北府軍，又名北府兵，是中國東晉時謝玄主持創立的一支軍隊，一開始權力幾乎只屬於陳郡謝氏家族，後數度易主，併成爲南朝軍隊主力。東晉孝武帝太元二年(377年)，由於前秦已一統北部中國，東晉王朝受到空前的軍事壓力，因此詔求良將鎮御北方。當時的權臣謝安遂任命其侄子謝玄應舉。朝廷任命謝玄爲建武將軍、兗州刺史、領廣陵相、監江北諸軍事，鎮廣陵。其時廣陵和京口聚居着大量逃避北方戰亂而來的流民，謝玄到任後，在這些人中選拔驍勇士卒如劉牢之等，建立了一支軍隊，太元四年(379年)，謝玄改鎮京口，因爲當時京口又名北府，故而其軍得名北府兵。太元八年(383年)，北府軍在淝水之戰中一舉擊敗前秦大軍，乘勢追擊，劉牢之一度追到鄴，北府軍從此一戰，史上留名。
太元十二年(387年)，謝玄被解除了北府軍的領導權，司馬恬、王恭先後代之，北府軍軍閥化。晉安帝隆安元年(397年)，王恭率北府軍起兵反晉，次年劉牢之殺之，代之爲北府軍領袖。此後北府軍主要致力於鎮壓孫恩、盧循的天師道起義軍。晉安帝元興元年(402年)，北府軍奉命征討在荊州割據的桓玄，劉牢之隨即投降桓玄，桓玄稱帝后削減劉牢之兵權，劉牢之意圖起兵對抗桓玄，然由於投降桓玄早已喪失人心，衆叛親離下自殺。元興三年(404年)，原北府軍參軍劉裕率餘部在京口起兵反抗桓玄，並殺之。此後，北府軍成爲劉裕的軍事支柱。420年，劉裕稱帝，建立宋，北府軍成爲其皇家軍隊的主力。
淝水之戰後不到二年，即太元十年四月，謝安爲了避開司馬道子，出鎮廣陵，讓出中樞朝權。太元十二年正月，朱序爲青、兗二州刺史，代謝玄鎮淮陰，徵玄爲會稽內史，解除了他的兵權。太元十五年，孝武帝以後兄王恭爲都督青、兗、幽、並、冀、徐州晉陵諸軍事，兗、青二州刺史，鎮京口，北府兵爲王恭掌握。隆安元年，恭在京口起兵反對司馬道子和王國寶，北府兵成爲內部火併的工具，次年恭再次起兵，其司馬劉牢之反戈擊滅王恭，代恭爲都督青、兗、幽、並、冀、徐、揚州晉陵諸軍事，鎮京口。隆安三年，孫恩起義，北府兵又成爲鎮壓起義兵的主要力量。元興元年三月，劉牢之投降桓玄，旋被奪去兵權被迫自殺，北府兵爲桓玄併吞，北府兵重要將領高素、竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武、孫無終均被殺，劉襲兄冀州刺史劉軌及寧朔將軍高雅之，劉牢之子劉敬宣投奔南燕慕容德。
北府兵根據地京口和廣陵，分別由桓修和桓弘鎮之，北府兵士衆由諸桓分領，北府兵至此被瓦解。從東晉太元二年北府兵建立，到太元十二年謝玄解除兵權，共十年。從太元十二年至元興元年十五年時間，北府兵主要掌握在劉牢之手中。元興三年，劉裕在京口重組北府兵，但這不是北府兵的重建，而是一個新的王朝軍隊的肇始。
