明末鼠疫，又稱明末華北鼠疫、京師大瘟疫、明末大鼠疫、疙瘩瘟，是指明朝崇禎帝在位期間中國北方出現的大鼠疫。
明代中期以後中國進入了一個空前少雨的年代，出現全國性的大旱災。萬曆、崇禎年間，旱災變得越來越頻繁，大旱之年的比率也在增加。波及華北數省的大鼠疫首先在山西爆發。
明末大鼠疫開始於崇禎六年(1633年)，地點是山西。崇禎十四年傳到河北，並隨着李自成和清朝的軍隊傳到更多的地區。崇禎十四年(1641年)，鼠疫傳到北京，造成北京人口的大批死亡。
明末鼠疫這場大鼠疫是的“街坊間小兒爲之絕影，有棺、無棺，九門計數已二十餘萬。”北京在1643年的8月到12月間，保守估計死亡人數已高達全城的五分之一。所以當次年的4月，李自成攻進大明帝國的都城北京時，他面對的是一座“人鬼錯雜，日暮人不敢行”的死城。
上海交通大學歷史學系教授曹樹基根據華北地區明朝末年地方誌以及一些明代人的記錄，在其論文《鼠疫流行與華北地區社會的變遷》中，首次提出了明末席捲華北地區的瘟疫實際就是鼠疫。近十年之後，他與李玉尚合著《鼠疫：戰爭與和平》，對前期的研究做進一步的完善，提出了“老鼠亡明”的觀點。
異常寒冷的氣候頻繁引發水災、旱災、蝗災、鼠疫等，成爲波及全國範圍的大瘟疫，形成“水旱災——饑荒——瘟疫”的惡性循環，,成爲明王朝崩潰的根本原因。
背景
生態破壞
歷史記載，自明嘉靖始，明朝與蒙古邊境之間常有變亂，致使許多漢人被俘或逃往蒙古草原，大面積的牧場被開墾爲農田，改變了牧場的生態環境。其中，原本生活在草原上的老鼠生存空間被壓縮，人與鼠接觸的機會大大增加。
氣候異常
同時，明朝末年恰又是旱災頻發的年代，萬曆期間曾有過三次大旱且均引發瘟疫;崇禎十四年，再遭大旱且歷時4年。旱災肆虐，逃荒保命的不只是難民，老鼠也需到處尋找食物，較大數量的老鼠進入人類的居住地也就順理成章了。鼠疫桿菌通過寄存在它們身上的跳蚤將病毒傳染給了難民，而難民的遷徙流動又使病毒延伸到更大的地域。華北地區作爲明末農民戰爭後期的主戰場，天災人禍並至，明末大瘟疫正是在這樣的背景下開始醞釀。
1618年，萬曆46年，廣東下起了大雪，這標誌着“小冰河時期”的開始，從這時開始中國遭到了持續乾旱和低溫的侵襲，到1638年，崇禎11年，漕河干枯，1640年，崇禎13年，黃河干枯了，而長江和淮河竟然已經全部封凍。朝末年中國內地大部分地區進入小冰河時期，全國性的旱災蝗災和鼠疫長年反覆上演。對於一個龐大的農業國家根本無力抗拒這種打擊。伴隨着自然災害而來的是內部的暴動，東北和西南地區發生的叛亂。
崇禎10年-14年，中國華北地區連續4年大旱。崇禎14年，在山西北部一個春季乾旱荒野上的午後，一隻因爲體內鼠疫菌正在大量繁殖，而堵塞消化道無法吸血的跳蚤，跳上一隻灰老鼠身上拼命的叮咬它，這時大量的鼠疫菌進入被叮咬的灰老鼠體內。於是鼠疫菌在這個身材比跳蚤大無數倍的新家更加快速的繁衍，十多個小時以後，灰老鼠開始出現高熱症狀，它的內臟開始潰爛出血。在灰老鼠死時，它體內的大量鼠疫菌開始轉移到附件的其他老鼠身上，隨後從一個老鼠家庭向另外的老鼠家庭傳染。
常年乾旱食物減少，老鼠們身體虛弱，免疫力下降，很快整個地區，都佈滿了鼠疫菌。乾旱缺水也導致了鼠疫菌以更快的速度繁殖。
很快成羣結隊的帶菌老鼠由於高熱導致身體炎熱難忍，它們到處尋找水源拼命的喝水。於是爲了尋找水源，老鼠們集體出發，開始了向四面八方搬家的歷程，在這個旅程中更多被感染的老鼠加入了搬家大軍。
崇禎14年夏天，中國內地突然出現大羣大羣的老鼠互相咬着對方的尾巴成羣結隊渡過江河險阻，進入安徽，河南，河北等諸省。
50%的崇禎年份都是大旱，大旱造成糧食大幅度減產，國民體質嚴重下降，衛生條件極度惡化。在這一年崇禎14年，中國內地還是普遍大旱，在河北春季幾乎無雨，老鼠大軍找不到水喝繼續向更南的南方進軍。
同時饑荒中慌不擇食的人們開始偷吃老鼠藏在洞裏的食物，吃成片死在路邊的老鼠，橫掃全國的鼠疫大爆發終於開始了。於是在中國的史書上留下了，崇禎14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，歲大凶。廣平府大飢疫，人相食。京師大疫，天津大疫。河南全省大疫，開封府陽武縣死者十九，滅絕者無數。榮陽，民死不隔戶，三月路無人行。
山東青州，濟南，德州，泰安相繼發生大疫。安徽大疫，青蠅大如棗，鳳陽府，安慶府，廬州府相繼被鼠疫攻陷，死者最多的地方死亡人口達到90%，於是廬州府，就是現在的合肥一帶，民有絕戶，繁華大街如同靜夜，無人行走。
流民因素
氣候變化還會導致瘟疫的流行。由於大規模的流民出現，瘟疫在明代後期也日益猖獗。據《明史》記載，從1408年到1643年，發生大瘟疫19次，其中1641年流行的一次瘟疫遍及河北、山東、江蘇、浙江等。當時著名醫學家吳有性在《瘟疫論·原序》就着重指出：“崇禎辛已(1641年)，疫氣流行，山東、浙省、南北兩直，感者尤多。至五六月益甚，或至闔門傳染。”
