在16世紀，當西歐向海外的美洲、亞洲、非洲擴張的時候，歐洲的基督教會發生了顯著的分裂。許許多多的基督徒，主要在北歐，起來反抗教皇的權威。他們放棄了天主教會的一些教義，在不同的信條和新名稱下組織起來。這些新團體被稱爲新教徒，促使他們興起的教會分裂則常常被稱爲宗教改革。一個更形象而確切的名稱是新教起義。
教會的這一分裂發生在16世紀，但它是中世紀以來即顯示出的對教會不滿的結果，這種不滿在14、15世紀時已經常常表示出來了。從很早以來，基督徒中就有了不同的意見，例如對教義和教會組織的分歧。正如我們已指出的，到處都時常產生異端和分裂最早的異端，如阿里烏派，雖曾盛極一時，但最後都消逝了。其他各種不同的信仰則在亞美尼亞、美索不達米亞、埃及和阿比西尼亞形成了諸國分立的教會。更嚴重的是11世紀東方和西方之間的分裂使用希臘語的基督徒和使用拉丁語的基督徒分裂成兩大團體，即東方的“正教”教會和西方的“天主教”教會;雖然，正像我們所記得的，兩者都自稱是普遍的、正統的。後來，東方正教徒拒絕承認羅馬主教，即教皇的權威;而西方的基督徒一般都承認他的權威。
在西歐，對教會的批評和對教會權威的反抗是在不同情況下發生的。其一就是政治上的對抗。國王及文職官員們對教會的政治權力和影響感到憤恨，並加以抵制。我們已經看到，中世紀時神聖羅馬皇帝如何反對教皇，也看到英國、法國和西班牙的國王如何獲得了對教會財產徵稅、任命教會人員限制教會法庭權力和違抗教皇法令的權利。14、15世紀時教皇和國王之間的衝突並不是什麼新事，但僅有這一衝突還不足以引起教會的分裂。
另一種對抗來自對宗教教義的不同意見。例如，12世紀法國南部的阿爾比派攻擊教會的聖餐禮和聖職，13世紀它被一次十字軍所鎮壓。在14世紀，英國教士兼牛津大學教授約翰·威克利夫(1320—1384年，提出了堅決的論點，反對天主教的許多教義和做法。他宣稱教皇並不是基督在塵世的代表，而是一個“反基督者”;修道制度並不是基督教義的真實部分;由邪惡的教士所施行的聖禮是無效的;基督徒個人應當完全遵從他自己在聖經中讀到的教訓，而且教會應當從屬於國家。
雖然受到教皇的譴責，威克利夫在英國的鄉紳政客和貧苦人民中得到了很多追隨者;而且在他死後，他的著作被一個教土兼布拉格大學教授約翰·胡斯所贊同，並在波希米亞廣爲傳播。15世紀初期，稱爲羅拉德派的威克利夫的英國門徒們和捷克胡斯派的人數都在增長。正像國王和諸侯曾積極地和教會當局聯合起來鎮壓阿爾比派一樣，現在他們也想方設法遏止羅拉德派和胡斯派。英王亨利四世和亨利五世用罰款、監禁和火刑來設法制止羅拉德派運動在國內的傳播。神聖羅馬皇帝西吉斯蒙德急欲在捷克消除這一運動，引誘約翰·胡斯參加在瑞士康斯坦茨召開的全體宗教會議。在那裏，他不顧自己曾莊嚴地保證過胡斯的人身安全，而執行了會議的法令，於1415年將胡斯處以火刑。胡斯被處火刑後，很快在捷克引起了民衆暴動，這是一個半宗教半愛國的暴動。德意志天主教徒向捷克胡斯派開戰了，胡斯派內部也立即分裂成支派，彼此混戰。胡斯派戰爭延續了幾年;以後教皇做了些民族方面的讓步，天主教教會在大部分地區得以恢復。但是胡斯派的一個支派摩拉維亞兄弟派，卻一直存留至今。
14、15世紀時對天主教教會的第三個也是最普通的一種對抗，是對教士們的一些做法和所謂教會“腐敗”的批評。人們說一些教士的生活是無恥的，不道德的;正如我們所看到的，財政上的負擔有變爲財政上的流弊的趨向。人們聲稱許多主教力圖擁有豐富的世俗財物，羅馬教廷從德國、英國和法國“好基督徒”的口袋裏榨取了大量金錢，讓那些意大利的“壞基督徒”在世俗的享樂上任意揮霍。伊拉斯謨在他的名著《愚人頌》中明白而又詼諧地列舉了一些人們抱怨的事情。他覺得他那時代的基督教缺少了它早期的巨大精神力量，因而爲了改革教會必須給普通人民以較好的教育，使他們能夠監督修士和神學家們，並掃除教會中的無恥弊端。
由於教會內存在着嚴重的弊端，起了改革的普遍要求。在14、15世紀時看來，這種要求會得到注意，弊端會得到改正。不僅許多普通信徒，有些教皇、許多紅衣主教、主教、教士和修士們也都渴望改革，並且真誠地爲此而努力。同時教會的精神使命也沒有全部被忽視。15世紀修士肯皮斯的托馬斯所寫的《效法基督》是僅次於聖經的最著名且流傳最廣的關於基督教虔信的書。它表明宗教的基本原則還是被廣泛傳授和高度尊重的。
教會的改革在16世紀實際上實現了但那時要阻止分裂已經太晚了。那時政治、經濟和愛國心上對教會的對抗，連同對教會一些宗教教義的不滿，已融合成王侯與人民的公開反抗。專制政體的興起增強了國王和諸侯們要在政治上，同時也在宗教上，成爲專制君主的野心，並且要在各自的國內支配教會，就像他們支配貴族、議會和市鎮一樣。貴族和商人們日益增長的渴求財富的野心，在他們中引起了一種侵佔教會財產、減少對教會納稅和停止教會經濟專斷的慾望。
民族感情和民族愛國心的發展，極大地促進了把英、德、法或其他地方的教會從“外國”統治下解放出來的要求，以及把天主教教會改變爲各國家教會鬆散聯盟的鼓動。對16世紀的這種種趨勢，教皇和很多個別基督徒表示了堅決的敵視。他們不願意把天主教會“國家化”，不同意丟失教會的土地和收入，或把教會置於專制君主的完全控制之下。16世紀基督教的改革者分成了兩個陣營:一派仍然留在天主教教會內，擁護其組織和教義，同時努力補救弊端;另一派則與教會脫離，放棄一些教義建立新組織“改革的”教會。這些新組織被稱爲新教教會——它們是抗議那些被人們埋怨的事情的教會。這樣長期以來作爲中西歐特徵的宗教統一被摧毀了這一分裂就是新教起義。
