第三次荷印戰爭發生在1948年12月至1949年11月，是印尼再次反對荷蘭進攻的戰爭。
1948年印尼發生內亂，爪哇的局勢一片混亂，迫害共產黨人的“萊莉芬事件”就發生在這年的9月。在這次事件中“據估計至少有8000人”死亡。在以後的逮捕中，“約有35000人被抓進監獄”。印尼的內亂爲荷蘭提供了“粉碎共和國”的機會。
1948年12月18日荷蘭發動了第二次“警察行動”，印尼共和國的首都日惹被佔領，蘇加諾、哈達等印尼領導人被荷軍俘虜，印尼共和國所轄國土和人口大爲縮小。印尼軍隊再次退入山區，堅持游擊戰爭，並在全國建立了遊擊行政區。
1949年1月，美國開始向印尼滲透，並向荷蘭施加壓力。1月28日，聯合國安理會通過了美國關於要求荷印雙方停火，荷蘭釋放印尼領導人並“移交主權”的提案。1949年11月，荷蘭與印尼在海牙籤訂《荷蘭—印尼協定》，規定由印尼和15個聯邦組成印度尼西亞聯邦共和國，並在此基礎上與荷蘭王國組成荷蘭印度尼西亞聯邦;由荷蘭女王爲聯邦國王，一切外交和財政貿易全由荷蘭控制;印尼政府無權與其它國締結貿易協定與條約並要償還對荷蘭及其它國家的43億盾債務;荷蘭軍事代表團和荷蘭官員仍留駐印度尼西亞。據此協定荷蘭把除西伊裏安以外的全部領土主權移交給印尼聯邦共和國。12月19日，印尼聯邦正式成立。27日，在荷、印兩國首都阿姆斯特丹和雅加達舉行移交主權儀式，荷蘭在印度尼西亞340多年的殖民統治宣告結束，荷屬東印度當局被撤銷，印尼聯邦參加荷印聯邦。
1954年8月，荷蘭--印度尼西亞聯邦被取消，荷蘭軍事代表團和荷蘭官員全部撤離印尼。
1956年4月，蘇加諾在蘇聯、中國等國的支持下，宣佈廢除《荷蘭—印尼協定》，印度尼西亞成爲一個完全自主的主權獨立國家。
1957年12月8日，印度尼西亞總理兼國防部長朱安達以最高軍權執掌者的身分宣佈，印度尼西亞國內的所有荷蘭種植園以及種植園附屬的工廠和農業試驗站等一律由印度尼西亞政府實行管制。陸軍參謀長納蘇蒂安和財政部長斯拉梅特在9日發表聯合聲明，宣佈對小公銀行、安達銀行和亦土公銀行這三家荷蘭銀行的雅加達總行和在其他地方的分行實行軍事管制。此外，在東爪哇、西爪哇、北蘇門答臘和蘇拉威西的望加錫，印度尼西亞的工人和青年接管了一些荷蘭銀行和企業，或者對這些銀行和企業實行監督。
1959年，仍處於荷蘭統治下的西伊裏安舉行選舉，成立巴布亞議會，並籌備於1961年4月5日獨立。當時議會已決定了新成立的國家的國號爲西巴布亞，訂立了新的國徽、新國歌，以及以晨星爲圖案的新國旗。新國旗於1961年12月1日升起，並與荷蘭國旗並排。1961年12月18日，印尼派兵佔領西巴布亞，宣佈西巴布亞爲印尼的一個省——伊裏安查亞省。至此，荷蘭的勢力徹底退出了印尼羣島，荷蘭在亞太地區的殖民地全部喪失。
