鄭成功領有臺灣之後，建立了臺灣第一個漢人政權，也帶來一波漢人移民潮。鄭成功雖然在攻下臺灣的同一年逝世，但繼位的鄭經與鄭克塽持續統治臺灣21年，並在陳永華的規劃之下，引進中國明制的宮室、廟宇和各種典章制度，奠定了臺灣在日後成爲一個以漢民族文化爲主的社會，而不僅僅是另一個海外華埠。因此有學者形容此役“決定臺灣爾後四百年命運”。
在荷蘭東印度公司方面，失去大員這個據點之後，“東南亞—大員(對中國轉口)—長崎(日本)”的商路中斷，對中國貿易量也急遽減少，損失甚大。荷蘭東印度公司數度企圖恢復這條航路，因而與清廷聯手攻打鄭氏。
1663年清荷聯軍攻打金門和廈門，此時鄭成功已死，鄭軍領袖爲鄭經。雙方在金門烏沙港交戰，鄭軍落敗，先撤往銅山，不久之後全軍轉往臺灣，完全失去在大陸的根據地。但此役之後清廷僅贈送銀兩與禮物給東印度公司，並未派兵協助攻打臺灣。
1664年8月，東印度公司佔領雞籠。同年11月，荷蘭艦隊與清靖海將軍施琅率領的水師組成聯軍，準備攻打臺灣，但一出海面便遭遇大風浪被迫折回。此後清廷對攻臺轉趨消極，東印度公司也因爲連年軍事行動造成財政困難，雙方皆不再對臺灣採取軍事行動。此外，由於清廷厲行海禁，東印度公司在基隆的據點幾乎無利可圖，維持費用卻十分龐大，因此於1668年7月自行放棄撤出。
至於大員長官揆一則因爲投降而受到審判，被軟禁於班達(Banda)羣島，直到1674年家人以25000荷盾將他贖回。1675年他出版《被遺誤的福爾摩沙》一書爲自己辯護。
東印度公司離臺
1662年2月1日(永曆十五年十二月十三日)，揆一在投降協議書上簽字。
條約重點爲：
雙方停止一切敵對行動，並忘記仇恨。荷方將城堡、大炮、軍用物資、商品和現金交給國姓爺。荷蘭人可攜帶一切返回巴達維亞必須使用的食物、工具等物品。荷蘭士兵得以揚旗、鳴炮、荷槍、擊鼓、列隊上船。國姓爺應釋放所有荷蘭俘虜。東印度公司應釋放所有中國人俘虜。2月9日(永曆十五年十二月二十一日)，2000名荷蘭人登上8艘荷蘭船艦，等候出航。《熱蘭遮城日誌》記錄至這一天爲止。
1662年2月17日，揆一率領盧斯杜南號、唐堡號、安克文號、梅頓號、泰伯特號、納爾登號、白鷺號和羅南號啓程，結束了荷蘭在臺灣38年的統治。
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