十七世紀中葉，中國處在一個政治極其動盪的大變局時代。1644年3月，農民領袖李自成率領起義軍攻入北京，推翻了明朝。5月，興起於白山黑水之間的清攻入了山海關，趕走了李自成。自此，中國歷史上最後一個封建王朝建立。在此後一百多年間，清歷經順治、康熙、雍正、乾隆四帝，前清不僅先後剿滅了各地的農民起義及明朝的殘餘勢力，還平息了吳三桂的叛亂，統一了臺灣。清朝的一系列政策措施，使飽受戰亂破壞的社會經濟得到了逐步恢復，中國也進入了一個新的穩定發展時期。
而同一時期的新疆，同樣也處於你爭我奪的封建割據狀態。先是稱雄西北強盛一時的蒙古斡亦喇惕部在首領也先死後沉寂了一百年之後，終於恢復了元氣，繼續活躍在西北廣袤的草原上。
在清軍入關的同時，蒙古的準噶爾部逐漸強大起來。他們在首領巴圖爾渾臺吉率領下，準噶爾部逐步取代了衛拉特蒙古的和碩特部而成爲了各部落的首領。準噶爾部不但逼迫衛拉特蒙古中的土爾扈特部和和碩特部的主要部落遷往別處，而且還先後打敗了周圍的哈薩克、柯爾克孜人，統治着北起額爾齊斯河和鄂畢河中游，南到天山，包括巴爾喀什湖以東以南的廣大區域，成爲了中國西部地區一個強大的地方政權。
1665年(清康熙四年)，巴圖爾琿臺吉去世，他的兒子僧格繼位。1671年，僧格被他的同父異母兄弟策臣汗和巴圖魯殺害。不久，策臣汗和巴圖魯又被他們的部衆殺死。在這種羣龍無首的情況下，巴圖爾琿臺吉的另一個兒子—僧格的弟弟噶爾丹從西藏趕回來奪取了政權。噶爾丹把準噶爾部的大本營從塔爾巴哈臺(今塔城)的和布克賽爾遷到了伊犁河谷。他先後擊敗了一些蠢蠢欲動的政敵後，逐步鞏固了自己的統治地位。1679年，噶爾丹自稱博碩克圖汗，請求清政府的承認。同時，噶爾丹部又派兵四處征戰哈薩克、布魯特、諾蓋等部落。1680年，噶爾丹還派兵12萬人越過天山南下，攻佔了阿克蘇、烏什、喀什噶爾(今喀什)、葉尓羌(今莎車)等地，滅掉了葉尓羌汗國，取得了天山南北的統治權，使準噶爾部的統治範圍覆蓋了整個天山南北。1697年，噶爾丹發動了對抗清政府的叛亂。戰爭失敗後，噶爾丹死亡，僧格的兒子策妄阿拉布坦繼任了準噶爾部的首領。策妄阿拉布坦、噶爾丹策凌不同於反覆無常的噶爾丹，仍然繼續派出使臣進京，表示繼續臣屬清朝政府。
