主要成就
王錫爵仕途三十餘載，入閣多年，還擔任過首輔。王錫爵一生勤於政務，他的主要成就也就反應在政治上。申時行曾評價王錫爵的勤政之舉，認爲王錫爵在擔任不到兩年的首輔中處理的政務比他這個前任首輔在近十年內處理的事務還要多出數倍，感嘆王錫爵的敬業。
王錫爵的大的政治成就，主要體現：一、力主對倭一戰，保證大明外部環境的安全。二、防治災害，救護民衆。三、對皇帝貽政和朝臣結黨互攻，政令不通的擔心，併爲之改革。
援朝抗倭
王錫爵在內閣首輔任上，曾經指揮過萬曆“壬辰抗倭援朝戰爭”。
萬曆二十年(1592年，壬辰)五月，日本關白(相當於中國的宰相)豐臣秀吉遣倭兵十數萬攻朝鮮，陷王京(即漢城，今首爾)，朝鮮國王李昖奔至鴨綠江中朝邊境，向中國求援。當時，王錫爵尚在太倉家中，故萬曆帝連召催促王錫爵速速入京，籌畫軍國大事。
倭寇侵朝前兩月，寧夏致仕副總兵、蒙古族人哱拜也起兵造反，氣勢頗爲猖獗。同時面對東、西兩場戰爭，明朝政府應當將主要注意力放在哪一方面?朝廷內部對此意見不一，缺乏共識。因萬曆帝此時非常擔憂寧夏戰事，故王錫爵在赴京途中，即發書告知皇帝和內閣，稱哱拜之亂不足爲慮，倭寇實爲勁敵，應將明軍主力開赴朝鮮戰場。後來戰爭形勢的發展，果如王錫爵所料，哱拜之亂不久即被平定，而抗倭戰爭前後持續了七年。
王錫爵回京蒞任後，多次發書給在朝鮮的明軍統帥宋應昌、主將李如鬆等高級將領，指授機宜，懇加申誡，要求他們扼險居要，捕捉戰機，殲滅敵人，但不可輕敵，不可硬拼，務期全勝;同時，告誡他們要整頓軍紀，不可欺侮朝人，更不可濫殺日軍俘虜。
在明軍的強有力打擊下，日本侵略軍敗退到朝鮮半島東南沿海一帶。明軍收復包括平壤、漢城在內的朝鮮主要城市和絕大多數國土，使朝鮮李氏王朝存亡繼絕，起死回生。經中、朝與日本兩方談判，日軍同意撤出朝鮮。爲了防止日軍捲土重來，王錫爵支持採納宋應昌所提出的關於明軍留駐朝鮮，並在朝鮮屯田、開礦，以解決入朝明軍每年龐大的軍費、軍糧供給問題的方案。由於朝鮮方面對這個方案持保留意見以及明朝自身的邊患防衛需要，和國內中原一帶發生嚴重的水災，財政極爲困難，明軍被迫撤回國內。
王錫爵辭相歸隱後，仍密切關注着朝鮮局勢的後續發展。萬曆二十四年(1596年)七月，萬曆帝向國內各地派出礦稅太監，四處橫徵暴斂，造成民間擾動不安。王錫爵當時便指出倭寇可能趁此機會，再度發動侵朝戰爭。果不其然，當年九月，豐臣秀吉再次出兵朝鮮。
紓困賑災
王錫爵在內閣次輔、首輔任上，非常關心普通民衆的生計冷暖，儘量爲他們減輕壓在身上的沉重經濟負擔。王錫爵曾一再上疏萬曆帝，勸諫皇帝不要催錢催糧，聚斂財富;又說：“上供一分，民費三倍;民出數金，害及數家 ”，懇求皇帝深體民生之艱難，多施行一些恩惠澤民的德政。
王錫爵身爲吳人，出於身份迴避的考慮，他一般不爲家鄉江南地區謀求特殊照顧。但是，每當家鄉一帶，如太倉、嘉定、上海、蘇州等地發生較大的自然災荒，他又必當上疏朝廷和皇帝，懇求寬免錢糧，桑梓賴以更生。從王錫爵的《文集》中可以看到，在萬曆十六年(1588年)、二十一年(1593年)、三十六年(1608年)等年份中，王錫爵都曾遞交過請求減免江南錢糧的奏疏和公牘。王錫爵還在公文中特別指出，自明初以來江南賦稅甲於天下，人民負擔最重，平常年份尚可勉強應付，而一旦遇有天災人禍，百姓則窮困交迫，難以爲生，祈請朝廷“別求理財足用之術，不必盡仰江南”。萬曆三十六年，江南一帶發生大水災，王錫爵因此致書三位內閣大學士及戶部尚書，爲遭受嚴重水災的家鄉太倉一帶懇求減免稅賦，雲：“敝鄉(指太倉及周邊府縣)積雨連月，大浸稽天，不佞日耳號痛之聲，日睹顛連之狀，身雖在野，不忍坐視”;“敝鄉故稱水國……總不若今年之甚也。草野病人，雖一步不能出門，而窮民慟哭鼓譟之聲，日徹於耳，不得不據實上聞，以祈哀恤……乃朦瞽愚計獨以爲救災而不及救亂，議賑而不及議蠲，議蠲而止寬積逋，不及現徵，恐元元喘喘之命終無全理。……目前桑梓嗷嗷大亂，則又不得不先徇所私，告哀門下，伏乞酌量邊腹之重輕、軍民之緩急，別求理財足用之術，不必盡仰江南”。
王錫爵還曾經認真負責地親自領導過萬曆二十一年的中原特大水災的賑災工作，挽救回成千上萬的災民性命。萬曆二十一年(1593年)五月，河南大部、蘇北、魯南連旬大雨，洪水氾濫，造成當地糧食絕收，廬舍蕩然。至該年年底和第二年上半年，災區出現大範圍的饑饉狀況，大批災民因飢病死亡。王錫爵爲此憂心如焚，他連上數疏，請求蠲免當地原應繳納的賦稅，並籌措了數額巨大的賑災錢糧派發災區。此外，王錫爵還帶頭率百官捐獻數月官俸賑災，並懇請皇帝、太后、皇后及後宮盡力捐款，以緩解賑災經費不足之困。據欽差賑災官員鍾化民《救荒圖說》的統計，該次受賑濟災民人數達到4746萬人之多。由於王錫爵對賑災的強烈呼籲和積極有效領導，終於使河南、蘇北、魯南災區最終幸運地度過這次劫難，挽救回災民性命以數百萬計。
改革朝政
王錫爵是在萬曆二十年(1592年)赴京途中，被任命爲大明王朝的首輔大學士的，在任期間，他被晉升爲吏部尚書兼建極殿大學士。作爲一名忠君憂國的首相和一位深謀遠慮的政治家，針對當時朝廷中出現的爭論紛囂、上下牴觸、政事荒怠的亡國敗象，提出了進行全面政治改革的方案，希望通過改革，更化朝政，再度迎來大明王朝的中興時代。
王錫爵的政治改革思想集中反映在萬曆二十一年及次年所上的《定國論一政體疏》、《因言辨論並勸錄用人才疏》、《申請舉行〈泰交〉、〈用人〉原奏疏》等奏疏中。王錫爵主張：第一，萬曆帝應當銳意思治，勤政寬仁，協和上下，改善與朝臣們的關係，使朝廷上下形成和衷共濟、勵精圖治的良好政治氛圍;其次，適當地強化內閣作爲一個強有力的中樞領導機構的權力，合理劃分內閣與其他中央政務部門的權責界限，整體上提升明代中央政府的效能;然後，再進一步整頓吏治，肅清政風，改善民生，使天下得以大治。
加強閣權(相權)是王錫爵政治改革方案中的核心。在他看來，加強相權，樹立內閣及大學士的威望，不僅可以解決明朝中央政府各部門互相牽制干擾、行政效率低下的問題;而且，在皇帝長期荒怠廢政的情況下，只有鞏固和強化強有力的相權，纔能有效遏止后妃、外戚之權，尤其是宦官之權的迅速膨脹，防止他們把持、篡奪國家政權。後來明熹宗(即天啓帝)時，魏忠賢閹黨輕易奪取了國家最高權力，大肆迫害包括東林黨在內的大批朝廷官員，就是因爲明朝的政治制度設計中缺少強有力的內閣和宰相。歷史最終證明了王錫爵的苦諫和忠告是非常具有遠見卓識的。
王錫爵積極呼喚改革，推動改革，想做張居正之後的又一位傑出有作爲的大明首相。但萬曆帝此時不願真正實施王錫爵的改革方案，羣臣亦對王錫爵有所誤解，因此改革缺乏實際開展推行的條件，王錫爵雖再三努力，但難有顯著成效。
個人作品
文集文稿
王錫爵家有“賜書堂”，其收藏頗豐，書畫甚富。
王錫爵著有《奏草》二十三卷、《牘草》十八卷、《文草》十二卷加《附錄》兩卷合編成《王文肅公文集》五十五卷，分別收錄於《四庫存目叢書》135、136和《四庫禁燬書叢刊》集部7、8。
書法作品
王錫爵筆法秀穎，依稀有翡翠蘭苕狀，著名的書法家董其昌稱他“深於書。書尤深於唐碑。晚年猶懸碑刻滿四壁，特不欲以書名耳。小楷清整秀勁，大可徑寸者尤骨重脈和。
