作爲希波大戰的先聲，愛奧尼亞起義可以視作愛琴海地區各部族的一次大聯合，他們在這次反抗波斯的鬥爭中積累了戰爭經驗。希臘各城邦的反應，也直接決定了後來的希波戰爭進程。
起義的誘因
分佈在愛琴海東岸的各希臘城邦，基本上都是來自希臘本土的移民和小亞細亞土著融合後成立的。他們從北到南，大致形成了艾奧利斯13城邦，愛奧尼亞12城邦和多利亞6城邦。
從公元前7-6世紀開始，小亞細亞內陸的強權呂底亞王國與愛奧尼亞人遭遇併發生了衝突。在輪番征戰中，沿海地區的希臘人被迫臣服。但是呂底亞在文化民俗上與希臘十分類似，君主對於希臘人和希臘文化頗有好感，所以希臘人對於呂底亞印象總體不錯。
但是新崛起的波斯卻收緊了對沿海希臘城邦的控制。從帝國奠基人居魯士到他的繼承人岡比西斯，都在不斷蠶食愛奧尼亞城邦。大部分城邦則被波斯行省化，波斯文獻稱之爲“希臘海邊，海島上與海對岸行省”，每年承擔400塔蘭特的賦稅。對比下後來鼎盛時代，加盟國更多的提洛同盟，一年的貢金最多隻有460塔蘭特，而且很少超過400塔蘭特。所以對於農業條件普遍欠佳，主要依賴工商收入的希臘城邦而言，這完全是從天而降的重壓。
內部制度上，愛奧尼亞人推行的是僭主制度。這些人的往往是貴族或者王族，在呂底亞和波斯的軍事壓力下建立起有利於戰爭的威權體制，對內拉攏民衆制衡貴族反對派。雖然僭主們爲了對抗貴族而賜予公民一些權利和好處，但是在愛奧尼亞起義前，這些僭主已經徹底成了波斯代言人。往往爲了自己和波斯的利益挑起戰爭，引起本邦人的不滿。希臘本土各地都出現了草根民衆爭取政權，對抗貴族的運動，這一風潮也開始波及小亞細亞，推動了民衆對於僭主的反感。
經濟上，小亞細亞的愛奧尼亞地區經過了幾個世紀的開發後，人地關係趨於飽和。再加上連年與呂底亞的戰爭極大破壞了農業生產，戰敗後失去土地也進一步加劇了人地矛盾和社會動盪。所以愛奧尼亞開始對赫勒斯龐特海峽與黑海沿岸殖民，獲得糧食，木材和其他必要的生產物資，並通過對外貿易開闢新財源。但波斯人一方面徵收賦稅，增加了希臘城邦的經濟壓力，一方面征服赫勒斯滂海峽和黑海南岸地區。
希臘人的最大競爭對手——腓尼基人早在岡比西斯進攻埃及時就已經臣服於波斯。所以愛奧尼亞人對黑海的貿易中間商地位被打破，而主動屈服於波斯的腓尼基人在貿易上又享受到了波斯的偏袒，這無疑進一步損害到了希臘人的利益。所以這一地區本身就醞釀着反抗的氣息。
策略制定
愛奧尼亞起義，其實是愛琴文明後裔們進行的一次聯合作戰。愛奧尼亞希臘人聚集在聯盟會議中心——泛伊奧尼昂進行會議，制定起義策略。由於深感力量對比懸殊，城邦代表們使勁解數，儘可能增強自己的力量。
首先爲了儘可能多的發動民衆，起義頭目阿里斯塔哥拉斯主動放棄了米利都僭主的身份，在城邦建立民主制度。他還扣押了其他城邦的親波斯統治者，通過在各邦廢除僭主，推行民主制度的方式調動希臘人的積極性。
在意識到各城邦的實力不足之後，聯盟的參謀，也是米利都的歷史學的赫卡泰歐斯站了出來。他建議聯軍揚長避短，以海軍克敵制勝。如果作戰不利，全民族可以撤到愛琴海島乃至色雷斯地區，延續血脈。但在公元前6世紀，動員起300艘戰艦，在4-10月的航海季節中連續服役需要消耗約1700塔蘭特的財富。所以他建議聯軍搶劫呂底亞國王奉獻給神廟的鉅額財寶。
考慮到兵力和財力都不足，爲了補充聯軍的實力，起義領袖阿里斯塔哥拉斯展開了廣泛的外交攻勢。他一邊聯絡小亞細亞的愛琴文明後裔，包括了塞浦路斯人和卡里亞等民族。至於他本人，則親自前往希臘本土，遊說最強大的希臘城邦雅典和斯巴達拉贊助。但是他在斯巴達和雅典遇到了完全不同的待遇，兩大城邦的反應，與他們後來在希波戰爭中的表現一脈相承。
