庇護九世，原名馬斯塔伊-費雷提(Giovanni Maria Mastai-Ferretti)。出身於意大利貴族家庭，1819年任神父，1823年升任教廷駐智利公使祕書，1827年擔任教廷轄區斯波萊託總主教。是最後一任兼任世俗君主的教皇。堅持自己的教皇的世俗權力。
逃離羅馬
1848年，歐洲爆發自由主義革命，其首先發起地點爲意大利的西西里島，而波及的國家幾乎涵蓋全歐洲，僅俄國、西班牙及北歐少數國家未受影響。1848年11月15日，教皇國司法大臣佩雷裏諾·羅西(Pellegrino Rossi)被暗殺，次日羅馬市民走上街頭遊行，要求教皇國實行社會改革、指定民主政府、以及對奧地利宣戰。11月24日晚，教皇庇護九世化裝爲普通教士逃離羅馬，前往兩西西里王國避難。教廷主教卡洛·穆扎雷利(Carlo Emanuele Muzzarelli)組成了留守政府，隨後頒佈了一些自由化的新法令，教皇因此拒絕承認該政府，並在流亡地組建了新政府。
爲了將教皇迎回羅馬，羅馬市長組成了一個代表團，前往教皇避難地加埃塔城堡，但教皇拒絕返回羅馬。羅馬城中首次出現了沒有政府的情況，因此市民在1849年1月21日舉行了首屆自由選舉，以組成制憲會議，年滿21歲的男性都可以投票。2月8日，制憲會議宣佈成立羅馬共和國，以三人執政委員會爲元首，教皇僅保留宗教領袖的地位。羅馬共和國的憲法宣佈宗教自由，給予猶太人平等地位，廢除死刑，還取消重稅、新增工作職位。意大利愛國者及軍人朱塞佩·加里波第組織了一支名爲"意大利軍團"的志願軍，成爲羅馬共和國的武裝部隊。教皇向天主教國家求救，法國總統路易·波拿巴遂聯合奧地利帝國出兵干涉。6月29日，法軍進入羅馬城。
重返羅馬
庇護九世法奧軍隊此後繼續追擊加里波第軍團，迫使加里波第率衆前往聖馬力諾避難，並將其軍隊解散。庇護九世在1850年4月重返羅馬。法國軍隊駐紮在羅馬城中，以保護教皇。此役後，意大利的民族主義者--既包括撒丁王國和薩伏伊王室爲核心的君主主義者，也包括衆多的共和主義者--將教皇國視爲意大利統一的絆腳石。法皇拿破崙三世則將教皇國作爲其插手干涉意大利事務的籌碼，一方面支持撒丁王國統一意大利，一方面則繼續扶植和保護教皇國政權。
收復歷程
1859年第二次意大利獨立戰爭後，撒丁王國從奧地利手中收復了倫巴底地區，加里波第則在兩西西里王國發動革命，推翻了波旁家族的君主。加里波第試圖在南意大利建立共和國，但是撒丁王國請求法國出兵，將意大利南部納入自己的版圖。在得到法國的允許後，撒丁軍隊於1860年揮師南下，先在當地居民的配合下征服了教皇國東部三分之二的領土，隨後進入兩西西里王國。當年年底，這些被征服的領土都被撒丁王國正式吞併，統一的意大利王國正式誕生。此時教皇國僅剩下了以羅馬城和拉齊奧地區爲中心的三分之一領土。1861年3月，意大利王國宣佈羅馬爲新首都。但是由於法國駐軍的存在，意大利無法收復羅馬城。
1870年普法戰爭爆發，駐紮在羅馬的法國軍隊撤回國內。意大利國王維克托·伊曼紐爾二世不必再顧忌法國的威脅，將教皇國納入意大利版圖的時機已經到來。他先派特使向教皇庇護九世送去密信，並提出了一個保全教廷臉面的解決方案:意大利軍隊以"保護教皇"的名義和平進駐羅馬城。但是這個提議被教皇拒絕，因此意大利於1870年9月10日對教皇國宣戰。意大利軍隊在9月11日越過邊界，緩慢地向羅馬城推進。進軍速度非常緩慢，以等待外交協調解決的可能。
羅馬淪陷
雖然教皇國僅擁有一支爲數甚微的軍隊，但庇護九世還是下令進行抵抗，以造成這樣的法理事實，即教皇國是被意大利以武力入侵、而非和平接管所征服的。9月19日，意軍包圍了羅馬城。1870年9月20日，經過3個小時的炮轟，意軍在羅馬城的奧利留城牆上轟塌了一個缺口，隨後進入了羅馬城，在阿庇亞大道上舉行了盛大的入城式，教皇國滅亡。此後，經過公民投票，羅馬城和拉齊奧地區併入意大利，意大利王國的首都旋即從佛羅倫薩遷到了羅馬。49名意大利士兵和19名教皇國士兵在這場戰役中喪生。此後的教皇避居梵蒂岡，直到1929年教皇與意大利簽訂條約，梵蒂岡正式成爲主權國家。
