鄭成功收復臺灣就是爲了建立一個反清復明的基地。他去世後，鄭氏發生內亂，統治者內部逐漸腐敗。清廷曾多次招撫不成，康熙帝決定以武力攻臺。
鄭成功去世後，其長子鄭經繼位。鄭經曾出兵大陸，支持“三藩”之亂。“三藩”失敗後，鄭軍損失慘重，被迫退居臺灣。從此，鄭經以長子鄭克臧爲監國，不理朝政。1681年正月，鄭經去世，鄭氏內部爲爭權，更加腐化。二月，鄭克臧被殺，鄭經年僅12歲的次子鄭克塽被擁立主持政事。大權實際上落入馮錫範手中。
1683年五月，康熙帝命降將施琅率軍攻臺。六月十四日晨，施琅從銅山港率領2萬水軍乘坐300多艘戰船出發，攻打澎湖。十五日晚上，清軍停泊在鄭軍沒有設防的八罩島和貓嶼、花嶼。駐守海島的鄭軍將領劉國軒得知後，緊急部署兵力駐守島上要地，並佈置海防，並命令各水師將領駕駛戰船駐守各要口，準備迎戰。他認爲風暴將至，所以按兵不動。
十六日早晨，清軍與鄭軍於澎湖海面交戰，清軍擊沉鄭軍數艘戰船。施琅親自督戰，率艦隊衝入敵軍，興化鎮吳英配合作戰前後夾擊。因爲天色將晚，雙方休戰。清軍在西嶼頭洋中錨泊。經過幾天的休整準備清軍於二十二日發動總攻。施琅兵分三路進攻。劉國軒督船迎戰。兩軍激戰，鄭軍慘敗，海上到處是浮屍。劉國軒率領餘下的戰船逃往臺灣。澎湖島上的守軍投降清軍。
攻佔澎湖島的勝利，爲清軍攻打臺灣創造了打下了基礎。在殲滅鄭軍澎湖主力後，施琅立即慰問島上居民，安撫投降的鄭軍士兵。他下令優待鄭軍將領，投降士兵也給以錢糧，負傷者加以醫治。
之後，施琅以澎湖爲基礎，整頓軍隊、休整船隻，準備在八月或十月，北風到來時攻打臺灣。臺灣得知鄭軍在澎湖遭到慘敗後，人心惶惶，毫無鬥志。此後，清廷也加緊了對臺灣的招撫。施琅派使者以高官厚祿遊說劉國軒。於是，劉國軒極力主張降清，並派兵監視鄭氏子孫。鄭克填不得已上表清廷請降。八月十一日，施琅派人駐守澎湖島，自己率領戰船開赴臺灣。十三日，清軍抵達臺灣鹿耳門港。十五日，清軍接受鄭氏請降。二十三日，施琅率領吳英、劉國軒等人巡視臺灣南北兩路。之後，清軍班師。1684年，清政府將臺灣納入版圖，始置臺灣府，下設諸羅、臺灣、鳳山3縣，並派兵駐守設防。自此，臺灣成爲福建省下屬的一個府。1885年九月，始分立爲臺灣省。
駐守澎湖島的鄭軍將領得知清軍來攻如何部署兵力?
清軍在鄭軍沒有設防八罩島和貓嶼、花嶼駐泊。海上巡視的鄭軍哨船發現後，報告鄭軍守將劉國軒。劉國軒得知後，緊急下令鎮守在獅嶼頭、風櫃尾、雞籠山、四角山、內塹、外塹、東峙、牛心灣等要地的將領，將大炮運至海岸，以防止清軍停泊，命各水師將領駕駛戰船，環泊於各要口，準備迎戰。宣毅左鎮建議趁清軍遠來疲憊，立足未穩之機主動迎擊。劉國軒沒有采納他的建議，認爲炮城嚴密，清軍船隻無處停泊，直等到風暴臨至，清軍不戰而退。當晚，清軍戰船停泊在八罩以西的水墳澳。邱輝又提出主動迎擊，劉國軒仍堅信不久大風將至而按兵不動。
第一次激戰之後，鄭軍和清軍又如何部署?
天色已晚，清水師收兵，停泊在西嶼頭洋中。邱輝又建議趁夜襲擊清軍，劉國軒將希望寄託在颱風，錯失戰機。
清軍水軍將領施琅率戰船停泊在八罩水墳澳休整。他首先重申軍令，對官兵論功行賞，鼓舞將士士氣。之後，他親自勘察地形，爲麻痹敵軍，遣使招降，爲總攻贏得時間。
此次戰鬥中，雙方兵力相當，鄭軍在澎湖島上經營多年，設防堅守，以逸待勞。清軍遠來疲憊，處於劣勢。結果鄭軍卻一敗塗地，全軍覆沒。這與鄭軍統帥指揮失當有很大關係。
