在太平天國運動動盪不安的時期，湖南巡撫駱秉章一直將左宗棠留在身邊當幕僚。對左宗棠而言，他只是湖南巡撫邀請的首席軍事顧問，並沒有實際的官位，因而中國官員的花名冊上也沒有他的位置。但他並不爲此沮喪，而是想方設法使自己從小小的顧問成爲一個重量級人物。左宗棠後來回憶說，最初，駱秉章對他還懷有挺強的戒備心理，但短短一年時間不到，情況就變成了駱秉章一遇到事情總要向左宗棠徵詢意見，而左宗棠的建議基本都會被照單全收。梁啓超評價說.駱秉章只是一個能量不大、才幹平平的巡撫，他不大情願擔負職務重任，常年沉迷於胭脂粉黛，對那個階段的湖南來說，左宗棠纔是真正的巡撫。
若這個情況屬實，那麼在這個多災多難的時候，湖南省實際上擁有全國最好的巡撫，這也是一件非常幸運的事。
身處這種特殊狀況中，自然會有特權官僚階層的官員們嫉恨左宗棠。事態的嚴重性還在於他天生的壞脾氣沒有些許好轉，於是一種議論很快流傳開來，人們都在傳言說，一般人很難和左宗棠相處好。皇帝耳聞這些事情，開始向臣子們詢問左宗棠的有關情況。終於有人再次向皇帝力薦左宗棠，這是一位御史，他在奏摺中寫道:“若使獨當一面，必不下於胡林翼(湖北巡撫—原注)諸人。
一次,郭嵩燾進京面見天子，皇帝知曉兩人曾經是鄰居後，便向他詢問了很多有關左宗棠的問題，包括他的秉性和能力，還有爲何與同事合不來的情況。對左宗棠的能力，郭篙燕給予了極高的評價，但也對他的脾氣頗有微詞。他說左宗棠不肯通融，傲慢自負，直言無忌，只有少數幾個人能和他融洽相處，似乎最近駱秉章和他的關係就很不錯。
皇帝則說，他對左宗棠這個人很有興趣，非常想起用這個人，對於他的壞脾氣也不是很在乎，只是不知道什麼官位會比較適合左宗棠的能力發揮。皇帝還擔心，既然左宗棠很快就要滿50歲了，年紀將會成爲他爲國效力的阻礙，可能他能爲朝廷所用的時間不長了。
但事實上，這些年來，左宗棠爲了國家一直嘔心瀝血、鞠躬盡瘁。爲了支援湘軍，他竭盡全力，正在江西和安徽作戰的由曾國藩指揮的這支部隊，實際上是由湖南省在獨力支持着。對於左宗棠的貢獻，曾國藩也十分感謝。1856年，他在給皇帝的一份奏章之中極力推薦左宗棠，將左宗棠的滿腔忠誠和保障後勤的巨大貢獻全部寫進了奏章中。
曾國藩的舉薦，使左宗棠終於獲得了兵部郎中的職務，並被賞戴花翎。 還有一位老友胡林翼也從沒有放棄過任何舉薦左宗棠的機會，通過他在官場中的影響力，爲左宗棠謀得了一個戰地前線指揮官的官職。
但曾國藩和左宗棠之間的隔膜並沒有消除，這兩個男人因本身氣質不同，也絕不會有融洽相處的可能。當年曾國藩在湖南募集新軍時，曾經和湖南省當局產生不小的矛盾。當時巡撫對全省的匪患非常焦慮，爲了防守長沙，他授意候補官員王珍到民間召集一支志願軍。曾國藩和王珍在此事上發生了矛盾。王珍和左宗棠是摯交好友，所以，左宗棠在這場衝突中的立場似乎站在了王珍這一邊。甚至，王珍有可能私下謀劃過取代曾國藩，而由自己來組建這支湘軍，曾國藩顯然不會與王珍建立和諧的關係。因此，將來一天曾國藩將這種負面情緒帶到王珍的朋友身上，也就可以理解了。
1854年春天，長沙周邊頻繁發生戰鬥.王珍也參與了其中一場規模很小的戰鬥，戰果是擊斃了大約30名太平軍士兵，而王珍卻將這個結果上報爲一場大捷。“當關於這場戰鬥的聯銜奏章起草完畢之後，曾國藩仔細審讀了文件，並在上面簽署了自己的名字。但是，在呈送朝廷的最後一版正件上，左宗棠對奏章的內容做了一定增刪。在他對奏章進行的修改中，爲朝廷描述了一場莫須有的勝利。這個行爲讓曾國藩極其憤怒。
其實我們不難理解，在太平天國運動發展得如火如荼時，再微小的勝利對於一個搖搖欲墜、朝不保夕的政權而言。都是一場值得慶祝的大捷。而人們性格中最爲常見的秉性不過是誇大偶像的成功，然後縮小貶低所厭惡之人獲得的成就。在曾國藩和王珍朋友的眼中，這場戰役的結果很可能極爲不同。可是，左宗棠這麼一件小事，曾國藩似乎從來都沒有忘記。
曾國藩手下的這支新軍需要聽話的手下，而對於左宗棠的秉性，曾國藩也甚爲了解，因此，他對將左宗棠任命爲指揮官加入湘軍頗爲猶疑。左宗棠對此心知肚明，所以才依舊在湖南巡撫衙門裏待着。然而，1859年左宗棠因爲一個事件被迫從駱秉章的幕府離開。
事情是這樣的，在左宗棠的強力干預下，一名庸官被撤了職，但此時的左宗棠已經樹立了太多對頭，他的敵人們就將此事充分利用起來向皇帝告狀，說現在的湖南巡撫不過是左宗棠手中的一個工具，事實上形同虛設。皇帝下詔就此事展開調查，左宗棠則奉詔前往武昌，接受清廷訊問。對左宗棠來說，這件事極爲不利，如果不是胡林翼當時是湖北巡撫，爲了力保左宗棠直接求情於總督，那這件事可能不會中途作罷。
這時的左宗棠決心再次參加科舉，繼續向第三學位發起衝擊。1860年2月，他離開長沙，於湘陰老家逗留數日後就出發去了北京。3月24日，他走到湖北襄陽時，接到了湖北巡撫胡林翼的來信，請他去商討戰事，地點在安徽宿松，這是當時曾國藩設立的總司令部所在地。於是左宗棠又一次從前往北京的路上返回，從漢口轉道宿松，一連幾個星期都沒有離開曾國藩的大營。
胡林翼信中提到的戰事是對安慶進軍的方案。會議上，左宗棠毛遂自薦，要求帶領一支部隊前往攻打安慶城。曾國藩卻拒絕了左宗棠的熱情請求，他跟左宗棠說:讓你去前線指揮部隊作戰，恰如畫蛇添足。
整個帝國此時面臨着戰場形勢急轉直下的局面。在南京周邊包圍的清軍受到太平軍展開的一次猛烈攻擊，而這次攻擊則將他們一舉擊潰。然後太平軍奔襲浙江，在安徽南部打了好幾個勝仗，對江西省構成了極大的威脅。更何況這個時候還處於第二次鴉片戰爭期間，法國和英國集結了可調用的所有力量準備發動1856年至1860年以來針對北京的最後攻勢。而太平天國第一批王爺中碩果僅存的石達開則威脅着天府之國—四川的安全。
1860年春天，朝廷不斷催促曾國藩，希望他能在與太平軍的戰役中做出點成績來。這份詔令使曾國藩坐立不安。處於困境急需翻身的曾國藩終於聽從了胡林翼的建議，授權給左宗棠，讓他自行組建一支部隊前往戰場。同時，胡林翼直接將此事上奏朝廷，皇帝下令，同意左宗棠在湖南省內招募軍隊5000人，前往江西和安徽前線作戰，並將他委任爲湘軍司令曾國藩的助手。1861年6月26日，在長沙，左宗棠終於接到了這份期盼已久的上諭。
在接到上諭之前，左宗棠已從宿松回到湖南。6月23日，他抵達長沙，隨即就着手招募隊員，組建部隊。他先後向幾位友人寫信，邀請他們加入自己的部隊。他選擇的參謀長是王珍的哥哥王開化，副官長是楊昌浚和劉點。這支部隊招募到的官兵人數和分配情況如下:
王珍舊部，1,440人;
4營官兵，每營500人，共2000人;
4個總哨，每哨320人，共1,280人;
衛隊，200人;
總計4,920人。
1860年7月21日，這些官兵在長沙城外集結完畢，開始了正規訓練。此時，四月的局勢令朝廷十分惱怒，詢問湘軍司令曾國藩:四川的局勢派左宗棠去處理是否合適?一年之前，也有類似的恐慌發生在四川省。那時候，皇帝派去救火的是曾國藩。現在，曾國藩用同樣的理由阻止了朝廷下達派遣左宗棠前往四川的詔令。曾國藩說，四川是個人口衆多、富庶豐饒的省份，完全可以依靠本省的力量打敗太平軍。
對四川來說，左宗棠的軍隊也就5000人，幫不了什麼大忙，但是如果把這支軍隊派到江西，卻能對江西的局勢起到決定性影響。於是朝廷聽從了曾國藩的建議，下達旨意:左宗棠必須在兩個月內完成對部隊的訓練，然後帶領部隊前往江西。
1860年9月22日，左宗棠離開長沙.帶領他那僅有5000人的小部隊開赴江西南昌。在左宗棠終於踏上軍人道路的時候，按照中國人的算法，他已經49歲了，就算是按照西方人的算法，也已經有48歲了。對於一位將軍來說，很多人可能會覺得這個年紀已經有些超齡。可是，左宗棠還是開始了自己真正的帶兵生涯。
