曹操殺華佗，似乎自斷後路，所以後人多有疑者。《三國演義》的作者，是反曹派的大將，他寫到曹操的兒子及本人生病，悔殺華佗時，自得之色，紙不能掩。
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不過我們曉得，《三國演義》裏的許多故事都是杜撰的，比方關羽刮骨療毒，這個事是有的，但不是華佗所爲。
曹操對人，是寬容還是嚴苛?難以定論。有些人，胡作非爲好屢次，他也容忍，有些人，他卻因小故殺之。大約曹操以智術自雄，最不願受人欺。
他有慢性的頭痛病，華佗對他的病，可能說過一點大話，所以曹操覺得，華佗其實能治好他的病，卻不肯給他去根，欲以自重。曹操心生恨意，寧可頭痛，也不願爲“小人”要挾，便把華佗殺了。
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慢性頭痛病，在今天來說，病因把戲百出，有說得清的，有說不清的，治癒很難。但曹操會想，他既然這麼了得，什麼稀奇乖僻的病都能看好，怎樣會看不好我的頭痛病?一定是有意欺我。
華佗是士人出身，後以醫術立身，那在當時是賤業，他的心裏，是不高興的。他的脾氣壞，不會取悅於人，在都中住了些年，便生歸意。他找了個託辭，回到家裏，曹操召了他幾次，他也不出來，說妻子生病了，無法就道。
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曹操派人前去看驗，若華佗的妻子果真生病，便賜小豆四十斛，若是假病，就抓到獄裏。不知是他的妻子果真沒有生病，或使者傾害，華佗被捉到許昌拷問，一代名醫，就這麼死在獄中。
