鄭玄曾跟隨東漢著名經學家馬融學習古文經，後來外出遊學十多年，把握經書的源流，辨析學術，考溯源流，花費了很多精力整理篇章，條貫篇目，確定編排。爲此，他搜求各家學說，仔細考訂異同，進行歸納和判斷，做了大量細緻的工作。註疏有《毛詩》、《周易》、《論語》等儒學經典。家藏經籍逾萬卷，多以儒家經籍爲主。但《後漢書·鄭玄傳》稱其“所好羣書，率皆腐敝”。鄭玄囊括大典，綜合百家，遍注羣經，將今、古文界限打破，達到了經學的融合與統一。鄭玄所注經書，代表了漢代學術的最高成就，被稱爲“鄭學”，對後世經學產生了極其深遠的影響。
鄭玄以畢生精力註釋儒家經典，至今保存完整的，有《周禮注》、《儀禮注》、《禮記注》，合稱《三禮注》，還有《毛詩傳箋》。失傳後，經後人輯佚而部分保存下來的，有《周易注》、《古文尚書注》、《孝經注》、《論語注》。此外，他還曾注《春秋左氏傳》，未成，送予學者服虔，遂有《春秋服氏注》。
事實上，鄭玄遍注羣經，遠遠不止這些，這裏僅列舉了主要部分。據清儒鄭珍考證統計，鄭玄的著述共約有60種之多。鄭玄在《戒子益恩書》中說，他致力於經學，是爲了“述先聖之玄意，思整百家之不齊”。即是說，他的目的在於闡述儒家思想，使之發揚光大。歷史地看，鄭玄注經的成就是相當高的，他完成了自己的心願。
《後漢書》本傳總結鄭玄的經學成就說：“鄭玄囊括大典，網羅衆說，刪裁繁蕪，刊改漏失，擇善而從，自是學者略知所歸。”這一評價是符合畢實際的。
註釋三禮
鄭玄最大的功績是編輯、註釋了“三禮”。漢代《禮經》只憑師授而無註解，馬融也只注了《喪服》經、傳，“三禮”這個名稱雖然是馬融、盧植提出來的，但卻是從鄭玄分別爲《周禮》、《儀禮》、《禮記》作注之後才確定下來的。《禮記》49篇的選輯本得以獨立成書，也始自鄭玄。“三禮”是中國古代典章制度的淵藪，是十分寶貴的歷史文獻，但其中很多記載我們是很難直接從原文弄清楚的，所以鄭注是不可或缺的。鄭注在幫助我們弄明白“三禮”的內容方面，以及在訂正經文的錯謬方面，其功績是不可磨滅的。而且鄭玄在解釋經文時，又補充了許多經文之外的材料，大大豐富了文獻的內容。這些材料在當時肯定是有文獻或師說依據的，而今已大多亡佚，有賴鄭注而得保存其若干，這也是鄭注的一件大功勞。又由於鄭玄作注博綜古今，廣洽精詳，兼採異說，若能詳加條分縷析，弄清其源流，對於後人研究漢代的學術史，亦將大有裨益。鄭玄對禮義的闡發，也有助於今人研究漢代的政治思想史。另外如研究古代的文字學、音韻學、訓詁學等等，都離不開鄭注。尤其是現今考釋地下發掘的先秦以下的文物，鄭玄的《三禮注》更是必須依靠的重要文獻。總的來看，鄭玄遍注羣經，而對“三禮”用力最深，取得的成就也最高。其《三禮注》遂爲後世治禮學者所宗，孔穎達甚至說“禮是鄭學”，這無異說禮是鄭學的精髓和主幹。自古以來研究鄭玄禮學的著作浩如煙海，並分爲“中鄭”、“駁鄭”兩派，這正說明鄭玄禮學無可替代的歷史地位。
現存的《毛詩箋》也是鄭注中的力作。箋與註釋不同，箋是宗一家之說而又有所引申發明。鄭箋以《毛詩故訓傳》爲主，《毛詩》講的簡略之處，便加以補充，有不同的見解，則另加標明，即“若有不同，便下己意”(鄭玄語)，實際上也是融會今古經，兼採三家詩說。《詩經》在史學上與文學上都屬極重要的一部經典，但由於時代久遠，其中許多內容我們今天已經不易理解了。若要真正讀懂它，非藉助前人的註釋不可，而鄭箋正是最好的古注本，是《詩經》研究的第一個里程碑。鄭箋的成就是多方面的，簡括地說，一是對《詩》義的理解較爲深刻和符合原意;二是花大力氣點明詩的象徵特性，突現詩的文學意味;三是在文字、音韻、訓詁、博物等方面取得了相當的成就。漢人傳詩有齊。魯、韓、毛四家，但前三家詩相繼亡佚，《毛詩》在魏晉以後盛行，鄭玄作箋是起了決定性的作用的。鄭玄所注羣經，經過長時期的流傳，如今保存在《十三經注疏》中的，尚存四部，那就是《毛詩箋》與《三禮注》。在《十三經注疏》中，也以這四部注最爲淵博詳明，明顯優於其他各家。宋人劉克莊有《雜詠一百首·鄭司農》稱讚《毛詩箋》說：“新箋傳後學，古詩在先儒。不擬狂年少，燈前罵老奴。”宋人尊鄭玄者不多，但《毛詩箋》的成就卻是誰也抹殺不了的。
鄭玄注《易》，用的是費氏古文，他把象、象與經文合在一起，並在其前面加上“象曰”、“彖曰”字樣，以與經文相區分。鄭氏易學兼採義理、象數之說。在象數學方面，除用互卦、消息等方法外，還力主五行生成說與交辰說。在義理方面，多采三禮的觀點，據禮以證易道廣大，凡涉及嫁娶、祭把、朝聘等項，所注皆與禮經所說相合，這一特點與後來易學義理派的治易特點相通。鄭玄所注古文費氏《易》流行，今文經的施、孟、樑邱三家《易》便廢止了，後世王弼、韓康伯注《易》都用鄭玄本，孔穎達《五經正義》即採用王、韓注本，通行至今。
鄭玄所注《尚書》用的是古文，但與馬融不同，也兼採今文。鄭注的《古文尚書》流行，“今文經的歐陽與大小夏侯三家《尚書》”便散失了。至於《春秋》，鄭玄本“欲注《春秋傳》”，後因與服虔觀點多相同，故未成之，但著有駁難公羊家何休的《發<墨守>》、《針<膏盲>》、《起<廢疾>》，表明其揚左氏抑公羊的態度。鄭學於魏晉南北朝時極受重視。這也是以後《左傳》大興的一個原因。
鄭玄還註釋過漢代律令。《晉書·刑法志》記載，秦漢舊律諸儒章句十有餘家，魏明帝曾下詔但用鄭氏章句，不得采用餘家。鄭玄還注過《孝經》與《論語》，都有較大影響。至於他註釋緯書，並用緯書解經，無論對緯書本身，還是對經今文學、古文學、訓詁學，也都是有貢獻的。
總之，鄭玄以其豐富的著述創立了“鄭學”，破除了過去今、古文經學的家法，初步統一了今、古文經學，使經學進入了一統時代，對經學的發展做出了重大貢獻。
總的看，鄭玄以其畢生精力註釋儒家經典，是一位空前的經學大師。從唐代起，其所注的《詩》、《三禮》即被視爲儒家經典的標準注本，收入九經。宋代又把它列入十三經注疏，長期作爲官方教材。直到今天，仍是古經典的權威注本。
教育
論教原則
鄭玄遵循儒家經籍中的一貫思想，力主尊師。他指出：尊尊師以教民，而以治政則無過差矣 (《禮記正義》卷二十二)。《詩·周南·葛覃》：言告師氏，言告言歸。毛傳：言，我也。鄭玄箋：重言我者，尊重師教也 (《毛詩正義》卷一)。
值得注意的是，鄭玄總是將尊師與重道聯繫在一起，這是他個人思想的體現。例如：《學記》 大學之禮，雖詔於天子無北面，所以尊師也。鄭玄注：尊師重道焉，不使處臣位也 (《禮記正義》卷三十六)。《曲禮》：請業則起，請益則起。鄭玄注：尊師重道也 (《禮記正義》卷二)。
《曲禮》：禮聞來學，不聞往教。這本是尊師之禮，鄭玄也將其概括爲尊道藝 (《禮記正義》卷一)。由此可見，在鄭玄看來，尊師的實質在於重道。這是由於教師是道德和學術的代表者。馬融曾說：師者，教人以事以諭諸德也 (《通典》卷五十三)，鄭玄繼承了這一師說。也指出：師，教人以道者之稱也 (《周禮註疏》卷九)，這種以重道的角度來看待尊師的意義的態度，比起單純將師與天、地、君、親來作比附的態度要積極得多。
鄭玄認爲，在教學過程中，教師起着主導和支配作用。他指出：師說之明，則弟子好述之，教者言非，則學者失問 (《禮記正義》卷三十六)，這不僅反映了漢代經師具有巨大的權威性，在相當大的程度上也是符合教學的一般規律的。
教師既然具有如此重要的地位和作用，所以鄭玄說：師善則善。他將教師本身的品德、學識以及教學態度視爲教育成敗的關鍵。鄭玄對教師提出了很高的要求。
第一，教師必須行以正直，這在兒童教育中尤爲重要。鄭玄說：小未有所知，常示以正物，以正教之，無誑欺 (《禮記正義》卷一)，這種 以正教之的主張既是一項教育原則，又包含着對教師本人的嚴格要求。
第二，教師必須精通學業。鄭玄批評那些自不曉經之義，但吟誦其所視簡之文，多其難問 (《禮記正義》卷三十六)的教師，這種人看起來是教學方法不佳，其原因還在於他們自己對經籍就沒有真正理解，又怎麼可能教好別人呢?所以《學記》說：記問之學，不足以爲人師。鄭玄注：此或時師不必解，或學者所未能問 (《禮記正義》卷三十六)。總之，只知照本宣科，死誦經文，而自己沒有研究成果的教師不能說是稱職的。
第三，教師必須積極施教。雖然教師有不往教及不復告的戒律，但鄭玄認爲這並不是減輕教師的教育職責。首先，在教育對象上，鄭玄認爲人虛己自潔而來，當與其進之 (《鄭氏逸書·論語注》卷四)。凡是虛心求學有上進心的，就應該予以促進，而不應因枝節問題而拒之門外。其次，在教學過程中，鄭玄雖然反對填鴨式的強行灌注，但他也認爲學者既開其端意，進而復問，乃極說之 (《禮記正義》卷三十六)，而反對師肩所隱 (《禮記正義》卷三十六)的作法，可見鄭玄並不否定教師的積極施教。
只是這種施教應在學生具有上進心和求知慾的情況下，以啓發學生積極思考的方式進行。
第四，教師應該不斷深造。按鄭玄的話說，就是能夠通過教育活動而見己道之所未達 (《禮記正義》卷三十六)。雖然是教誨別人，但要能夠通過教育活動達到自反，即求諸己的目的;雖然是促進別人提高，但也要能自強，即自己也修業不敢倦。也就是說，教師既應是教育者，又應是受教育者。總之，教師只有具備以上幾個方面的品格和作風，才能當之無愧於崇高的地位和重要職責。
鄭玄畢生致力於儒家經籍的研究和傳授。他破除了宗師和學派的門戶藩籬，集漢代經學之大成，他的經注是後代經學教科書的重要組成部分。他對儒家經籍中所記載的教育設置和教育觀點作了大量精闢的闡發，其涉及面之廣要超過一般思想家的專題論述。特別是鄭玄的教育思想多以經注的形式出現，儘管有依附於經籍，失於支離的弱點，但在將儒家經籍內容奉爲聖人之道的古代，卻有着超出一般學者論述的影響。
教育學生
《後漢書·鄭玄傳》稱“玄自遊學，十餘年乃歸鄉里。家貧，客耕東萊，學徒相隨已數百千人”。又記其六十歲時，“弟子河內趙商等自遠方至者數千”。由此可見，鄭玄當時私門講學，極一時之盛。
其弟子衆多，幾遍全國各地，見載於《鄭志》、《鄭記》與史傳者，著名的就有河內趙商、清河崔琰、清河王經、樂安國淵、樂安任嘏、北海張逸、魯國劉琰、汝南程秉、北海孫乾、山陽郗慮、南陽許慈等等。他的學生有的成了大官，有的成了著名的學者，《後漢書》本傳說：“其門人山陽郗慮至御史大夫，東萊王基、清河崔琰著名於世。又樂安國淵、任嘏，時並童幼，玄稱淵爲國器，嘏有道德，其餘亦多所鑑拔，皆如其言。”
看來，鄭玄有知人之能，求學者不遠千里投到他的門下，也都能確有所得。
人稱鄭玄“著書滿家，從學數萬”(《經學史》)恐怕不是虛言，他的弟子總數當不會少於萬人。據後人輯佚的《鄭志》和《鄭記》記載，鄭玄在進行教學時，注意採取問難和啓發的方式，師徒們鍥而不捨，切磋琢磨，治學態度十分嚴謹。
《食舊堂叢書》中《論語鄭注》記下了這樣一個故事：《論語》評《詩經》有“樂而不淫，哀而不傷”的話，鄭玄注曰：“樂得淑女，以爲君子之好仇，不爲淫其色也。寤寐思之，哀世夫婦之道。不得此人，不爲減傷其愛也。”但是，鄭玄在給《毛序》是以“《關睢》樂得淑女以配君子，愛在進賢，不淫其色，哀窈窕，思賢才，而無傷善之心焉”作箋時卻說：“哀蓋字之誤也，當爲‘衷’，衷謂中心恕之，無傷善之心，謂好逑也。”這引起了弟子劉琰的懷疑：注《論語》以“哀”釋之，注《毛序》又解作“衷”字之誤，爲何前後不一致呢?鄭玄讚賞劉琰的用心思考，他回答說：“《論語注》人間行久，義或宜然，故不復定，以遺後說。”就是說，應採取實事求是的態度，拿不準的就不強作結論，以免貽害後人。博聞、闕疑，慎言其餘，鄭玄不僅治學如此，也教育學生要如此。
《食舊堂叢書·鄭志》記有鄭玄與弟子趙商的一段對話，是由《詩·商頌·長髮》的序文引起的。《毛序》說：“《長髮》，大禘也。”鄭玄箋曰：“大禘，郊祭天也。……”這中間牽涉到很複雜的祭禮問題，趙商引古籍不同意鄭玄的解釋，鄭玄在進行了一番說明後批評弟子說：“探意太過，得無誣乎!”在與趙商的另一次談話時也說：“天下之事，以前驗後，其不合者，何可悉情?是故，悉信亦非，不信亦非。”從這些師徒間切磋時的隨意性談話中可以看出，鄭玄教育學生是很注意問難式、啓發式和因材施教的，這是對孔子的傳統的繼承和進一步發展。而其教育方面的突出成就，又促進了其學說的傳播，終得大行於世。
思想
鄭玄存在神學思想，認爲有人格化的天神存在，它是宇宙萬物的創造者和最高主宰。如其《尚書五行傳注》說：天生五材，民並用之。其政道則神怒，神怒則材失性，不爲民用。其它變異皆屬珍，珍亦神怒，凡神怒者，日月五星即見適於天矣。一事失，則逆人之心，人心道則怨，木、金、水、火、土氣爲之傷，傷則衝勝來乘珍之，於是神怒、人怨將爲禍亂。故五行先見變異以譴告人……
這種天人感應的譴告說，不外乎宣揚君權神授，神化君主。他還進一步認爲，如果君主的行爲符合天神的意志，就會由上天降下種種嘉瑞、符瑞以示隆興;反之，若君主過失，上天則會降下種種災異以示警告。由此進一步推論，則人的生死、貴賤、貧富、禍福都是由天命決定的，所以應該恭順天命，服從封建統治。另一方面，他還神化陰陽、五行，用陰陽氣的盛衰解說事物的變化，以君子屬陽，小人屬陰，社會之所以亂，乃是陰氣過盛即小人當道的結果。所有這些，都是成體系的，並非偶然的提及。當然，這些思想並未超出漢代“天人合一”唯心論思想的範疇，很少有鄭玄個人的發明。但他遍注羣經，將這些思想融於對經文的解釋之中，而且其中又進行了一些系統化的工作，這就將唯心主義神學哲學進一步發揚光大了。總的看，鄭玄的哲學思想並不是進步的，但也未嘗不具有積極意義，因爲它另一方面也強調人的主觀能動作用和對自己命運的信心，只要按照天意——實際是某種客觀規律——辦事，就有可能招致好的結果。
鄭玄的政治思想。與其神學哲學觀相聯繫，鄭玄在政治上是保守和正統的，他認爲封建制度是合理的和永恆不變的，符合天意的，因而積極維護封建統治的中央集權制，反對地方割據勢力。從這一點出發，他極力宣揚忠君思想，強調地方服從中央，地方要以“順道”來事奉君主。他認爲，人臣爲君而死就是盡忠，是義、勇兼備的行爲;而正直、剛克、柔克三德，爲人臣者必須具備其一。應該說，鄭玄對漢室是忠心的，對軍閥割據是痛心的，他在註釋羣經時總是神化君主，要求地方諸侯服從君主，把封國的財富貢獻給天子。他注《周易》與《周禮》，常常寄託自己君賢臣忠的政治理想，而在箋註《毛詩》中，又寄託自己感傷時事之情，這也說明他嚮往從前、反對現實亂世的態度。另一方面，他還積極宣傳孝道，用孝道來爲忠君思想眼務。要求人們像事奉父母一樣事奉君主，像尊重長兄一樣尊重各級封建統治者。總的看，鄭玄是一位篤信儒家思想的正統學者，他理想中的政治面貌，應當是君君、臣臣、父父、子子，嚴守等級秩序，使政治穩定，風調雨順，國泰民安。所有這些，當然也沒有多少鄭玄個人的東西，而是傳統儒家思想對他薰陶而形成的。但鄭玄遍詮羣經，已把這些政治思想說成是經典的本義和萬古永恆的常則，這對於儒家傳統思想的傳播，具有重要的意義。
校讎學
鄭玄注經，不僅兼錄異文，考訂疑誤，而且致力於考鏡源流，釐析篇帙。所以，精擅於校讎學的清人段玉裁，曾在《經義雜記序》中稱讚鄭玄成校讎學千古之大業。今人張舜徽先生著有《鄭氏校讎學發微》，認爲鄭玄的校讎學成就表現在如下12個方面：一是辨章六藝，即明辨六經之體用;二是注述舊典，理查羣書;三是條理禮書，使之部秩井然;四是敘次篇目，在目錄學方面有突出創見;五是廣羅異本，比較異同，細心讎對;六是擇善而從，不拘於師法家法和今古文;七是博綜衆說，捨短取長，不以先入者爲主;八是求同存異，自申己見;九是考辨遺編，審定真僞;十是校正錯簡;十一是補脫訂僞;十二是審音定字。
凡此種種，已大抵涉及到了校讎學的各個方面，後世有志於以整理古籍爲務者，皆以鄭玄所爲作爲楷式。中華文化源遠流長，古籍浩如煙海，整理古籍是研究傳統文化與歷史的必需，而校讎之學，又是古籍整理方面的一門專業學問。鄭玄的校讎學成就，極大地豐富了中國校讎學的內容，其功實不可沒。
訓詁學
其次，看鄭玄對訓詁學的貢獻。中國訓詁學的起源甚早，而訓詁學的成熟發展，則在漢代。漢人的訓詁學成就，又以鄭玄爲最。所謂訓詁學，也就是用語言解釋語言，鄭玄遍注羣經，其內容幾乎包括了後世訓詁學所涉及的全部：包括釋詞、釋句旨、說語源、說通假、注音讀、說修辭、說制度、解名物、釋方言、校勘文字、分析語法等等。而鄭玄所採用的訓詁方式，如直訓、義界、推因等方法及傳統的義訓、形訓、聲訓等，亦已相當完備。鄭玄注經所用的訓詁術語也相當豐富，如：猶，者…也…，所以一也，謂，謂一也，喻，亦，言，…貌，…之辭，…曰…，…爲…，謂之，發聲，若，之屬，所以，之言，屬，然，聲誤，假借，之謂，語助，…之聲，當作，當爲，今文，故書，古今字，古文，互言，音，讀，讀若，讀如，之言，讀曰，讀爲，讀當爲，或作等等，皆爲後世所沿用，其體例十分嚴密。總的看來，鄭注羣經爲後世之訓詁學起到了導源的作用，大有發幾起例之功，實爲中國訓詁學之起源。
音韻學
鄭玄對古音韻學的發展做出了一定的貢獻。鄭玄有探索古音的創始之功：
一、是他第一次明確指出了“聲類”和“音類”，並注意發揮其在註釋中的作用。
二、他分析了“聲類”和“音類”的不同點：大抵發音部位相同的叫做“聲類”，收音部位相同的叫做“音類”，凡是“聲類”、“音類”相同或相近的字，其義必相同或相近。這在音韻學上所起的作用是不容忽視的。
詞彙學
在詞彙學方面，鄭玄總結和發展前人的研究成果，在注經過程中對詞的諸多義項和用法進行全面訓釋，從而鞏固了先秦以來詞義發展的成果。春秋戰國時文化空前繁榮，經典史籍所用之詞達到了極大豐富，但是作爲詞的記錄的單字，數量卻並未增加多少，詞彙的豐富性主要是通過一詞多義表現出來的，即是說，詞在這一時期產生了大量的引申義與假借義。許慎的《說文解字》主要在於明辨字的本義，正本清源，功績巨大，但很少涉及引申、假借問題。鄭玄則重在闡述詞的引申義與假借義，並揭示出了一些客觀規律。
由此看來，鄭玄的功績已可與許慎相媲美，對詞彙學的發展有傑出貢獻。
人物評價
馬融：詩書禮樂皆東矣。
袁紹：吾本謂鄭君東州名儒，今乃是天下長者。夫以布衣雄世，斯豈徒然哉?
虞翻：若乃北海鄭玄，南陽宋忠，雖各立注，忠小差玄而皆未得其門，難以示世。
華歆：伏見故漢大司農北海鄭玄，當時之學，名冠華夏，爲世儒宗。
范曄：①鄭玄括囊大典，網羅衆家，刪裁繁誣，刊改漏失，自是學者略知所歸。王父豫章君(範寧)每考先儒經訓，而長於玄，常以爲仲尼之門不能過也。及傳授生徒，並專以鄭氏家法雲。 ②玄定義乖，褒修禮缺。孔書遂明，漢章中輟。
陳元靚：漢傳六季，藝文乖舛。實生純儒，克明大典。斈徒既盛，師道益顯。疏爵昌夜，允章積善。
歸有光：世之所謂博洽之學，雕蟲之技，傳經之家，若司馬遷、劉向、鄭玄、王弼之流也。
顧炎武：大哉鄭康成，探賾靡不舉。六藝既該通，百家亦兼取。至今三禮存，其學非小補。
王夫之：何休、鄭玄之治經術，京房、襄楷、郎顗、張衡之論治道，始以鬼魅妖孽之影響亂六籍。而上動天子，下鼓學士，曰此聖人之本天以治人也。
趙翼：如鄭康成一代大儒，鄭興、賈逵亦深於經學，乃不入《儒林傳》。
《劍橋中國秦漢史》：我們可以看出一種開始脫離帝國太學的趨勢，這在後來出現於東漢的獨立的經學研究的私家學校中反映了出來，這些學校以馬融(79—166年)和鄭玄(127—200年)辦的最爲著名……東漢最傑出的學者鄭玄的註疏在其後的經學研究中起了非常巨大的作用，事實上他在其註疏中就放手地大量使用讖緯著作，以盡力調和註釋的不同學派。
