中醫著作之一。書中博採名家方論甚多，不少早已散佚的醫藥著作及名家醫方，均賴此書當初的選錄而被保存了下來，不少醫家將此書與《千金要方》相提並論。《外臺祕要》，成書至今一千二百餘年，深受歷代醫家推崇，各代都有多種不同刊本。
