約翰·拉貝1882年11月23日出生在德國漢堡。父親是船長。早年喪父。初中畢業後，曾在一家出口商行當夥計，後前往非洲東南部的葡萄牙殖民地莫桑比克的一家享有盛名的英國公司工作數年。
1908年，受西門子中國公司之聘，開始在中國瀋陽、北京、天津、上海、南京等地經商。
1931年，拉貝任德國納粹黨南京分部副部長，開始書寫《拉貝日記》。
1937年11月，侵華日軍開始襲擊南京時，他在南京的住所(同時也是辦公地)南京市廣州路小粉橋1號，作爲南京安全區收容難民的25個國際安全區之一，保護了600多位難民。作爲南京國際安全區主席的拉貝和其他國際友人一同，協同南京安全區國際委員會在其負責的不足4平方公里安全區內，拯救了超過25萬中國人的生命。
1937年日軍向南京進攻前夕，他從北戴河趕回南京，被一些外國人推爲南京安全區主席。安全區內設有25個難民收容所，聚集了近30萬難民。其中“西門子”難民收容所爲拉貝租住的院子。“西門子”難民收容所收留了600多個附近的居民，12月13日，日軍攻戰南京，進行了令人髮指的血腥屠殺。金陵古城陷入黑色的恐怖大海。拉貝利用自己的納粹身份，在自己的住宅收容了600多名中國難民，在他負責的不足4平方公里的安全區內，他和他領導的十多位外國人，與日軍鬥智鬥勇，與日本領事館反覆交涉、抗議，阻止日軍的恣意侵犯和屠殺。不僅拯救了25萬中國人的生命，而且捍衛了人類的真理和尊嚴。他在他租住的小粉橋1號院子內，寫下了著名的《拉貝日記》，記錄了日軍暴行的500多個慘案;他帶領他的委員們尋求國際援助，募集資金，購買糧食和藥品，特別是歷盡艱辛，從上海搞來了能預防腳氣漫延的蠶豆。難民們對他頂禮膜拜，稱他爲活菩薩。爲表達對拉貝的敬意，麥卡勒姆牧師專門譜寫了一首《南京難民合唱曲》，歌詞幽默中隱匿着辛酸：我們要蠶豆做早飯，我們要蠶豆做午飯……開始，難民們都不知道他是拉貝，都稱他愛得培先生，他儘自己的所有能力保護了25萬難民，供他們吃喝住。他對婦女兒童非常關愛，對敵人卻相反。 一次，難民區圍牆翻進一個身配刺刀的日本兵，難民們大驚，急忙呼喊拉貝，拉貝急忙趕來，對日本兵大加斥責，日本兵連連認錯，準備從大門出去，拉貝命令他重新翻圍牆出去。難民們得到他的關懷，還經常得到食物 ;孩子們常常得到禮品。
1938年的新年，難民收容所的難民們在約翰·拉貝宅邸的院子裏排隊向拉貝三鞠躬，獻給他一塊寫着“您是幾十萬人的活菩薩”的大紅綢布。同年2月拉貝離開南京，南京安全區國際委員會對拉貝給予了高度評價，中國國民政府授予拉貝三色彩玉勳章。
1938年回到德國，6月8日寫信給希特勒，提交關於南京大屠殺的報告，但報告當時沒有公開(一般認爲，由於德日爲盟國，故德國當局禁止他發表在南京的所見所聞)。之後，他甚至一度被蓋世太保逮捕。
1945年第二次世界大戰結束後，拉貝因曾是納粹黨員而先後被蘇聯和英國逮捕。
1946年六月最後法庭判定，雖然他曾經加入過納粹，但鑑於他在中國的人道主義工作，被判無罪釋放。他終於洗脫了納粹罪名。
可這遲來的勝利帶來的是他的一貧如洗。拉貝全家在戰後德國極端困難的社會裏艱難度日，飢寒交迫。爲了生存，拉貝不得不賣掉自己真愛的中國藝術品。生活的極端艱也嚴重損害了他的健康。在日記中他說：在南京，對成千上萬的中國人來說我是活菩薩，而在德國我卻成了一個”賤民“，一個被社會拋棄的人。
1948年，拉貝艱難的處境傳到了南京。
南京市政府向市民宣佈，拉貝先生生活困苦，需要幫助。幾天之內，南京市民爲拉貝捐贈了2000美元——這在當時可是一筆鉅款。同年3月，南京市長攜款抵達瑞士，買了大量的食品和營養品寄給拉貝。
以後每個月，南京市民都會爲拉貝寄去一包食物，一直到解放軍佔領南京。國民政府甚至表示，如果拉貝先生願意到中國居住，中國會爲拉貝先生提供無償住房和終身的養老金。
拉貝一家因爲南京市民的饋贈，生活得以好轉。拉貝給南京市民寫了數封感謝信。這些信件至今保存在檔案館中。
1950年，拉貝死於中風。在去世前，拉貝系統整理了關於南京暴行的多達2000頁的珍貴的資料。毫無疑問，他認識到了這些資料的價值。他想讓它們留存下來，公之於世。
最後向拉貝先生致敬。
