嘉慶十四年，特供京城的漕糧同樣出現了摻假、用藥、盜賣及索賄等腐敗問題。嘉慶震怒，將通州倉儲負責人處斬，對於接受賄賂、敲詐的胥吏全部絞死。問責過往三年的的全部官吏，去世的也不放過。必須進行賠償，變賣家產也要賠，去世的兒孫也要賠。
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嘉慶十四年(1809年)五月，清軍某兵營食堂一片嘈雜。衆多士兵在就餐時，發現米飯外表雖白，但大米的內部已經發黴變黑。有些士兵爲了泄憤，甚至還打砸了食堂。幾乎與此同時，京城部分王府與衙門也發現了衆多問題米。食品安全發生危機，後果很嚴重，彙總後火速上報給嘉慶。
看罷奏摺，嘉慶吃飯都感覺味道不對了。本來漕糧也是一種特供，都是江南地區供應的優質大米，怎會出現如此嚴重問題。
他立即責令戶部對漕糧的運輸與倉儲部門進行徹查。大臣侍衛帶清兵迅速查封了通州多個倉儲糧庫，並當場將倉場侍郎、倉場監督等負責人控制住。不查不知道，一查嚇一跳，漕糧虧空嚴重，各倉庫賬目根本對不上。西倉、中倉共78廒間，僅抽查了18廒間，便發現虧空9600餘石。換算成今天的單位，約合600噸。不僅如此，檢查人員打開糧倉，驚訝地發現，到處是以次充好的大米，好米中大量摻雜着劣質米，甚至還有石灰、沙礫摻入其中。
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還有更奇特的，一些米袋包裝正常，打開觀察米的顏色也正常，也沒有任何摻假，但碾碎後發現，米的內部已經變質。嘉慶當時就震驚了，再次派出左都御史周興岱等八人，每五天一班，分班清查，每五天一上報。黑幕徐徐揭開，原來瘋狂摻假的原因是好米被盜賣牟利。好好一船大米，在中途遭遇多次盜賣，地方官吏、漕運官吏與船主串通一氣，盜出好米後，再將相同重量的石灰、沙礫充兌到米中。在天津西沽一帶竟然還有專門用“漲米藥”給大米發漲的。用了這種神奇的藥後，大米會發漲變大，同樣能把米袋撐得鼓鼓的。
如此大規模作假必定是多個部門串通舞弊，集體腐敗。檢查人員首先將通州倉庫的相關負責人侍郎、郎中、主事、書辦與各胥吏攢典、倉出、番役、庫丁、花戶、爐頭等全部逮捕，後順藤摸瓜，將天津售賣“漲米藥”的楊秉濂與多位作假船主一併抓獲。
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案件審判很順利，衆多漕糧“碩鼠”不僅集體參與弄虛作假、貪贓分肥，還公然敲詐勒索。在漕糧驗收、入庫環節，船主不行賄就無法過關，即使全部是好米也難以通過。給了賄賂，即使摻假的劣質米也能順利簽收。最後，將通州倉儲主要負責人及相關辦事人員處斬，對於接受賄賂、敲詐勒索的胥吏也全部絞死。同時，問責過往三年的的全部官吏，即使去世的也不放過。凡是負有管理責任的官員，必須進行賠償，變賣家產也要賠，去世的兒孫也要賠。
