在所有新教派別中，英國國教和羅馬天主教最相像，它和天主教最大的區別在於首腦不同:羅馬天主教以教皇爲普天下所有基督徒的唯一首腦，而安立甘派則把英國國王奉爲首腦，誰繼承英國王位，誰就擔任教會首腦，直到今天仍然如此。
其他方面的差別，包括儀式、理論、教義、組織機構等差別都不大;當然，天主教教堂裝潢華麗，宗教儀式也更加豪華，國教教堂就平實得多，儀式也比較簡單。這樣，新教派別就很多了:路德派、茨溫利派、浸禮會派、加爾文派、安立甘派，等等。這些教派在教義、禮儀、宗教理論諸方面都有不少差別，但都有一個共同點，就是不承認教皇的權威，不承認羅馬教廷。這使新教在那個時候具有思想解放的性質—一旦人們否認羅馬教廷的精神權威，認爲每一個人都有能力和上帝直接溝通，那麼每一個人就都可以通過閱讀聖經而對宗教做出自己的解釋。這樣，基督教仍然存在，對上帝的信念仍然存在，但自由的思考已經形成了，一百個人讀聖經可以產生一百種理解。
就好比我給同學們佈置作業，讓你們讀一本書，然後寫讀書筆記，除非你們互相抄襲，或者到網上下載，否則你們一百個人寫來的作業應該是一百個樣子，有一百種不同的感想。不要以爲不相信宗教才能解放思想，其實在宗教的框架內也可以解放思想。這樣，大家就能體會到宗教改革的巨大意義。不過，並不是天主教纔對人們的思想造成束縛，新教可以同樣固執，同樣造成思想束縛。新教各派也迫害信仰不同的人，和天主教對新教的迫害沒有兩樣。在那個宗教極端的時代，誰都把自己看作“上帝的選民”，是真理的擁有者，爲了信仰，爲了“真理”，爲了“上帝的事業”，人們互相爭鬥，彼此打得死去活來。那個時代是宗教戰爭的時代，馬丁·路德以後，西歐在差不多一個世紀裏深陷在宗教戰爭中，不僅德意志如此，整個西歐都是這樣，都在打仗，甚至中歐也在打，而戰爭的理由就是信仰不同。
一直要打到大家都意識到靠戰爭解決不了問題，誰也不能消滅誰，上帝其實沒有站在任何人一邊—直到那時，宗教戰爭才停止了，每一個教派都開始承認其他教派存在的權利。而其他教派也承認這個教派存在的權利，到那個時候，宗教紛爭才平息下去，人們學會了相互容忍。於是，在1648年，戰爭各方簽訂威斯特伐利亞和約，各個教派都取得了存在的權利。但是，因信仰或意識形態不同而大打出手的現象並沒有停止，直至現在，西方仍然以意識形態或政治制度爲理由發動戰爭，並且把它說成是“解放”別人。不同的是，16、17世紀的宗教戰爭中，信仰的因素可能更強烈一些，人們有更加虔誠的信仰;而現在，意識形態被用作發動戰爭的藉口，這些藉口連發動戰爭的人都不相信。
我們看看現在中東的情況就可以知道是怎麼回事。受到新教衝擊，天主教岌岌可危，面對強大的衝擊波，天主教幾乎要崩潰。這時，天主教開始進行自我更新，這叫“反宗教改革”。“反”在這裏，功不是“反面”的“反”“反動”的“反”，而是“反過來”“相反方向”的“反”。中國人常常把“反宗教改革”理解爲“反對宗教改革”或抗拒宗教改革，這種理解並不對;“反宗教改革”的意思是反過來進行的宗教改革，那麼，什麼是反過來進行的宗教改革?馬丁·路德的目標是摧毀現有體制，重建一個教會組織，路德教會由此產生。原有的教會就進行抵抗，抵抗的方式是它也改革，不過改革的目標是維護原有的體制和結構讓現存教會延續下去，這就是“反宗教改革”。
所以反宗教改革也是改革只不過它的目標是維護現有體制、不讓路德的改革將其摧毀。馬丁·路德的出發點本來很單純，他討厭教會腐敗，因而反對教會腐敗;但反着反着就觸及天主教的根了，最後變成“挖根運動”，要挖掉天主教的根，摧毀羅馬教會。漸漸地，羅馬教廷也看出了問題所在，問題就出在腐敗上。所以，爲了保護天主教會，最好的辦法就是反腐敗，自己反腐敗，根治腐敗把腐敗清除了，地位也就鞏固了一—當時的教廷就採取了這種對策。一連有好幾個教皇都決心根治腐敗，而且確實做得不錯，這很不容易，因爲自我革新非常艱難。
羅馬教會中連着出現了幾個廉潔的教皇，他們兢兢業業決心很大，把腐敗的官員撤職了，任用有能力、有奉獻精神的人擔任高級職務，再由他們去撤換一層一層的腐敗分子，最終把局面扭轉過來，至少把非常嚴重的腐敗現象克服了。這樣，天主教會就重新站住腳，再一次取得信徒的信任;如果不出現這樣的“反宗教改革”，天主教會可能早就崩潰了，早就沒有了。在這個過程中出現了一個新的團體耶穌會”，它很有名。最早到中國來傳播基督教的就都是耶穌會士，例如利瑪竇、湯若望等。這些人很有奉獻精神，帶着一種宗教的狂熱追求自己的理想。他們不是無能之輩，他們有知識，掌握着由文藝復興薰陶而來的西方科學技術，並且有很高的人文素養。
這樣一批人集結起來，組成一個新的傳教團體叫耶穌會，並且得到教皇的認可。新團體的發起者叫依納爵·羅耀拉，他原本從軍，後來受傷退伍，組建這個團體後，就以軍隊的組織方式進行管理，最高的領導叫“將軍”，就是他自己;在他之下，每一個層級都有一位指揮官，按軍隊等級稱作“旅長”“團長”“連長”等，實行嚴格的軍事化管理。入會時要宣誓無條件服從，要完成組織交給的任務。耶穌會在後來被很多人否定，有些人甚至將它描述爲恐怖組織，專幹殺人越貨的勾當。在歷史上，確實有耶穌會士運用暗殺手段清除異己，但另一方面，耶穌會又不乏像利瑪竇、湯若望那樣的人。耶穌會對恢復羅馬天主教的地位與影響發揮了很大作用，它是“反宗教改革”中的一支重要力量。
此外還要向大家介紹特蘭託宗教會議。從1545年開始幾乎每年都要舉行一次，在這些會議上，教會高層對天主教中有爭議的理論、教義、禮拜儀式和基本原則等進行審查，最後得出的結論是:應該維護過去的傳統，不對天主教做根本性的改動。反宗教改革也是成功的，在清除教會流弊方面，它最終與宗教改革殊途同歸。並且，兩種改革最終都和民族國家聯繫起來了:新教國家把新教作爲民族的共同信仰，鞏固了新生的民族國家;而天主教國家也把本國教會改造成國家的教會，用國家主權壓倒了教會的權威。經過宗教改革和反宗教改革，一個普世的、全歐洲的羅馬教會其實已經不存在了，所有的教會都變成了國家的教會，成了民族國家的精神機構，這是宗教改革和反宗教改革完成時最終出現的情況。
宗教改革造成基督教的第二次大分裂。第一次分裂發生在羅馬帝國晚期，東西教會分裂，形成後來的東正教和天主教，分別存在於東歐和西歐。第二次分裂也有地理上的分界線:新教，不管屬於哪一派，基本上分佈在西歐北部和中部，如英國、北歐、德意志北方和低地國家;舊教即天主教基本上流行於西歐南部，包括法國、西班牙、意大利和德意志南方區域。這種情況一直到今天仍然差不多如此。
