朱棣經過三年的“靖難之役”，終於推翻了侄子建文帝朱允炆，登上了皇帝寶座，是爲明成祖。朱棣是以武力算權奪位的，名不正言不順。爲了現固皇位，穩定動盪危機的政治局勢，他對建文時的舊臣，那些不肯順從他的人，展開了血腥鎮壓。進京伊始，他便下令將早已擬就的“奸臣名單”計五十餘人，列到榜上，張貼於朝堂，分列數等，懸賞捉拿。這些人被拿獲後，無一倖免。首當其衝的是倡議削藩的齊秦、黃子澄。朱棣親自審訊，二人抗辯不屈，被滅門殺掉。後來，凡是跟這五十人沾親帶故的，統統清洗，而且順藤摸瓜，株連左鄰右舍，甚至所住村莊都趕盡殺絕。
這次大清洗，史書稱之爲“瓜蔓抄”，先後被殺的人達數萬之多。建文時的輔佐大臣，著名的文學博士方孝儒之死，最爲悲壯。方孝儒爲官正直，知名度很高。朝野上下很有威望。本已被朱棣逮入獄中，後來朱棣籌備登基時，朝臣麼推方孝儒爲即位詔書起草人，纔將他從獄中放出，受命草詔。然而方孝儒竟穿一身孝服，直奔殿廷，伏地大哭不止。朱棣離座走到他面前，安慰他說：“先生不要自苦了，我是學習周公輔助成王的。”方孝儒問：“如今成王在什麼地方?”
朱棣答道：“他已自焚而死。”方孝儒又問：“那爲什麼不立成王之子呢?”朱棣說：“國家需要一個年長的君主。”方孝儒又追間道：“爲何不立成王之弟呢?”朱棣被問得啞口無言，對答不上，只好說：“這是我們朱家的事，先生不必多言。”接着讓人拿過筆札來，說：“詔天下，非先生不可。”方孝儒把筆筆扔在一旁，邊哭邊罵：“要殺便殺，詔書絕不可草!”朱棣惱惱羞成怒說：“想死嗎?偏不讓你馬上就死，難道你不怕誅滅九族族嗎?”方孝儒大義凜然，慷慨回答：“即使誅滅十族，你也對我我無可奈何!”
說完拿起筆來寫了四個大字：燕賊篡位。朱棣登基前爲燕王，“燕賊”當然是罵他了。朱棣狂叫一聲，令左右用刀剜方孝儒的嘴，直至耳旁，頓時血肉翻飛，慘不忍賭。朱棣還不解恨，遂把方孝儒的親族、朋友、門生作爲十族，都抓來，讓方孝儒看過，但方孝儒始終不肯低頭，剛烈到底。朱棣無奈，遂將其牽出聚寶門外，處以極刑。方孝儒的妻子鄭氏及兩個兒子都自縊而死。兩個不滿十五歲的女兒在被抓途中也投河自殺。他的宗族親友及門下連坐被誅誅殺者，共八百七十三人。被髮配充軍折而死的更是無從計數了。
兵部尚書鐵鉉死得最慘。鐵鉉在“靖難之役”中，堅守濟南，幾乎把朱棣用鐵板砸死。朱棣敗在鐵鉉手下，自然恨之入骨，但又很欣賞他的智勇雙全，想要留用他。可鐵鉉被押到殿上之後，竟直立不跪，用脊背朝着朱棣，堅決不肯回頭，嘴裏還罵個不休。朱棣命人將鐵鉉的耳鼻割下，燒熟後送入鐵鉉口中，問：“嚐嚐這肉味香嗎?”鐵鉉立刻回答：“忠臣孝子的肉有什麼不香?”朱棣聽出此話又是影射他的，極爲憤怒，遂命人將他寸磔了，還放在油鍋裏烹炸，頃刻間化成焦炭，焦臭味瀰漫殿廷久久不能散去。左僉都御史景靖則被剝皮致死。景靖豪放大度，素有賢名。
朱棣爲了拉攏他，令他繼續擔任舊職。景靖並不推遲，仍在朝中幹事，有人說他偷生怕死，他也毫不介意。兩個月後，他偷偷帶了一把ヒ首去刺殺朱棣，結果行刺未遂，反被抓獲。朱棣氣得令人將他活活剝皮，血肉模糊，懸於長安門示衆。事後，景靖全家被殺，株連親友鄰舍，甚至第連他家住的村子都遭到了屠戮。
