愛奧尼亞起義，以及在伊朗、多麗絲、塞浦路斯和加勒比的相關起義，是小亞細亞幾個希臘地區反對波斯統治的軍事叛亂，持續時間從公元前499年到公元前493年。叛亂的核心是小亞細亞希臘城市對波斯指定統治他們的暴君的不滿，以及兩個米利西安暴君，組氨酸和阿里斯蒂格勒的個人行爲。愛奧尼亞的城市在公元前540年左右被波斯征服，之後被土豪統治，土豪由波斯總督在薩爾迪斯提名。公元前499年，米利都的暴君阿里斯塔戈拉斯與波斯太守阿爾塔費倫聯合遠征，試圖征服納索斯，以鞏固他的地位。這次任務失敗了，阿里斯達戈拉斯意識到他即將被推翻爲暴君，他選擇煽動整個愛奧尼亞反叛波斯國王大流士大帝。
公元前498年，在雅典和埃雷特里亞軍隊的支持下，愛奧尼亞人繼續前進，佔領並燒燬了薩爾迪斯。然而，在他們返回愛奧尼亞的途中，波斯軍隊跟隨他們，在以弗所戰役中被決定性地擊敗。這次戰役是愛奧尼亞人唯一的進攻行動，他們隨後採取了守勢。波斯人在公元前497年採取了三管齊下的進攻，目的是收復叛亂的外圍地區，但叛亂蔓延到卡里亞意味着達烏蘇人統治下的最大軍隊重新部署到那裏。這支軍隊最初在卡里亞成功作戰，但在Pedasus戰役中遭到伏擊而被殲滅。這導致公元前496年和公元前495年的其餘時間陷入僵局。
公元前494年，波斯陸軍和海軍重新集結，直取米利都叛亂的中心。愛奧尼亞艦隊試圖從海上保衛米利都，但在薩米安人叛逃後，在萊德戰役中被決定性地擊敗。米利都被圍困，被俘，人口被波斯人統治。這一雙重失敗有效地結束了起義，結果加勒比人向波斯人投降。波斯人在公元前493年減少了西海岸仍然反對他們的城市，最後在愛奧尼亞強加了一個和平解決方案，這被普遍認爲是公正和公平的。 愛奧尼亞起義是希臘和波斯帝國之間的第一次重大沖突，也是希臘和波斯戰爭的第一階段。儘管小亞細亞已經回到波斯陣營，大流士發誓要懲罰雅典和埃雷特里亞支持起義。此外，希羅多德認爲，希臘無數城邦對其帝國的穩定構成持續威脅，因此大流士決定征服整個希臘。公元前492年，希臘的第一次波斯入侵，希臘-波斯戰爭的下一階段，作爲愛奧尼亞起義的直接結果而開始。
資料來源主要文章:希羅多德實際上，愛奧尼亞起義的唯一主要來源是希臘歷史學家希羅多德。希羅多德，被稱爲“歷史之父”，生於公元前484年，小亞細亞的哈利卡納蘇斯(當時波斯人統治)。他寫了他的“調查”(希臘文——歷史;英國—(歷史)大約公元前440 - 430年，試圖追溯希臘-波斯戰爭的起源，這仍然是相對較新的歷史(戰爭最終結束於公元前450年)。希羅多德的方法是完全新穎的，至少從西方社會的角度來看，他似乎發明了我們所知的“歷史”。正如荷蘭所說:“第一次，一個編年史家把自己定位於追蹤衝突的根源，而不是追溯到遙遠得難以置信的過去，也不是追溯到某個上帝的異想天開和願望，也不是追溯到一個民族聲稱自己掌握了命運，而是追溯到他可以親自核實的解釋。“
後來的一些古代歷史學家，儘管追隨希羅多德的腳步，批評希羅多德，首先是修昔底德。然而，修昔底德選擇希羅多德留下的地方開始他的歷史(在塞託斯被圍困時)，因此大概認爲希羅多德的歷史足夠準確，不需要重寫或更正。普魯塔克在他的文章《論希羅多德的惡毒》中批評希羅多德，認爲希羅多德是“野蠻人”這表明希羅多德實際上可能做了一件不偏不倚的合理工作。希羅多德的負面觀點傳到文藝復興時期的歐洲，儘管他仍然被廣泛閱讀。然而，自19世紀以來，隨着民主時代的到來，他的聲譽得到了戲劇性的恢復，一些考古發現一再證實了他對事件的看法。現代流行的觀點是希羅多德在他的歷史上做得很出色，但他的一些具體細節(特別是部隊人數和日期)應該受到懷疑。然而，仍有許多歷史學家相信希羅多德的敘述有反波斯的偏見，他的許多故事都是爲了戲劇性的效果而加以修飾的。
背景在邁錫尼文明崩潰後的黑暗時代，大量希臘人移居小亞細亞並定居在那裏。這些定居者來自三個部落羣:伊朗人、多裏安人和愛奧尼亞人。愛奧尼亞人在麗迪雅和卡里亞沿岸定居，建立了組成愛奧尼亞的十二座城市。這些城市是加利亞的米利都、米烏斯和普里恩;《呂底亞》中的以弗所、跋、列別多、特奧、克拉佐梅納、弗卡亞和色雷斯;以及薩摩斯島和希奧斯島。雖然愛奧尼亞城市彼此獨立，但他們承認他們有共同的遺產，有一個共同的廟宇和聚會場所，即Panionion。因此，他們組成了一個“文化聯盟”，他們不會接納其他城市，甚至其他部落愛奧尼亞人。愛奧尼亞的城市一直保持獨立，直到公元前560年被著名的呂底亞國王克羅伊斯征服。愛奧尼亞城市當時仍在呂底亞統治之下，直到呂底亞被新生的塞勒斯大帝阿契美尼德帝國征服。
在與利比亞人作戰時，賽勒斯曾向愛奧尼亞人發出信息，要求他們反抗利比亞統治，但愛奧尼亞人拒絕這樣做。塞勒斯征服莉迪亞之後，愛奧尼亞城市現在提出以同樣的條件成爲他的臣民，就像他們曾經是克羅伊斯的臣民一樣。賽勒斯拒絕了，理由是愛奧尼亞人以前不願意幫助他。愛奧尼亞人因此做好了自衛的準備，賽勒斯派中位將軍哈帕古去征服愛奧尼亞。他第一次進攻阿福卡亞;Phocaeans決定完全放棄他們的城市，流亡到西西里島，而不是成爲波斯臣民(儘管許多人後來返回)。哈帕格斯攻擊特奧時，一些泰亞人也選擇移居國外，但其餘的愛奧尼亞人仍然留在那裏，反過來又被征服了。 波斯人發現愛奧尼亞人難以統治。在帝國的其他地方，塞勒斯能夠找到優秀的本土羣體來幫助他統治他的新臣民——比如猶太祭司。當時希臘城市中沒有這樣的羣體;雖然通常有貴族，但這不可避免地會分裂成相互爭鬥的派系。波斯人就這樣決定在每個愛奧尼亞城市贊助一個暴君，儘管這使他們捲入了愛奧尼亞人的內部衝突。此外，暴君可能會形成一種獨立的傾向，必須被取代。暴君自己面臨着一項艱鉅的任務;他們不得不轉移同胞們最大的仇恨，同時支持波斯人。
波斯征服愛奧尼亞約40年後，在波斯第四任國王大流士在位期間，米利西安暴君阿里斯蒂格勒發現自己陷入了這種熟悉的困境。公元前513年，阿里斯蒂格勒的叔叔組氨酸曾陪同大流士參加戰役，並在得到獎賞後，要求獲得征服的色雷斯領土的一部分。儘管這一點得到了批准，但組態王的野心讓大流士的顧問們感到震驚，因此組態王被迫留在蘇薩，成爲大流士的“皇家陪侍”。阿里斯塔戈拉斯接替了組氨酸，在米利都面臨着沸騰的不滿情緒。公元前500年，一些納索斯流亡者接近阿里斯蒂格勒，要求他控制該島。阿里斯塔戈拉斯看到有機會征服納索斯，從而加強他在米利都的地位，於是向呂底亞太守阿爾塔費倫提出了一項建議。如果阿爾塔費倫提供軍隊，阿里斯蒂格勒將征服該島，從而擴大大流士帝國的邊界，然後他會給阿爾塔費倫一份戰利品，以支付籌集軍隊的費用。阿爾塔費倫原則上同意，並請求大流士允許他發起遠征。大流士同意了這一點，第二年集結了一支200人的三角部隊來攻擊納索斯。
