袁崇煥在鬧市被凌遲處死以後，百姓把他的肉都吃了，只剩下一幅血淋淋的骨頭架子，這夠慘的了。但是崇禎皇帝對袁崇煥的恨還沒有完呢，接下來的就開始派人查抄袁崇煥的家，當時去查抄袁崇煥家的明軍分成了兩個部分，一隊去廣州，一隊去寧遠。後來兩隊查抄完一合計，袁崇煥的家裏有一千多兩白銀，以袁崇煥的地位，這些錢也不算多。他們把這事報給了崇禎皇帝。崇禎皇帝批覆繼續在他老家的查抄，把農田全部變賣，人員全部處理。
而另外一隊錦衣衛，帶着皇上的聖旨到了山海關，這個時候山海關的督師是孫承宗，他雖然同情袁崇煥的下場，但是也沒法抗拒聖旨，所以派人帶着錦衣衛到了袁崇煥寧遠的家裏，錦衣衛把袁崇煥的小妾和三個孩子，還有十五個僕人都押送到北京，關押到了刑部。崇禎讓戶部和刑部一起對此案進行審理。而戶部尚書是畢自在，他對袁崇煥還是有舊情的，因爲他弟弟畢自肅在遼東巡撫任職期間，由於獲罪而自殺，朝廷追責的時候，袁崇煥一直爲畢自肅說好話，宣揚他的功績並沒有落井下石。
基於這一點，畢自在就想在能力允許的範圍內，幫幫袁崇煥的家人，崇禎皇帝的意思是把袁崇煥的家人全部流放，而沒有說流放到哪裏。畢自在就在這上面做文章，批示把袁崇煥的小妾和三個孩子流放到浙江，浙江氣候宜人，是非常適合居住的地方，這樣袁崇煥的家人也不算太受苦。
但是好景不長，畢自在的這個處理方式，被人抓住把柄告到的崇禎那裏，告畢自在枉顧國家的法紀對罪犯的家人予以照顧。崇禎皇帝就詢問畢自在，而畢自在當時十分驚恐生怕被袁崇煥案子給牽連進去，爲了自保就開始在那大罵袁崇煥，並且把流放浙江這件事推到別人身上，還建議把袁崇煥的家人流放的偏遠的雲南。
就這樣袁崇煥的家人又從浙江被趕到了雲南，而袁崇煥的弟弟被流放到了福建，一家人從此以後再也見不到面了。在崇禎八年的時候，山東巡撫餘大臣因爲過失也被下放到了廣州，在那和袁崇煥的弟弟有過一面之緣，餘大成當時把他所帶着的袁崇煥以前的上奏皇帝的奏章副本都交給了他的弟弟。袁崇煥的弟弟拿到這些遺物後，痛哭流涕，兩人告別後從此袁崇煥的弟弟下落不明，史書上也沒有了記載。
最悲催的估計是袁崇煥小妾生的兩位女孩了，當時流放的時候一個六歲，一個三歲，從千金小姐成爲了罪犯的女兒，這個突然的落差太大，他們隨着母親輾轉千里，到了雲南的苦地，肯定是處處受人欺負，如果她們能熬過明朝的滅亡估計還好些，但是清軍入關後，局勢又十分動盪，是不是還能活着都很難說了。
在崇禎對袁崇煥一案審理上可以看出，崇禎恨不得將袁崇煥的家人趕絕，當時在北京關押期間，有一個袁崇煥以前的僕人逃跑了，崇禎知道後非常惱怒，嚴令各地追查這名僕人，一直追了數年才放棄。由此可見崇禎對袁崇煥惱怒到什麼程度。
