拉貝是迄今爲止我們所知道的所有德國人中，對南京大屠殺做出最詳盡記錄的。《拉貝日記》從某種意義上說，是一部關於南京大屠殺的逐日編年史和百科全書，日軍在南京每一種類型的罪惡幾乎都可以在《拉貝日記》中找到對應的案例。作爲國際安全區主席，他需要關心數十萬難民的生計，需要日本方面哪怕表面性的最低程度的合作。而且，由於天天目擊日軍暴行，或看到有關報告，拉貝感到厭惡，他傾向於刪除安全區官員報告中那些令人反胃的文字。施佩林在報告中提到：“赤身裸體的日本兵趴在一個年輕、漂亮的女孩子身上”，拉貝認爲這樣的句子應該刪除，所以拉貝對於日軍暴行的記述近乎超人地“平靜”——在他的日記中幾乎看不到形容詞。
1937年12月13日，拉貝等將1000名放下武器的中國士兵安排在司法部大樓裏，日軍將其中的400～500名強行拖走殺害。拉貝“被這種做法驚呆了”。第一次的震驚很快被長期的噩夢所取代———日軍將一箇中國兵綁在竹牀上殺害後扔在拉貝居所附近一直沒有埋葬，在其後6週中，這具屍體成了日軍對拉貝的一個威脅性提示，告訴他12月13日只是一個小小的開始。
果然，12月17日，拉貝記述道：16日夜僅安全區就有1000個女性被強姦；12月22日，拉貝記述道：在安全區的池塘裏發現許多被槍殺的平民的屍體，其中一個池塘就有30具，他們大部分被反綁雙手，有些人脖子上還掛着石塊。下關發電廠的43名工人被押到江邊槍殺，理由是該廠曾經是國營工廠。由於對下關至燕子磯一帶的大屠殺並不知情，1月3日，拉貝誠實地記述到：有關6萬中國人被俘或被殺的事，他並不知道，他擔心有2000名放下武器的中國兵和數千平民被殺，他祈禱：“但願就這麼多了。”
然而，1938年1月7日，他記述道，1個婦女因全家其餘17個親人被殺，恍恍惚惚地在街上瘋跑，另一個婦女的父母和3個孩子被殺，她用最後的錢買了棺木，日本人搶走棺木，並給出理由說：中國人不必被收殮。1月25日，他記述道，一箇中國人給日本人幹了一天的活疲憊地回到家中，妻子端上幾碗稀飯，全家6口就指望着這頓飯，一個日本兵過來，在碗裏撒了一泡尿，揚長而去。2月7日，拉貝等在西康路附近的兩個水塘裏撈出124具中國人屍體，都被日本人用鐵絲反綁了雙手，他們先被機槍掃射，後被澆上汽油焚燒，因爲要節約汽油，日軍將他們燒得半焦後扔進了水塘。
拉貝平靜地說：“人們也許會認爲，日本軍隊都是由釋放出來的囚犯組成的，正常的人不會做出這等事來！”他同時爲中國人的逆來順受而痛心，但這種痛心也是平靜的：“如果每起強姦案都能遭到致命的報復，那麼相當一部分佔領軍早就被消滅了。”
拉貝終於因爲無休止的苦難而身心疲憊，他希望脫離南京這個讓人類對自己的同類失去信心的悲劇舞臺。回國前夕，金陵大學難民收容所3000婦女哭喊着包圍了拉貝的汽車，他默默地下了車，徑直步行離開他擔任主席的國際安全區。
乘英國“蜜蜂”號炮艇離開時，他將一位一直隱匿在他家的中國空軍機長僞裝成自己的僕人帶出了南京。
