明朝末年碰上了鼠疫明軍死傷無數，爲何入關清軍卻安然無恙呢?明末鼠疫雖然來勢兇猛，但據史料記載，當時在京城的致死率是20%(一說爲40%)左右(“十室九空”並非指全家死絕，更多的是舉家逃走避難)。也就是說，多數人(包括患病後又痊癒)經過殘酷的“自然選擇”，還是生存了下來。
實際上，明末從萬曆年間就不斷爆發區域性鼠疫，只是沒有大範圍擴散罷了。但隨着小冰河氣候所引發的旱災越來越頻繁和嚴重，加上當時稅賦勞役負擔也越來越重，導致百姓體質和抵抗力下降、官府防疫抗災能力(包括意願)不足，單一地區發生的鼠疫很快隨着流民、農民軍和遷徙鼠羣被傳染轉移至其他地區，疫情由此急劇擴大，最終徹底失控。
換個角度來講，只要措施得當，即便在明末那樣的亂世也能有效控制疫情。史載，福建一名醫在京城用“刺血法”(放血療法)治療鼠疫有奇效，每天排隊上門求診者多達萬人(由於鼠疫對部分特定人羣具有極高致死率，能夠堅持下來得到救治的患者都屬於體質比較強的)。現代醫學研究表明，“刺血法”的原理在於通過對人體穴位進行反射刺激，促使淋巴細胞短時間內激增，從而徹底摧毀潛藏的病毒釋放源，說白了就是用極端方法“激活”人體的免疫機制。
還有就是隔離，除了把患者單獨關“小黑屋”和及時將死者屍體運出城妥善處置(這項工作甚至比救活人更重要)之外，大量百姓(多數是有免疫力的)外逃也讓京城人口密度降了下來，從而進一步減輕了傳染烈度。史載，崇禎十六年10月之後，京城鼠疫疫情就逐漸得到控制(嚴寒冬季也發揮了很大作用)，到來年4月李自成大軍打到城下時，京城疫情已基本上過去，只不過後遺症導致明朝守軍體質羸弱，已無心更無力抵禦農民軍的進攻。
至於清軍，更是佔了身處關外苦寒之地、遠離中原疫情重災區的“光”。清軍大舉入關並擊敗農民軍進佔京城之際，肆虐關內達10年之久的鼠疫已經落幕，而明王朝卻在內外交困中崩塌，從這個意義上來講，清軍則趁勢“摘桃子”取天下，這就是歷史的弔詭。
