伴隨倭馬亞王朝的建立，其最大的反對派力量伊斯蘭什葉派勃然興起。
什葉派不承認倭馬亞王朝哈里發地位的合法性，堅持認爲哈里發一職只能從先知女婿阿里的後代中產生。由於阿里的長子哈桑主動放棄哈里發地位並在穆阿維葉一世統治時期被人毒死，什葉派轉而支持阿里的次子侯賽因成爲哈里發。侯賽因又在公元680年(葉齊德一世統治時期)被倭馬亞王朝軍隊殺害，這件事更使什葉派極爲震怒。
阿卜杜拉·伊本·祖拜爾(穆罕默德最初的信徒和戰友老祖拜爾之子)強烈反對倭馬亞王朝，他的勢力實際佔領着阿拉伯帝國境內的很多地區，並在漢志的麥加(希賈茲)建有自己的獨立政權(自稱哈里發)，阿卜杜拉·伊本·祖拜爾的行爲得到阿拉伯半島和伊拉克等地反倭馬亞政權的各派勢力支持。在哈里發阿卜杜勒·馬利克時代，倭馬亞王朝才消滅了麥加的什葉派政權。
在整個倭馬亞王朝時期，中央政府與什葉派的戰爭一直持續不斷，但什葉派從未被徹底剪除。什葉派最後協助阿拔斯王朝終結了倭馬亞家族的統治。
倭馬亞王朝的另一支主要反對力量是伊斯蘭哈瓦利吉派，該派主要是由隋芬之戰後因反對阿里屈從於神裁結果而脫離阿里陣營的士兵和信徒構成。
對外擴張
倭馬亞王朝時代，阿拉伯帝國的對外征服達到了一個高峯。他們的疆域最廣闊之時東至中亞、西至西班牙。
穆阿維葉繼任哈里發以後不久，就調兵遣將，東西兩面出擊。
哈賈吉·本·優素福在阿卜杜勒·馬利克時代率領阿拉伯軍隊向中亞挺進，東線大軍於公元664年佔領阿富汗斯坦首府喀布爾，然後揮師北上，進軍中亞內陸地區。先後征服布哈拉、撒馬爾罕和花剌子模等廣大地區，直至帕米爾高原始爲唐軍(中國)所阻，而阿拉伯人的宗教最終永遠地征服了這一地區。
與此同時，東線戰場的另一支阿拉伯軍隊，在哈賈吉·本·優素福的侄子穆罕默德·伊本·卡希姆率領下南下遠征印度，迅速征服了信德和旁遮普地區，標誌着伊斯蘭教從此在印度紮根。
在北方，阿拉伯軍隊曾三次進攻君士坦丁堡，由於拜佔廷皇帝立奧三世利用君士坦丁堡天險和祕密武器“希臘火”抵抗，而未能得手。
此期間，穆阿維葉一世創建了阿拉伯人的第一支海軍。
在西方，阿拉伯人消滅了拜佔廷的北非駐軍，佔領從突尼斯直到摩洛哥的馬格里布。阿拉伯人使當地的柏柏人很快改宗伊斯蘭教，並以他們爲主力部隊，跨越直布羅陀海峽進攻西班牙。
公元711年，倭馬亞王朝的埃及總督穆薩·伊本·努塞爾手下的摩爾人將領塔裏克·伊本·齊亞德率領穆斯林軍隊渡過直布羅陀海峽(該海峽以塔裏克的名字命名，Gibal—Tariq)進入伊比利亞半島。不久穆薩·伊本·努塞爾本人率領更多軍隊趕到。兩位將軍攻佔西班牙三分之二領土，進而征服日耳曼人的西哥特王國，建立了安達盧斯王朝。
公元732年，穆斯林軍隊穿越比利牛斯山，進攻法蘭克王國，由於到達了其擴張的極限，在普瓦提埃戰役爲法蘭克王國宮相查理·馬特所擊敗。
至此，倭馬亞王朝時代的阿拉伯人基本結束了大規模的對外征服。初期四任哈里發和倭馬亞王朝的兩次大規模征服運動，爲阿拉伯帝國奠定了疆域基礎。
到公元8世紀前半葉，阿拉伯帝國基本形成。它的版圖，東起印度河和帕米爾高原，西至大西洋的比斯開灣，南自尼羅河下游，北達裏海和鹹海南緣，橫跨歐、亞、非三大洲的土地，是當時世界上領土最廣大的帝國。
