曾國藩非殺李秀成的理由是什麼?剿滅太平天國的主力是曾國藩的湘軍，而不是清朝主體八旗軍。爲什麼要讓湘軍去打太平天國?這是因爲咸豐、慈禧實在沒辦法了，而李秀成本人也實在是知道的太多了。
(太平天國運動是在1851-1864年間，從咸豐元年到同治三年，清朝的實際統治者從咸豐皇帝過渡到慈禧太后)
滿清的八旗軍，在明末清初，的確有過他們的輝煌。但是入主中原、天下安定之後，這種世襲的兵制導致了軍力的迅速下降。到了清末，八旗軍已經不堪一戰了。這才導致清末的綠林軍、勇營制度的不斷改革。
太平天國時，清朝中央政府已經拿不出一支像樣的軍隊，去撲滅這來勢洶洶的烈火。不得已，只好放權，允許各地地方政府自己編練軍隊。勇營，在此之前只是一種臨時召集、輔助正規軍的武裝，這時卻變成了獨立作戰的正規軍。曾國藩的湘軍，其實就是一支經過改革的勇營。
湘軍，以及後來的淮軍、楚軍，和八旗綠營不同，其將帥的權力很大，集管理、指揮、財務大權於一身——劃重點，湘軍的財務大權是獨立的。
一支部隊，又不事生產，怎麼能有財務權?說白了，就是靠搶(清廷肯定給湘軍提供軍餉，但，錢是不會嫌多的)。搶老百姓的會失去民心，對以後的作戰不利，而打敗敵人後搶奪戰利品，那就是很正常的。
理論上，打敗太平天國之後，獲得的戰利品應該上交國家、上交清政府。不過湘軍顯然沒有這樣的道德節操。而曾國藩雖然被近來研究者捧爲“晚清第一名臣”，也不可能要求部下“文官不貪財，武將不怕死”、只憑一腔熱情就決勝千里。士兵奮勇殺敵，還不是爲了“子女玉帛”?畢竟那個時代的士兵，還沒有經過革命薰陶教育。
湘軍打敗太平天國，攻佔天京城，一定奪佔了洪秀全積聚的無數財富。至於順手牽羊，搶奪平民財產，這類“軍紀敗壞”的事情也不會少。甚至再嚴重一點，直接搶佔清朝地方政府的財產，殺官殺吏的行爲，也不可能沒有。
這些事，要瞞過千里之外、深居紫禁城中的慈禧，是可能的。要瞞過親歷戰爭的“忠王”李秀成，是不可能的。
或者說，慈禧太后一定心裏有數，但是鑑於曾國藩的功勞和實力，在沒有真憑實證的情況下，她是可能放湘軍一馬的。但如果真憑實據、證據確鑿，慈禧太后也沒辦法視而不見。甚至，朝廷利用這些“罪證”做文章，幹掉“功高震主”的曾國藩，也不是絕無可能。
所以，爲了自己的安全，爲了湘軍的安全，曾國藩必須殺掉李秀成這個重要的證人。順帶的，攻下南京(太平天國稱爲“天京”)後屠城、燒城，也是爲了同樣的目的。
