愛奧尼亞起義約499-493年導致了波斯戰爭，其中包括電影《斯巴達300勇士》中描述的著名戰役塞莫皮萊戰役，以及一場馬拉松長跑比賽的名字。愛奧尼亞起義本身並不是在真空中發生的，而是在其他緊張局勢之前發生的，尤其是納克索斯的麻煩。愛奧尼亞希臘人起義的原因基於曼維爾:不得不向波斯國王進貢，國王未能理解希臘人對自由的需求。作爲對小亞細亞經濟危機的迴應，阿里斯塔科拉斯希望擺脫因納克索斯遠征而導致的阿塔弗瑞內斯的困境。
希斯蒂約斯希望擺脫在蘇薩溫和的囚禁，納克索斯探險隊中的人物。以希羅多德爲基礎介紹愛奧尼亞起義有關的主要名字是那些參加納克索斯遠征的人:希斯提阿斯，呂薩哥拉的兒子，米利都的暴君公元前515-493。阿里斯塔格拉斯公元前505-496年，莫爾帕哥拉斯之子，雄心勃勃的女婿，希斯泰奧斯的副手。阿塔普赫尼斯，莉迪亞總督，小亞細亞。大流士公元前521-486年，波斯偉大的國王，阿塔普赫尼斯的同父異母兄弟，他是大流士和波斯海軍指揮官的表親。
米利都的阿里斯塔斯托拉斯和納克索斯遠征，納克索傳說中的忒修斯拋棄阿利亞德涅的繁榮的基克拉迪羣還沒有在波斯的控制之下。拿西亞人趕出了幾個財主，他們逃到米利都，要回家去。他們向阿里斯塔科拉斯求助。阿里斯塔古拉斯是米利都的副暴君，米利都是真正的暴君希斯蒂亞約斯的女婿，在波斯國王大流士與斯基提亞人的戰鬥中，米里基諾斯在多瑙河大橋上的忠誠得到了獎賞。於是王請他到撒狄去，大流士將他帶到書珊去。阿里斯塔科拉斯同意援助流亡者，並請求西亞的總督阿塔普赫尼斯幫忙。在得到達瑞斯的許可後，阿塔派赫內斯向阿里斯塔科拉斯派遣了一支由200艘船隻組成的艦隊，由一位名叫邁格貝茨的波斯人指揮。
阿里斯塔戈拉斯和納西安的流亡者與邁格貝茨等人一起啓航，他們假裝前往達達尼爾海峽。在基奧斯，他們停下來等待有利的風。與此同時他巡視了他的船隻。他發現有一個人被忽略了，就命令司令官懲罰他。阿里斯塔科拉斯不僅釋放了指揮官，還提醒邁格貝茨，邁格貝茨只是二把手。由於這種侮辱，他背叛了行動，提前通知了。這給了他們準備的時間，所以他們能夠在米里斯-波斯艦隊的到來和四個月的圍攻中倖存下來。最終，戰敗的波斯人和米利西亞人離開了，流亡的納克索斯人在周圍建造了堡壘。
希羅多德說，阿里斯塔科拉斯害怕波斯因戰敗而報復。他向一個奴隸，阿里斯塔托拉發送了一個祕密消息，關於他頭皮上藏着的叛亂。反抗是阿里斯塔戈拉斯的下一步行動，阿里斯塔科拉斯說服他加入的那些人，讓他們起來反抗。持保留意見的人之一是筆跡學家赫卡泰奧斯，他認爲波斯人過於強大。當赫卡泰厄斯無法說服安理會時，他反對以軍事爲基礎的計劃，轉而敦促海軍採取行動。
在對納克索斯的遠征失敗後，阿里斯塔科拉斯成爲他們革命運動的領袖，愛奧尼亞的城市廢黜了親波斯的希臘傀儡暴君，取而代之的是一個民主政府，並準備進一步反抗波斯人。因爲他們需要軍事幫助，阿里斯塔科拉斯越過愛琴海來到希臘大陸尋求幫助。阿里斯塔古拉斯爲其軍隊向斯巴達請願失敗，但雅典和埃瑞特里亞爲愛奧尼亞羣島提供了更適當的海軍支持，正如歷史學家赫加泰厄斯所敦促的那樣。來自愛奧尼亞和大陸的希臘人一起掠奪和燒燬了莉迪亞首都薩迪斯的大部分地區，但阿塔弗瑞內斯成功地保衛了這座城市的城堡。
希臘軍隊撤退到以弗所，被波斯人擊敗。拜占庭、卡里亞、庫努斯和塞浦路斯大部分地區都加入了愛奧尼亞起義。雖然希臘軍隊偶爾會取得勝利，比如在卡里亞，但波斯人正在取得勝利。阿里斯塔古拉斯把米利都交給畢達哥拉斯，然後去密基諾斯，在那裏被色雷斯人殺死。希斯蒂約斯告訴波斯國王，他將安撫愛奧尼亞，說服大流士讓他離開。希斯蒂約斯離開蘇薩，來到撒狄，試圖重新進入米利都，但沒有成功。在萊德的一場主要海戰導致了波斯人的勝利和伊奧尼亞人的失敗。米利都下降。他是被阿里斯塔格拉斯抓獲並處死的，他可能是嫉妒他與大流士的親密關係。
