后土御門天皇諱成仁，嘉吉二年(1442)五月，作爲後花園天皇的第一皇子出生。母親是從四位下右馬助藤原孝長的女兒。孝長是內大臣藤原高藤流的後裔，當時身爲下級公卿擔當木工寮修理的職位。后土御門的母親作爲典藥頭和氣鄉成的養女和內大臣大炊御門信宗的猶子而入宮，得到天皇寵幸而生下后土御門。
文正元年(1466)因爲幕府將軍繼嗣問題的紛爭，諸大名的軍隊雲集京畿，大亂一觸即發的氛圍下，朝廷於十二月舉行了大嘗會。不久以後，畠山義就的大軍攻入京都，應仁、文明年間的大亂就此爆發，后土御門也就成爲中世紀最後一位舉行大嘗會的天皇。 這個戰亂造成京都一帶皇室與公卿貴族的領土被掠奪，不但幕府地位一亂千丈，皇室也開始發生財政拮据的問題，往後影響了連續後幾任天皇連即位儀式的舉辦都有困難，皇室逐漸走向衰微。不但原本朝廷的儀式活動被迫暫停，連天皇也逃難到當時將軍足利義政的室町第，一住就是十年，一直等到土御門殿修好纔回宮去。
戰亂過後，朝政荒廢，皇室的領地遭到各地大名的侵吞，朝廷收入大幅銳減。朝廷內部傳奏日野勝光和大御所夫人日野富子專橫跋扈，天皇的地位彷彿傀儡一樣。后土御門生前數度表示退位的意願。文明六年(1474)到十一年七月間天皇四度提出退位，在朝臣一條兼良和皇太子勝仁的勸說下作罷。幕府再三拒絕天皇讓位的請求其實是擔心營建上皇宮邸和舉行皇位繼承儀式會給亂世的財政帶來困窘。明應三年(1494)幕府管領細川政元無視天皇的意旨廢立幕府將軍，心灰意冷的天皇第五次提出退位，在周圍側近痛哭挽留下再度作罷。明應九年九月后土御門天皇崩，幕府遲遲不肯支付大葬費，天皇遺骸在宮中放置了整整四十三天，都還無力下葬。最後葬於深草北陵，而在般舟院陵也安置了部份骨灰。
